Cada vez más intransigente, Don Diego quiso oponerse a las pretensiones de Hernán Cortés y Diego Velázquez, alegando que la gobernación de Yucatán le pertenecía. ¿No era un absurdo creer que por las Capitulaciones de Santa Fe todo lo que se descubriese debía convertirse en feudo de la familia de Colón?
Habiendo muerto Don Diego, su viuda, doña María de Toledo, continuó los pleitos en nombre de su hijo Don Luis, apoyada por su cuñado Don Fernando y por su padre el comendador mayor de León. Después de muchos incidentes, Doña María, la desdichada virreina, como ella se intitulaba, logró que el mismo Don Hernando de Toledo se personase en el pleito, consiguiendo que el 25 de junio de 1527 se declarasen nulas las sentencias dadas en Sevilla y la Coruña; a su vez se mandaba que se vieran y fallaran de nuevo los autos. Hasta el 27 de agosto de 1534 no se dictó sentencia, la cual constaba de 33 capítulos; en ella se reconocía una vez más a los herederos de Cristóbal Colón el derecho al almirantazgo de Indias, extendiéndose su gobierno al Darién, con facultad de poner en éste un teniente; mas se le negaba derecho a la décima del impuesto de almojarifazgo y a parte alguna de los diezmos eclesiásticos.
Vese con toda claridad que los Colones veían premiados sus esfuerzos; pero cuanto más se les concedía, mayores eran sus ambiciones; así que tampoco se dieron por satisfechos con el último fallo. Tanto molestó esta conducta al fiscal Villalobos, que formuló un alegato, queriendo demostrar que las Indias se descubrieron, no por industria de Colón, sino por la de Martín Alonso Pinzón y otros marinos. Sostuvo, del mismo modo, que los reyes otorgaron mercedes y privilegios a Colón, creyéndole descubridor. Terminaba afirmando que la mitad de las honras y provechos correspondían al dicho Pinzón, según el convenio celebrado por ambos marinos antes de emprender el viaje. El Consejo estimó impertinente el alegato, y, con fecha 18 de agosto de 1535, dictó nueva sentencia, reconociendo a los sucesores del Descubridor del Nuevo Mundo el derecho de disfrutar perpétuamente los oficios de virrey y gobernador en la Isla Española y adyacentes, en las provincias de Paria y de Veragua, en Tierra Firme; también percibirían la décima de las rentas reales.
Los defensores de Don Luis Colón, tercer Almirante, volvieron a interponer nueva apelación, y tacharon de injusta la anterior sentencia.
Lejos de imponer a los tenaces litigantes perpetuo silencio, como por el matrimonio de D. Diego Colón con Doña María de Toledo, el Almirante de Indias se había emparentado con las casas más poderosas de la nobleza, se pensó acabar los litigios mediante una transacción. Se ofreció al Almirante el territorio comprendido entre el Cabo de Gracias a Dios y Puerto Bello, y los islotes adyacentes, con título de Duque o Marqués. Vínose al fin a un acuerdo, encargándose Fray García de Loaysa, Cardenal de Santa Susana, Obispo de Sigüenza, Presidente de Indias y Comisario general de la Santa Cruzada, y el Doctor Gaspar de Montoya, del Consejo de Castilla, de dictar un laudo arbitral, como así hicieron el 28 de junio de 1536. Por él D. Luis Colón y sucesores conservarían el título de Almirante de Indias con diez mil ducados de renta en ellas, la isla de Jamaica, con título de Duque o Marqués, 25 leguas cuadradas en Veragua con jurisdicción civil y criminal, y otras preeminencias y rentas para las hijas de D. Diego Colón.
Don Luis no rechazó la sentencia, si bien se consideró perjudicado y logró, por decisión del Consejo, que el Emperador confirmó por Cédula de 6 de septiembre, que se mejorasen las condiciones de la mencionada sentencia. Luego, por otra Cédula de 8 de noviembre, se dió a Doña María de Toledo la cantidad de cuatro mil ducados en oro, pagados por las Cajas de Puerto Rico.
El testarudo D. Luis volvió a sus reclamaciones, y el pacientísimo Emperador, para terminar de una vez para siempre, consintió nuevo juicio arbitral, que decidieron el dicho Cardenal Loaysa y D. Francisco de los Cobos, Comendador Mayor de León, en laudo de 5 de febrero de 1540.
Por último, D. Luis volvió a provocar nuevos incidentes, que terminaron cuando la muerte arrebató la vida del tercer Almirante de Indias.
«Esta rápida exposición de los hechos—escribe el Sr. Becker González—basta para destruir la leyenda de la ingratitud de España con el descubridor y con sus sucesores. Se les dió alta posición política y social, pingües rentas, grandes posesiones territoriales y títulos honoríficos, y lograron enlazarse con una de las principales familias de la nobleza. ¿A qué más se les considera con derecho, y que más podían pretender? ¿Qué más ha hecho nación alguna por sus descubridores, por sus navegantes y por sus conquistadores? ¿Quién no recuerda cómo Inglaterra trató a Raleigh, a Clive y a Hastings, y Francia, a Dupleix y a Lally?»[710].