Las guerras civiles y exteriores renacen poco despues, y la Confederacion, triunfante una vez mas de los Austríacos en 1499, se acrecienta, de 1501 á 1513, con los nuevos cantones independientes de Appenzell, Basilea y Schaffhouse. Otros cantones libres existian entónces, tales como Neuchâtel, San-Gall, Grisones y Valles, pero no figuraban respecto de la Confederacion sino como simples aliados para la defensa comun.
La reforma religiosa dividió profundamente á los Suizos en guerras civiles muy cruentas y tenaces, complicadas con las cuestiones político-sociales entre la nobleza y los ciudadanos y paisanos, y entre los cantones aristocráticos y católicos y los de organizacion democrática y religion protestante ó reformada.
Fué en 1553 que los cantones católicos dieron el ejemplo del mercenarismo, celebrando la primera capitulacion que puso un regimiento suizo al servicio del rey de Francia Enrique II. Los partidos ó cantones católicos y reformados tuvieron alternativamente la victoria y la preponderancia, y la nacion se vió hasta fines del siglo XVIII envuelta en mil dificultades y aun á punto de disolverse.
La revolucion francesa de 1789 conmovió profundamente los espíritus en Suiza y produjo cambios y episodios muy importantes. Los Franceses invaden el país y los pueblos oprimidos se agitan y levantan donde quiera contra los obispos ó abades soberanos y los señores ó nobles. En unas partes reclaman libertades y garantías, como en Basilea (ó Basel) y los cantones de Vaud, del Tesino, los Grisones, San-Gall, Schaffhouse, Solera y Friburgo; en otras cambian su gobierno, como la república independiente de Ginebra. El general frances Brune se apodera de Berna; la Confederacion queda disuelta y recibe una reorganizacion impuesta por las armas francesas y la revolucion.
Suiza es entónces República una é indivisible, basada en el principio democrático y compuesta de 18 cantones. El de los Grisones queda como aliado; la república de Ginebra y varios territorios del Jura son usurpados por Francia. Algunos cantones alemanes, los mas antiguos, resistieron; pero en breve fueron sometidos. Así, la Confederacion iniciada por Guillermo Tell habia durado 490 años, Nacida del triunfo sobre una dominacion venida del lado de los Alpes, sucumbia bajo el peso de otra invasion procedente del lado del Jura.
Suiza fué entónces un vasto campo de batalla entre los grandes beligerantes europeos, donde Massena y Korsakof se disputaron el terreno palmo á palmo. La paz de Amiens habia suspendido la lucha, que fué reemplazada por la guerra civil. El partido federalista destruyó el gobierno unitario, y Napoleon intervino violentamente, imponiéndole al país la célebre Acta de mediacion que reconstituyó la Confederacion y provocó la nueva guerra europea. Desde 1803, el número de cantones se elevó de 13 á 19, por el ingreso de los de Argovia, Grisones (desmembrado), San-Gall, Tesino, Turgovia y Vaud. Ginebra continuó anexada á Francia, lo mismo que Mulhouse y otros territorios del Jura. Esa Constitucion establecia la igualdad social y cantonal, suprimiendo las prerogativas aristocráticas y todo vasallaje, y asegurando á los Suizos libertades bien importantes.
Vencido Napoleon, todas sus obras de artificio político se fueron á tierra. Los coligados invadieron á Suiza para penetrar á Francia; el acta de mediacion fué abolida, y el partido aristocrático quiso recuperar su antigua posicion. Al cabo de dos años de agitaciones é incertidumbre la Dieta de Zuric expidió la constitucion del 7 de agosto de 1815, llamada Pacto federal, que restableció la vieja nacionalidad suiza. Entretanto, el Congreso europeo de Viena habia acordado resoluciones muy importantes respecto de la Confederacion, entre otras la de hacer ingresar como cantones federales los de Ginebra, Neuchâtel y Valais (ó Valles), poco ántes dominados por Napoleon. Así, Suiza quedó compuesta definitivamente de 22 cantones, formando un cuerpo de nacion cuya inviolabilidad y neutralidad fueron por primera vez solemnemente reconocidas por las potencias europeas en el Congreso de Paris.
Si bien los cantones reformaron, en su mayor número, sus constituciones particulares, en 1830, bajo el influjo de la segunda revolucion francesa, la Constitucion federal no sufrió alteracion ninguna hasta setiembre de 1848, á virtud del triunfo de la revolucion radical sobre la liga del Sonderbund. Los 22 cantones, aunque ligados por el pacto federal, se hallaban profundamente divididos por cuestiones políticas y sociales, económicas y religiosas. No solo habia tres ó cuatro razas en antagonismo, sino tambien dos religiones y sobre todo dos principios que se excluian: el democrático y el aristocrático. El catolicismo aristocrático era preponderante ó absoluto en casi todos los cantones de raza alemana; miéntras que el liberalismo protestante predominaba en los de raza ó infusion latina: contraste singular y curioso, que tuvo sinembargo sus excepciones.
En 1841 Ginebra realizaba su revolucion radical ó democrática, que se reprodujo en 46. En 1844 el canton de Valles respondia con una reaccion aristocrática, y luego la guerra civil se hizo general. Ella habia sido provocada por la liga separada (Sonderbund), verdadera confederacion dentro de la Confederacion, que tomó por pretexto la expulsion de los Jesuitas y otras medidas liberales de la Dieta nacional. Los cantones de Friburgo, Lucerna, Schwyz, Urí, Unterwalden, Valles y Zug hicieron esa liga particular para defenderse mutuamente y resistir á la autoridad y las reformas de la Confederacion, y esta tuvo que apelar á la fuerza para disolver el Sonderbund en 1847.
En breve Friburgo se rindió al general Dufour, sin combatir; Lucerna capítulo despues de dos dias de pelea, y los demas cantones disidentes se sometieron bajo condiciones. El triunfo de la revolucion radical, sostenida principalmente por los cantones de Ginebra, Vaud, Berna, Zuric y Tesino, hizo necesaria una reforma definitiva. La Constitucion federal del 12 de setiembre de 1848, aceptada desde su sancion por quince y medio cantones, lo fué poco despues por los seis y medio restantes. Las reformas interiores y liberales de los que habian hecho la revolucion fueron seguidas de las que hicieron en sus constituciones, de 1848 á 1850, diez de los otros cantones. Las últimas reformas en sentido liberal han tenido lugar en Neuchâtel, Tesino y Vaud, en 1858, 59 y 61.