Si examinando el texto de las Capitulaciones el fiscal estaba en lo cierto, don Diego presentó los traslados de dos privilegios: uno, de 23 de abril de 1492 confirmando lo capitulado en Santa Fe, y otro, de 30 de abril del mismo año, en el cual, al conceder a D. Cristóbal el uso de los mencionados títulos, se dice lo siguiente: «Seades nuestro almyrante e visorrey e governador en ellas e vos podades dende en adelante llamar e yntitular don e almirante e visorrey e governador dellas, et assy vuestros hijos e sucesores en el dicho oficio et cargo se puedan llamar e yntitular don e almyrante e visorrey e governador dellas.»
Estimó el fiscal que el último privilegio no alteraba las Capitulaciones, ni podía alterarlas; pero, dado que se entendiese como quería D Diego, resultaba contrario a las leyes. Replicó el Almirante.
El 5 de mayo de 1511 el Consejo Real, formado por los doctores Carvajal, Palacios Rubios y Cabrero, y los licenciados Zapata, Muxica, Santiago, Aguirre y Sosa firmaron la declaración o sentencia que a continuación copiamos: «1.º Que al Almirante y sus sucesores pertenecían la gobernación y administración de justicia, en nombre de los reyes, así de la Isla Española como de las otras islas que el Almirante D. Cristóbal Colón, su padre, descubrió en aquellos mares, y la de aquellas islas que por industria del dicho su padre se descubrieron, con título de virrey de juro y heredad para siempre jamás, para que por sí y sus tenientes y oficiales de justicia, conforme a sus privilegios, pudiesen ejercer y administrar la jurisdicción civil y criminal de las dichas islas, cómo y de la manera que los otros gobernadores y virreyes la usan y pueden y deben usar en los límites de su jurisdicción. 2.º Que la décima del oro y demás cosas pertenecía al Almirante D. Diego y a sus sucesores de juro y heredad, ahora y para siempre. 3.º Que no pertenecía parte ni cosa alguna al Almirante D. Diego y sus sucesores de los diezmos eclesiásticos. 4.º Que de las penas que pertenecían a la Cámara de sus Altezas no correspondía parte alguna al Almirante ni a sus sucesores, pero que pertenecían al Almirante y a sus oficiales las penas que por las leyes correspondían a las justicias y jueces. 5.º Que las apelaciones interpuestas de los alcaldes por elección o nombramiento de los Consejos, fuesen primeramente al Almirante y a sus tenientes y de ellos fuesen a sus Altezas y a sus Audiencias. 6.º Que sus Altezas podían poner en las islas jueces que conociesen de las apelaciones. 7.º Que también pertenecía a sus Altezas el nombramiento de regidores y jurados, fieles y procuradores y otros oficios de gobernación de dichas islas que deben ser perpetuos. 8.º Que la provisión de las escribanías pertenecía a sus Altezas, excepto las del juzgado del Almirante, que pertenecía a éste; pero debiendo poner notarios o escribanos de sus Altezas. 9.º Que sus Altezas podían mandar, cuando lo juzgasen conveniente, tomar residencia al Almirante y a sus oficiales, conforme a las leyes del reino. Y 10. Que a sus Altezas, y a quien su poder tuviese, y no al Almirante, pertenecía el repartimiento de los indios»[708].
Aprobóse la sentencia por Real provisión el 17 de julio del mismo año, y aunque el fiscal Pero Ruiz interpuso súplica, se confirmó aquélla por Real cédula de 5 de noviembre.
Tenaz D. Diego, volvió a continuar sus pleitos, pues con fecha 3 de enero de 1512 Juan de la Peña presentó un escrito para que se declarase que el Almirante no estaba obligado a hacer residencia, que los jueces nombrados por la Corona sólo podrían conocer en grado de apelación, que se declarase pertenecerle la gobernación del Darién y que se le autorizara para tomar en el repartimiento los indios que necesitase para su grangería. Se opuso el fiscal a estas pretensiones, replicó Peña en nombre del Almirante, acordando el Consejo que su Alteza proveería respecto a la residencia y que se recibiese el pleito a prueba por término de ciento veinte días—que luego se amplió hasta un año—lo relativo a la gobernación de Darién.
En tanto que probaba D. Diego con las declaraciones de 39 testigos cómo su padre había descubierto el Darién, formuló en 29 de diciembre de 1512 una protesta contra la sentencia dada en Sevilla el año anterior por el Consejo Real.
Continuaron los pedimentos y réplicas, llegando el atrevimiento del Almirante a «consignar en un memorial de agravios que contenía 42 capítulos, que le correspondía el gobierno absoluto, provisión de oficios, administración de justicia y percepción de rentas en la tierra extendida de polo a polo al Occidente de la línea trazada por el pontífice Alejandro VI, a las islas del Pacífico, y a más, si más se descubriese, sentando que no le alcanzaba el precepto legal de dar residencia de sus actos. Añadió en dichos documentos que los reyes de Castilla no tenían facultad para entender en el repartimiento de indios, ni para establecer tributos de cualquiera especie que fueran, toda vez que habrían de afectar al décimo y octavo de productos, pertenecientes al Almirantazgo por las Capitulaciones de Santa Fe, y afirmó, en fin, su derecho a percibir parte de los diezmos eclesiásticos y de las penas de Cámara, y a nombrar, no solamente los consejos de los pueblos, sino los capitanes de los navíos que fueran a las Indias»[709].
Sin embargo de peticiones tan exageradas y hasta imprudentes, continuaron las pruebas de testigos. Volvió a insistir el 15 de diciembre de 1515 en un nuevo memorial de agravios, con otros 42 capítulos, recayendo sentencia, dada en la Coruña el 17 de mayo de 1520. En dicha sentencia se disponía cómo habían de proveerse los oficios en Indias; se declaró que el Almirante tenía derecho de gobernador y virrey en todas las islas que su padre descubrió o por su industria se descubrieron; se dispuso que se guardase lo acordado é determinado acerca de los indios libres; se hizo constar que el Rey podía nombrar comisarios que procediesen contra el Almirante, bien que el proceso se había de remitir al Consejo Real para que administrasen justicia; se ordenó que no se tomase residencia al Almirante sino en ciertos casos, pero el Rey podía mandar que se tomase residencia a los jueces nombrados por el Almirante; se concedió permiso al dicho Almirante para nombrar un representante suyo en la casa de Contratación; y, por último, se consignó que al Almirante correspondía la décima parte de los productos de las Indias, excepto el almojarifazgo y otros servicios.
Con la misma fecha de la sentencia se dictó Real Cédula ordenando a Miguel de Pasamonte, tesorero de la Isla Española, que entregase anualmente 376.000 maravedises al Almirante, «para su ayuda de costa, en alguna enmyenda y remuneración de lo mucho que a gastado después que vino de las yndias andando en nuestra corte y servicio e en equivalencia de lo que llevava a causa de la gente que se le solía librar.»
Apeló don Diego de la sentencia el 23 de agosto de 1520, y como se opusiese el fiscal, en 24 de abril de 1524 solicitó que se mandasen buscar y traer los procesos incoados el 1500 y 1501, «por los quales constó e pareció que de fecho e contra derecho el almyrante don cristóbal colón ynjustamente hizo ahorcar e matar a ciertos ombres en la ysla española e les tomó sus bienes, de cuya causa el Rey e Reina católicos, de gloriosa memoria, se movieron a le mandar venyr a esta corte detenydo e le quitaron los oficios de visorrey e gobernador.»