Antes de haber regresado Alvarez Cabral del Brasil y de la India—como se dijo en el capítulo XXV—el Gobierno portugués formó una escuadra compuesta de cuatro buques, la cual salió a la mar el 5 de marzo del año 1501 bajo el mando del marino gallego Juan da Nova.
En su expedición Juan da Nova consiguió resultados mercantiles tan satisfactorios como la anterior de Cabral. Descubrió a los 8° de latitud Sur una isla que llamó de la Concepción, y que dos años después, creyendo Alburquerque que él era el primer descubridor, le dió el nombre de la Ascensión. El 7 de julio llegó a la bahía de San Braz, al Este del Cabo de Buena Esperanza; en agosto estuvo en Mozambique, después en Melinde y luego en Cananor. Dirigióse contra una escuadra del soberano de Calcuta, que intentaba impedirle el paso, echando a pique catorce buques. Regresó a Cochin y a Cananor, pudiendo en estos puntos llenar las bodegas de sus naves y capturando luego en el camino dos barcos de musulmanes cargados de especias, de cuya mercancía se hizo dueño. A su regreso descubrió una isla a la que dió el nombre de Santa Elena; isla que, según Barros, parece haber sido colocada en aquel punto por Dios para dar nueva vida a todos los que vienen de la India, porque allí se encuentra agua excelente y otros refrescos en abundancia. Juan da Nova dió fondo en el puerto de Lisboa el 11 de noviembre de 1502.
Después de la expedición de Nova, y sin embargo de que la ganancia material no fué poca, se pensó por el gobierno si convenía o no continuar aquel comercio con la India o limitarse al de la costa de Africa con los negros, que era más fácil y menos costoso y comprometido. Tuvo el Rey muchas conferencias con sus consejeros, decidiéndose al fin proseguir los viajes, no sin castigar duramente a los musulmanes. Se decidieron a ello, ya por las ventajas comerciales, ya—y esto era lo más importante—por convertir aquellas regiones al cristianismo.
Nueva expedición se encargó a Vasco de Gama, llevando a sus órdenes a Sodré, la cual se componía de 20 buques, con 800 individuos armados. El 10 de febrero de 1502 salió Vasco de Gama con 15 buques, y el 1.º de abril su sobrino Esteban de Gama con cinco buques. Casi al mismo tiempo llegaron ambas secciones al término de su viaje. En Mozambique recibió Vasco de Gama señaladas pruebas de amistad del jeque, que ya no era el mismo de antes; en Quiloa, admiró la ciudad, que contaba con unos 12.000 habitantes, rodeada de bosques de naranjos, limoneros, granados e higueras. Las casas estaban hechas de cal y canto con azoteas y un piso superior de madera. Sometióse el jeque, que era árabe, y se obligó a pagar al rey de Portugal un tributo anual de 500 meticales en oro (584 cruzados), y consintió en que se izara en la torre de su palacio la bandera portuguesa. De Quiloa marchó Vasco de Gama a Melinde, a cuyo rajá, amigo de los portugueses, le invitó a una gran fiesta a bordo de sus buques. Continuó Gama su viaje y en el mes de agosto encontró a su sobrino Esteban con tres barcos y luego halló los dos restantes en las islas Andiedivas. Detúvose en Baticola, puerto perteneciente al reino de Bisnaga, y allí le dieron un suministro de arroz para su gente. Siguiendo su ruta a Cananor, apresó, saqueó y quemó un buque que regresaba de la Meca con peregrinos y mercancías. Tuvo Gama audiencia solemne con el rajá de Cananor, a quien exigió que rompiese sus relaciones mercantiles con Calcuta. Antes de llegar a Calcuta recibió embajadas del Samorin ofreciéndole la paz; mas fueron tantas las exigencias del portugués, que el soberano indio no pudo acceder a ellas. Entre otras, pidió que el Samorin expulsase de la ciudad más de 4.000 familias de árabes del Cairo y de la Meca establecidas allí. Sin atender razones de ninguna clase, cañoneó dos veces a Calcuta, destruyendo muchas casas. El Samorin entonces se dispuso a una guerra a muerte. Mientras tanto Vasco de Gama se encaminó a Cochin, celebrando un tratado de comercio con el rajá y recibiendo amistosa embajada de la madre del soberano de Collam. Habiendo hecho su cargamento en Cochin y Collam, pasó a Cananor en los comienzos de febrero de 1503. Pasado algún tiempo emprendió su viaje de regreso, no sin dejar a Sodré con cinco buques mayores y dos carabelas en el mar Índico, ora para tener en jaque al Samorin, ora para proteger a los príncipes aliados. Llegó Gama a Lisboa en septiembre de 1503.
Ni Vicente Sodré tuvo en jaque al soberano de Calcuta, ni protegió a los príncipes amigos. El Samorin atacó por mar y por tierra al rajá de Cochin, apoderándose del reino. Entretanto, el jefe de las fuerzas portuguesas había ido a Guzerat y luego a la costa meridional de Arabia, teniendo la desgracia de que furiosa tempestad destruyese parte de sus buques, incluso el suyo, muriendo las dotaciones cerca de las islas de Curia-Muria. Después de esta catástrofe, que ocurrió en el mes de julio o de agosto del 1503, volvió a la India y se situó en las Andiedivas, esperando refuerzos de su país.
Pronto iban a llegar los refuerzos con tanta ansia esperados. El 6 de abril de 1503 se hicieron a la vela desde Portugal a la India tres buques al mando del insigne Alfonso de Alburquerque, llamado el Grande por los historiadores portugueses, y otros tres dirigidos por Francisco de Alburquerque, primo de Alfonso. Así describe al primero de estos capitanes uno de sus compatriotas: «Alfonso de Alburquerque era—dice—de estatura mediana y de exterior agradable. Su larga cara, de tez fresca y nariz aguileña, estaba adornada de hermosa barba, blanca con el tiempo, que le llegaba a la cintura, dándole aspecto venerable. Sabía perfectamente el latín y era prudente lo mismo en sus palabras que en sus escritos. Era amado y a su vez temido, sin que su benevolencia degenerara en parcialidad, ni sus reprensiones en dureza. Cumplía siempre la palabra que daba, aborrecía la impostura y amaba la justicia. Por mar y por tierra recibió muchas heridas, probando con su sangre que no rehuía ningún peligro. Liberal hasta el exceso, cedía el botín a sus capitanes, porque siempre se cuidaba más de la gloria que de la adquisición de riquezas.» A Alfonso de Alburquerque acompañaba el valeroso capitán Duarte Pacheco Pereira, y a Francisco de Alburquerque, Nicolás Coelho, ya conocido desde el primer viaje de Vasco de Gama.
Las dos flotas llegaron en agosto a la costa de Malabar, primero Francisco, el cual, con la ayuda de los buques que habían quedado de la escuadra de Sodré, se dirigió a Cananor y Cochin. Cuando llegó Alfonso, ambos jefes reinstalaron en su capital y dominios al rajá de Cochin y levantaron en aquella población una ciudadela. Alfonso hizo sus compras en Collam y Francisco en Cochin. A fines de enero salió Alfonso de la India, dejando a su primo Francisco todavía ocupado en las compras; fondeó el 3 de septiembre en el puerto de Lisboa. Francisco de Alburquerque salió de la India el 5 de febrero. Sorprendido por una tempestad en la costa Oriental del Africa, pereció juntamente con Nicolás Coelho, salvándose sólo la tripulación de un buque de los de la escuadra de Sodré. Entre tanto, Duarte Pacheco Pereira, que se había quedado en la India, sostenía lucha empeñada y tenaz con el Samorin de Calcuta. Luego Duarte fué nombrado administrador de los establecimientos portugueses en la costa de Guinea; mas el Rey, dando crédito a calumniadores, dispuso que cargado de cadenas fuese conducido a Portugal, muriendo en la mayor miseria. El inspiradísimo Camoens compara al infeliz Duarte con Belisario y censura con acritud al Rey por su ingratitud, injusticia y codicia[648].
Nombrado virrey de la India Francisco de Almeida, bajo su mando aumentó extraordinariamente el comercio de Portugal. Alfonso de Alburquerque fué nombrado capitán general y gobernador de la India. Lo mismo bajo el gobierno del uno que del otro, no dejaron los portugueses de pelear con los naturales del país. En estas grandes y continuadas luchas la fortuna sonrió algunas veces a los indios. También reinaba cierto desconcierto y falta de armonía entre los capitanes portugueses. En el Consejo general que celebraron los capitanes bajo la presidencia de Alburquerque (12 de octubre de 1510), Fernando de Magallanes se opuso a los planes de su jefe, lo cual fué motivo para que, contrariado el dicho Magallanes y luego no atendido por el rey D. Manuel, abandonase la India y se pusiera al servicio de España. El 20 de noviembre del citado año, Alburquerque, al frente de una escuadra compuesta de 23 buques con 1.600 individuos de tropa, se presentó a la vista de Goa y comenzó el ataque. El 25 de noviembre tomó la ciudadela por asalto y en seguida la ciudad. Los portugueses acuchillaron con verdadera crueldad a los musulmanes, lo mismo a los hombres que a las mujeres y a los niños. Comprendieron los portugueses que para hacer de Goa el centro del comercio entre el Occidente y la India anterior, necesitaban apoderarse también de Malaca. El 1.º de julio de 1511 se puso enfrente de Malaca. El sultán Mahmud encargó la dirección de la defensa de la plaza a su hijo; pero, después de valerosa resistencia, cayó Malaca a mediados de agosto. A los mahometanos, lo mismo que en Goa, no se les dió cuartel. Portugal, pues, se estableció en la India, cuyos príncipes, aunque de mala gana, reconocieron la soberanía de aquella nación.
La impresión que causó en Europa la conquista de Malaca, fué inmensa. El rey D. Manuel escribió al Papa, con fecha 6 de junio de 1513, participándole las conquistas de la India; León X respondió con el breve Significavit nobis, de 5 de septiembre del mismo año. Como el sultán de Egipto no cesara de excitar a los príncipes indios para que se levantasen contra los portugueses, prestándoles también auxilios de buques y tropas, el rey D. Manuel instó al capitán general que emprendiese una expedición al mar Rojo, con el objeto de cerrar, tal vez en absoluto, el camino más importante del comercio árabe con la India. En los comienzos del año 1513 preparó Alburquerque la expedición, aunque sin prometerse felices resultados, indicándolo así la comunicación que pasó a sus capitanes, diciéndoles que el rey D. Manuel le había mandado diferentes veces hacer aquella expedición, exigiéndole, por último, que la realizase en seguida.
Púsose en camino el 18 de febrero del citado año con 20 buques, 1.700 soldados portugueses y 800 soldados indios. En el puerto de Soco (isla de Socotora), hizo provisión de agua dulce, penetró en aquel mar interior que separa dos continentes, dirigiéndose a la ciudad de Aden, que entonces, como al presente, era la llave del mar Rojo. A Aden llevaban los buques malabares los productos de la India, y a Aden acudían a hacer sus compras los comerciantes árabes. El gobernador de Aden se llamaba Aben-abdel-vahal, que se preparó a resistir a los portugueses. Comenzó la lucha, teniendo que retirarse Alburquerque ante el decidido arrojo de los árabes. Aunque con ánimo de volver a la lucha con más fuerzas, se dirigió a ocupar algunas islas del mar Rojo, encaminándose hacia la de Camarán, situada en el golfo Arábigo y cerca de la ciudad de Lohaya (a los 15°, 51' de latitud Norte y 40° 32' de longitud Este del Meridiano de Greenwich). En la isla abundan los pozos de agua dulce. Permaneció algún tiempo en ella Alburquerque; mas aquel clima cálido le causó muchas bajas, decidiéndose al fin a dar la vuelta a la India. El 13 de julio pasó por Aden, y el 4 de agosto tocó en el puerto de Diu, cuyo gobernador, Melec Eias, le permitió el establecimiento de una factoría. Siguió ejemplo tan generoso el emperador de Calcuta. Entonces los portugueses, correspondiendo a la amistad de los indios, levantaron el bloqueo de las costas, dieron pasaportes a los buques mercantes mahometanos y el comercio volvió a florecer. Al año siguiente (1514), Pedro de Alburquerque, sobrino del capitán general, fué a Ormuz para cobrar el tributo anual; y Jorge de Alburquerque se dirigió con tropas frescas a Malaca, de cuya defensa hubo de encargarse.