Cuando Alfonso de Alburquerque se ocupaba en arreglar los asuntos interiores de la India, recibió carta del Rey, ordenándole que marchase inmediatamente para Ormuz. Allá se encaminó, partiendo desde Goa el 21 de febrero de 1515 con 27 buques, 1.500 soldados portugueses y 700 indios. Aunque reinaba en Ormuz Rais Nordin, viejo y débil, el verdadero gobernador era el persa Rais Ahmed, su sobrino. Ya estaba decidido Ahmed a reconocer la soberanía del shah de Persia, única manera de librarse del tributo molesto impuesto por los portugueses; mas lo impidió la oportuna llegada de Alburquerque el 26 de marzo. Dueño el capitán general de la ciudadela, nombró gobernador de ella a su sobrino Pedro. En seguida, comprendiendo que Ahmed era un obstáculo para sus planes, le hizo matar, restableciendo en su antiguo poderío al anciano Rais Nordin, si bien los portugueses dominaban con su flota el mar y desde la ciudadela a Ormuz. Dió muestras Alfonso de Alburquerque de hábil político, mandando una embajada a Ismail, shah de Persia, estableciéndose la más cordial amistad. Contribuyó a ello la enemiga que a causa de la religión había entre persas y árabes, pues los primeros eran mahometanos siitas y los segundos mahometanos sunnitas. Enfermo el capitán general de disentería, oyendo el parecer de los médicos, se decidió a volver a la India, zarpando de Ormuz en los primeros días de noviembre. Al pasar por la costa de Omán, cerca de Calhat, recibió la noticia por un barco árabe que venía de Diu, que el Rey, desconociendo sus relevantes méritos, le había quitado el mando, siendo nombrado sucesor suyo Lope Soarez. Con amargura exclamó entonces: «¿Capitán general López Soarez? ¿No había otro? ¿Y el Rey me envía con el caracter de capitanes y secretarios a hombres como Diego Méndez y Diego Pereira, a quienes por sus delitos he enviado yo presos a Portugal? Por servir al Rey me he enemistado con esta gente, y ahora por amor de ellos me retira su confianza.» Deseaba por momentos llegar a Goa, donde encontraría cartas que le explicasen su destitución y en las cuales esperaba por lo menos que el Rey reconociera sus méritos. Por consejo de sus amigos escribió a Don Manuel su última carta: «Señor—le decía—estas son las últimas palabras que dirijo a V. M., agobiado por la desgracia, después de tantas relaciones como le he escrito con alegría y brío. Dejo aquí un hijo (natural) Blas Alburquerque, y suplico a V. M. premie en él mis méritos. Los asuntos de la India hablarán por sí y por mí.» Alburquerque murió a la vista de Goa el 16 de diciembre de 1515, cuando contaba sesenta y tres años.
Ingrato fué el rey Don Manuel con el más notable de los caudillos portugueses en la India. Los enemigos de Alburquerque le calumniaron diciendo que quería hacerse soberano independiente de los citados territorios, como lo indicaba los nombramientos que hizo en favor de sus sobrinos, confiándoles la defensa de Malaca y de Ormuz. Jamás pensó Alburquerque en ello, proponiéndose solamente nombrar en las citadas plazas jefes de su confianza para mejor conservarlas en la corona de Portugal. Alburquerque era justiciero, enérgico, generoso y valiente hasta la temeridad. Así como Alejandro el Macedónico procuró que jóvenes griegos se casasen con mujeres asiáticas, Alburquerque favoreció los matrimonios de los portugueses con jóvenes indias. A cada nuevo matrimonio regalaba de los fondos públicos 18.000 reis; a los portugueses que se establecían en el país repartió las casas y campos de los musulmanes expulsados. Lo mismo que Colón, pensó en proyectos absurdos y extravagantes; el genovés quiso conquistar la Palestina, y el preclaro hijo de Portugal, entre otros proyectos, tuvo el de hacer una expedición al mar Rojo, conquistar a Medina y llevarse los huesos de Mahoma, con el objeto de obtener después en cambio el Santo Sepulcro de Jerusalén, rescatándole del poder de los infieles. Los tres primeros sucesores de Alburquerque no valían lo que él. Lope Soarez (1515-1519) y Diego López de Sequeira (1519-1521) sufrieron algunos reveses, como también Duarte de Meneses. Murió Don Manuel el Grande el 13 de enero de 1521, sucediéndole su hijo Juan III; el nuevo monarca nombró como sucesor de Meneses, con el título de virrey, al muy ilustre Vasco de Gama. El 23 de septiembre llegó el nuevo virrey a Goa, dedicándose inmediatamente a examinar la administración, harto desorganizada. Por desgracia, murió el 24 de diciembre de 1524 en Cochin, y como Colón, fué sepultado en un convento de San Francisco[649].
Enrique de Meneses sucedió a Vasco de Gama, que murió el 1526; después gobernó Lope Vaz de Sampayo, y en seguida Nuño de Acuña (1528-1538), terminando con él los grandes gobernadores de la India. Coronóse de gloria en la conquista de la plaza de Diu, ciudad importante y puerto formidable del reino de Guzerat. Dicha conquista ocasionó guerra sangrienta con los turcos, los cuales tuvieron empeño en reconquistarla. García de Noronha, sucesor de Nuño de Acuña, llegó a Goa el 11 de septiembre de 1538 con una escuadra. No guardó consideración alguna a su antecesor, hasta el punto que, pretextando de que le hacían falta todos los buques, no quiso darle uno para su viaje de regreso. «El hombre—escribe el Sr. Sophus Ruge—que había ensanchado y engrandecido el poder de Portugal tan gloriosamente, el que había levantado las fortalezas de Diu, Basein y Chalí, que según Barros, eran tan importantes como Ormuz, Malaca y Goa, conquistadas por Alburquerque, tuvo que contratar a su costa un barco para salir de la India»[650]. Nuño de Acuña tuvo que prolongar su estancia en Cananor hasta enero de 1538, y, cuando se embarcó, llevaba el germen de próxima muerte. En efecto, siete semanas después falleció. Preguntándole en sus últimos momentos si quería que llevasen su cadáver a Portugal, contestó: «Si Dios tiene determinado que muera en el mar, quiero que el mar sea mi tumba. La patria que tan ingrata se ha portado conmigo, no debe conservar mis huesos.» También Publio Escipión, el vencedor de Aníbal, terminó sus días en voluntario destierro, y al tiempo de morir prohibió a sus parientes que llevasen su cuerpo a aquella ingrata patria por la cual tanto había peleado y en la que reposaban las cenizas de sus antepasados.
Respecto al establecimiento de los portugueses en las Molucas (Oceanía), después que el gran Alburquerque se hubo apoderado de Malaca, envió a Antonio de Abreu con tres buques para visitar las Molucas o islas de las especias (Halmaheza o Gilolo, Ternate y Tidor. Ceram, Amboina, Banda y otras). Zarparon en diciembre de 1511 y fueron a la costa septentrional de Java, luego a Amboina y por último a Banda. Descubiertas las Molucas, último objeto de la política mercantil de Portugal, Abreu regresó a Malaca y después a Portugal, en tanto que Francisco Serrao, capitán de uno de los citados tres barcos[651], pasaba a Ternate y se hacía amigo del Sultán del país, el cual era el más poderoso de las Molucas, pues cada isla tenía su jefe o soberano propio. Sucedió que un barco malayo con carga de especias y que varó en la playa de Java, llevó la noticia a Malaca (1513) de las aventuras de Serrao. Entonces se despachó a Antonio de Miranda de Azevedo con una escuadra para ir a buscar a Serrao y demás compatriotas. Llegó Azevedo, quien se encontró con que los dos sultanes rivales de Ternate y de Tidor, que habían oído las hazañas de los portugueses, solicitaron su amistad, y ambos le ofrecieron terreno para establecerse en su isla respectiva, creyendo cada uno poder vencer a su rival con el auxilio de los extranjeros. No aceptó el ofrecimiento Miranda de Azevedo, quien se limitó por lo pronto a cumplir la orden que se le había dado, llevándose la tripulación y dejando a Serrao en Ternate. Entre las cartas que dió a Miranda para que éste las llevase a sus amigos de la India, se halla una dirigida a Fernando de Magallanes, en la cual exageraba la distancia de Malaca a las Molucas. Esta carta tuvo consecuencias de gran importancia, porque no dudando Magallanes de la veracidad de un amigo y creyendo exactas las distancias, tuvo como cierto que las Molucas se hallaban más allá del Meridiano fijado como límite entre los descubrimientos de españoles y portugueses. Fundándose en estos hechos, determinó ir a las Molucas desde España, siguiendo la ruta occidental, y tomar posesión de ellas en nombre del Rey Carlos I.
El portugués Tristán de Meneses en el año 1518 llegó a las Molucas, encontrándose con Serrao en Ternate. Aunque el sultán de la citada isla se ofreció a construir una factoría para los portugueses, Meneses no aceptó el ofrecimiento, diciendo que su Rey le había mandado sólo a comprar especias. Llenó su buque y tres más del país, dando el mando de los últimos a Serrao, a Simón Correa y a Duarte da Costa. Terrible tempestad dispersó la flotilla poco después de haber salido de Ternate, teniendo que cobijarse Meneses en Banda, y los tres barcos del país regresaron a las Molucas. Meneses se dirigió luego a las Molucas en busca de sus compañeros, a quienes encontró en lucha con los indígenas y llevando, desgraciadamente, la peor parte; entonces marchó a Amboina, completó su cargamento y regresó solo a Malaca. Serrao pudo librarse de la muerte que sufrieron las tripulaciones de los buques citados en la isla de Batian y se quedó en Ternate.
Conocidos semejantes hechos en Lisboa, el Gobierno decidióse a enviar respetable escuadra a las Molucas, confiando el mando a Antonio Brito. Salió Brito de Portugal el año 1521 y después de sufrir terrible tempestad, pudo llegar en febrero de 1522 a la isla de Banda; luego a la de Batian, donde castigó a sus habitantes por la muerte que dieron a los de la escuadra de Meneses; y al pasar por delante de Tidor, vió con sorpresa a los españoles establecidos en la isla. Allí averiguó que dos buques de una expedición mandada por Magallanes, ya al servicio de Carlos I, había llegado a Tidor, siendo bien recibidos por el sultán de la isla, hasta el punto de haberse quedado en calidad de factor, después que se marcharon los dos barcos, Juan de Campos. Brito dispuso que Campos fuera a Ternate, isla siempre fiel a los portugueses, donde debió haber muerto el famoso capitán Serrao. Si estuvo acertado Brito haciendo construir una fortaleza a la que dió el nombre de San Juan Bautista, cerca de la ciudad, mereció severas censuras por haber intervenido en el gobierno interior y supremo de la isla. Como para nuestro objeto no tienen interés tales hechos, recordaremos que durante el gobierno de Brito en las Molucas llegó Jorge de Meneses, habiendo salido de Malaca el 22 de agosto de 1526, a un puerto de Borneo, pasó después entre Joló y Mindanao, viniendo a parar a la costa Septentrional de la Nueva Guinea, isla que se halla al Este de las Molucas. Meneses, descubridor de la Nueva Guinea, arribó a Ternate en mayo de 1527. Desde Ternate mandó también Brito una flota que descubrió la isla de Célebes, la cual se halla al O. de las Molucas, y cuyos habitantes no dejaron desembarcar a los portugueses, quienes a su regreso a Ternate, fueron llevados por el monzón a la playa de una de las islas Marianas o de los Ladrones, descubiertas ya entonces por Magallanes y situadas al E. de Filipinas. Relevado Brito, fué nombrado para sucederle García Henríquez. Más adelante los españoles dirigieron expediciones a aquellas lejanas tierras, mereciendo entre todos el primer lugar el guipuzcoano Miguel López de Legazpi.