Entendió personalmente en el desagravio de los indios obligando á los encomenderos á que les satisfaciesen el trabajo de los años pasados, y los dejasen libres para concertarse con quien á justo precio les llamase para sus menesteres. Obra prolija que pedia toda la entereza y cristiandad de Hernando Arias. La extension de la provincia, el derramamiento de los encomenderos por las alquerias en espacios tan dilatados; sobre todo, la resistencia y obstinacion de los poseedores de encomiendas, pedian un ánimo varonil para contrastar las dificultades, igualando á fuerza de brazos la eminencia de los montes con la llanura y profundidad de los valles.
Donde no podia asistir personalmente diputaba jueces de autoridad y rectitud que atendiesen á la cobranza de los salarios, castigando con pena pecuniaria los delincuentes, y obligándolos á la satisfaccion del convenio, conforme á los arreglamientos de las ordenanzas. Dos eran los principales oficios de estos superintendentes: el primero asistir en el tiempo de los ajustes, para que no interviniese fraude con detrimento de los pobres indios: el segundo asistir al tiempo de los pagamentos, para que en cantidad se arreglasen los salarios á la imposicion de las ordenanzas.
Poco era para un corazon tan piadoso, y pecho tan cristiano, el desagrávio de los indios, sino promovia la Fé entre los infieles. Logró en su gobierno considerables aumentos en Guayra y Paraná, y se dió principio á la conversión de los Uruguayos, cuyo país si holló hasta aquel tiempo algun español, pagó con la vida su atrevimiento.
Pocas veces se habrá visto baston mas dignamente empuñado, ó en beneficio y desagrávio de pobres, ó en los progresos y aumentos de la Fé. El nombre glorioso de Padre de la patria, y tutor de la religion cristiana, le venia muy adecuado, y por eso era repetido en boca de todos en obsequio y atencion de sus méritos y operaciones extraordinarias. Ninguna cosa se caia mas de su peso que anhelar á mas gloriosos ascensos. Pero Hernando Arias tenia pensamientos muy diversos: y siempre vivió ageno de honores; y mas placer hallaba en el régimen pacífico de su familia y casa, que en el gobierno de una república tumultuante, que solo se sugeta forzada, y obedece á espensas del rigor.
Para lograr el cumplimiento de sus deseos, y dar con el fin de su gobierno mejor ser á la provincia, despachó á D. Manuel de Frías, procurador á la Corte, para que informado el Consejo sobre la extension casi interminable de la Provincia, insistiese con eficacia en su division, cuya necesidad en otras ocasiones habia representado. No era excesivo el número de ciudades: pero los límites de la provincia eran de vasta extension, ó por mejor decir sin término. Las dilatadísimas campañas que corren hasta el Estrecho de Magallanes; las que caen al norte hasta la Cruz Alta, que deslinda el territorio de Tucuman, Rio de la Plata, y las riberas del rio Paraguay con las naciones circunvecinas; los espacios mas imaginarios que trillados, en que se extendia sin límite, hasta los confines del Brasil, la provincia de Guayra, eran del gobierno del Paraguay, y obligaban al Gobernador á ser peregrino dentro de su propia jurisdiccion.
Sobre eso, los estremos rara ó ninguna vez recibian el influjo de su cabeza: ó porque llegaban con remision sus órdenes, ó porque absolutamente les faltaba impulso para tocar en su término. A las veces sucedia que las autoridades intermédias, que debieran ser el conducto mas fiel, embarazaban el progreso de aquellos influjos, que hacia necesarios el estado presente de las cosas. Era pues muy necesaria la division, y tal la juzgó el Consejo Real de Indias, en vigor de la representacion que hizo D. Manuel de Frias, quien vino con el gobierno del Paraguay, y empuñó el baston, el año de 1620. Cuyos sucesos no poco escandalosos referirá la historia en su propio lugar.
Casi al mismo tiempo se dividió el obispado del Paraguay, en el que hoy conserva ese nombre, y en el del Rio de la Plata. Habia vacado desde la muerte de Fray Reginaldo de Lizarraga hasta el año de 1617, en que ocupó la silla episcopal el Dr. D. Lorenzo Perez de Grado, natural de Salamanca, provisto desde el año de 1602 al arcedianato del Cuzco. Era sugeto de literatura escogida, y muy señalado en el derecho canónico. Su celo pastoral y conmiseracion con los indios, hicieron memorable su gobierno, promoviendo con teson incansable la observancia de las reales ordenanzas, y repartiendo entre los indios la renta de su obispado.
Proseguia aun con el gobierno de la Provincia tucumana, D. Alonso Rivera, héroe bien esclarecido, cuyas hazañas inmortalizan las historias de Flandes, Italia, Chile y Tucuman:—varon enteramente grande por los ardides militares, por su industria y constancia en apurar al enemigo las fuerzas, hasta rendirle. En este gobierno hizo su nombre harto glorioso, sugetando los Pampas que infestaban á Córdoba: humillando los inconstantes Calchaquís, siempre tumultuantes y rebeldes al homenage ofrecido. Para contenerlos en los debidos términos, fundó en la villa de Londres, año de 1607, la ciudad de San Juan de la Ribera. No es menos recomendable por el fomento que dió al visitador Alfaro, y la piadosa cristiandad con que favoreció los indios contra las injustas pretensiones de los encomenderos.
Estos se quejaron agriamente contra el Gobernador: mas, ¿qué víbora no se enrosca, cuando la toca la vara, para arrojar su veneno? Mucho concibieron sus émulos y lo derramaron en cien capítulos, que le opusieron ante el juez de residencia, pero todos de tan leve peso, que el menor viento de sus arregladas operaciones los desvaneció sin dificultad. Fué término de su gobierno el año de 1611, y en él dejó á sus sucesores un ejemplo memorable do sujecion y rendimiento.
Tuvo sucesor el mismo año de 1611 en D. Luis Quiñones Osorio, caballero de Alcántara, principal de la casa y solar de San Roman de los Quiñones y de la villa de Quitanilla, en el reino de Leon. Diez años habia servido el empleo de Juez oficial de la real hacienda en la imperial villa de Potosí, con tanto desinteres, que celando los reales haberes con atencion de vigilante ministro, descuidaba con cristiano despego de sus creces y aumentos temporales. El encargó la conversion de los Ojas, Ocloyas y Paypayas, naciones fronterizas á Xujuy, cuyas vecindades infestaban con furtivas correrias.