Cristóbal Colón, antes de su muerte, para asegurarse de sus derechos como Almirante de las Indias, consultó a un letrado, el cual dió su opinión, después de estudiar las Capitulaciones de Santa Fe y todos los privilegios y mercedes concedidos por los reyes.
Dijo el letrado, «sin que en esto pueda haber engaño ni yerro», que a Don Cristóbal Colón pertenecían el tercio, el décimo y el octavo que produjesen las Indias descubiertas y por descubrir, esto es, un 55,80 por 100, además de las ventajas de justicia, oficios, nombramientos, etc.
Aceptó el Almirante el dictamen, y así lo consignó en su testamento.
A la muerte de Colón, su hijo y heredero D. Diego, fundándose en la citada consulta, hizo las correspondientes reclamaciones, que dieron lugar a pleitos, los cuales duraron muchos años.
En una petición sin fecha, que conservamos, suplica D. Diego que se le tenga por virrey y gobernador perpetuo de las Islas y Tierra Firme descubiertas y por descubrir, que se le entregue la gobernación de la isla de San Juan y de las provincias de Veragua y Urabá, que se le señale y libre salario como tal Almirante y virrey gobernador, que se le dé y pague gente armada para su guarda, que no intervengan los oficiales de la Casa de Contratación en los negocios de Indias sin el concurso de la persona o personas que el Almirante designe, que se le entregue el diezmo de cuanto produjeron las citadas Indias, etcétera.
Aunque la petición se ajustaba casi por completo a las Capitulaciones de Santa Fe, otorgar aquélla y reconocer la validez de las últimas, equivalía a enajenar para siempre la soberanía de todos los países descubiertos y por descubrir. Era evidente que D. Diego daba un alcance a las citadas Capitulaciones que los reyes no les dieron al estipularlas en el convenio de Santa Fe. Además, ¿podía la Corona, en nuestro sistema actual de legislación, otorgar tales mercedes?
Contestóse al Almirante que, según una ley dada en las Cortes de Toledo de 1480, no podía darse oficio alguno de justicia con carácter de perpetuidad, añadiendo que los dados anteriormente en esa forma debían entenderse otorgados de por vida; de modo que, aun en el caso de que los cargos concedidos a Colón lo hubiesen sido perpétuamente, por la ley dicha la concesión debía entenderse como hecha de por vida. Negada, pues, la petición principal, debían negarse todas las demás que de ella arrancaban.
A pesar de la negativa, merced a las gestiones que hicieron a su favor el duque de Alba[707], Rodríguez de Fonseca y el secretario Conchillos, se dispuso, por Real Cédula de 9 de agosto de 1508, que D. Diego marchara a las Indias y entendiese en la gobernación de ellas, «sin perjuicio del derecho de ninguna de las partes», y, aunque así lo hizo, en 9 de diciembre del mismo año otorgó poder a Juan de la Peña, criado y factor del dicho duque, para que le representase ante los tribunales e hiciere las diligencias necesarias en favor de sus intereses.
El nombramiento de gobernador, hecho a favor de Don Diego, se hizo con arreglo a la Real Provisión de 29 de septiembre de 1509, esto es, con ciertas facultades y por el tiempo que la voluntad real fuere; pero el Almirante insistió en que se le nombrase virrey y gobernador perpetuo de las Indias descubiertas y por descubrir. A ello se opuso el fiscal, sosteniendo que en el segundo capítulo de los otorgados en Santa Fe el 17 de abril de 1492 se concedió el título de gobernador y virrey de las islas y Tierra Firme que se descubriesen a D. Cristóbal Colón; pero sólo a él y no a sus herederos, añadiendo que vacaron dichos oficios a la muerte del primer Almirante «y aun en su vida por deméritos y por usar mal de la merced que le fué fecha, y pasar a más de lo que le fué dado.»