Este fué el primer plan meditado que desde tiempos remotos se concibiera y fuese puesto en práctica con singular energía para obtener la sumisión completa de la isla.
Para facilitar la ejecución de este proyecto se creó en 1860 el Gobierno general de Mindanao, dividiendo el territorio en seis distritos y dando amplias atribuciones al Gobernador general.
En 1876 la toma y ocupación de Joló por Malcampo concluyó con el más firme baluarte de la piratería, cuyos benéficos efectos se dejaron sentir en Mindanao, por ser éste el punto de donde recibían armas, municiones y cuanto necesitaban para sostener una resistencia tan prolongada como inútil: la hora de su destrucción había sonado, y ellos, fatalistas por temperamento y por religión, si por fanatismo no se entregan, el convencimiento de su impotencia los ha conducido á un extremo que tiene dos soluciones únicas y cuyo desenlace debemos acelerar: ó el exterminio por la guerra, que á más de ser inhumano y antipatriótico nos costaría mucha sangre y dinero, ó la atracción por medio de una bien entendida tolerancia político-religiosa: en este caso se necesita que en algunos puntos se trueque los fuertes en mezquitas, y la consignación cuantiosa de atracción y espionaje no se formalice en parte con haberes de astutos y pérfidos renegados, sino con la asignación fija señalada á sus panditas, puesto que rota la unidad política aquellas gentes no conservan otro lazo ni reconocen otra solidaridad que la religiosa, y ésta es en ellos fuerte é indestructible si no con la vida.
Del 70 al 73 nuestras armas vuelven á sufrir nuevos desastres en Mindanao. Careaga se vé obligado á reembarcar en Bohayan, y una fuerte columna que salió de Cottabato para someter á los indómitos habitantes de Talayan, es completamente derrotada por Utto y sus parciales, haciéndose necesario por ésto el abandono de Bonga y otros puntos avanzados del río Grande.
En el año 1883 el General Jovellar, que ocupaba el mando superior del Archipiélago, estudia con detenimiento los graves problemas que envolvía la ocupación de Mindanao. El resultado de la información hecha por este distinguido General, fué disponer un aumento considerable en la consignación que para los gastos de esta isla se incluía en el presupuesto, y venir en conocimiento de que «el sistema de pasividad que se venía observando en Mindanao era el menos á propósito para adelantar en la importante empresa de su gradual ocupación y dominio; que lejos de eso, no haciendo nada en el terreno material, entendía que se había perdido y se siguió perdiendo su autoridad moral, lo que merced al sistema de contemporización ganaban en confianza de su propia fuerza y poder las razas no sometidas, y era de parecer que se debía iniciar un período de actividad sin comprometerse en grandes y costosas operaciones».
El que así piensa y obra es digno del aplauso de sus conciudadanos; el que torpe y abandonado por ambición derrama sangre inútilmente contra los consejos de la experiencia, y por desidia, ya demostrada en épocas anteriores, compromete el prestigio del Ejército y la vida de sus subordinados, no sólo no se hace digno de recompensa, sino que debe, como censura de sus hechos, ser relevado de puestos que exigen más desinterés y mayor conocimiento de las prácticas militares; que si el Gobierno puede ser desorientado en un momento por efecto de su mismo patriotismo, ganoso del engrandecimiento nacional, la masa grande y anónima que se llama país deba mantenerse alerta, haciendo repercutir en el sagrado é inviolable eco del periodismo sus recelos y censuras para desenmascarar ante esos mismos Gobiernos á aquellos hechos cuya corrección y desinterés sean dudosos y no satisfagan las aspiraciones unánimes de aquéllos que todo deben sacrificarlo al prestigio de la patria.
En 1886 Terreros dominó el curso medio del río Grande, sometiendo al temido Datto Utto, ocupando y estableciendo los destacamentos de Bacat, Cudaranga, Lion y Pirámide.
Iniciada esta era de conquista, Weyler en 1891 dá más vigoroso impulso á la reducción de Mindanao, estableciendo los destacamentos de Barás, Parang-Parang y Malabang en la bahía Illana, dificultando las comunicaciones de ésta con Lanao. Balatacán, Tangog y Liagán en Panguil; y penetrando por la costa N. hacia la laguna, estableció la Comandancia militar de Momungan en el trayecto que media desde Iligan á Lanao.
Por último, este General dispuso la arriesgadísima operación de destruír la ranchería de Marahuy, en las mismas orillas de la laguna, operación que se realizó en todas sus partes con el más brillante éxito.
En el año último reanúdanse de nuevo las operaciones con el objetivo de realizar de una vez la ocupación efectiva de la laguna de Lanao. En 10 de Octubre, 25 de Noviembre, 15 de Diciembre últimos y 2 de Marzo del actual, el Coronel D. Nicolás del Toro consigue la ocupación de Pantar tras brillantes triunfos, en los que los moros dejaron sobre el campo de batalla más de 80 muertos.