Tanta fué la pobreza de Puerto Rico a causa de las incursiones y guerras de sus enemigos, que Felipe II, desde Madrid y con fecha 28 de abril de 1566, concedió a sus vecinos que no pagasen por las cosas que exportaran alcabala ni almirantazgo[395].
Trasladaremos aquí, no por la importancia que tiene, sino porque indica el carácter de Felipe II, lo que dijo, desde Badajoz (26 mayo 1580) al obispo de Puerto Rico: «Nos somos informados—dice—que teneis por vuestro Provisor e Vicario general en ese obispado a Fray Francisco, de vuestra orden, y sabiendo vos que esto no es de las cosas que se deben remitir, no fuera razón que lo ovieredes hecho, ni que se entendiera que excedeis de lo que es justo, pues vuestro oficio es propio de dar exemplo, y porque el mal que de esto resulta no pase adelante, os ruego y encargo que luego removais del dicho cargo al dicho Fr. Francisco, proveyéndole en persona que no sea Fraile, el qual lo deba exercer conforme a lo que dispone el Derecho Canónico.—Yo el Rey.—Por mandado de S. M., Antonio de Eraso»[396]. Si Felipe II hubo de censurar la conducta del obispo de Puerto Rico, Felipe III, desde Ventosilla (24 abril 1605) se dirigió al prelado de dicha isla diciéndole que mandase a España a los religiosos que andaban sueltos dando escándalo y mal ejemplo[397]. Desde el mismo punto y con la misma fecha mandó idéntica cédula al gobernador y capitán general[398].
Por lo que á la guerra respecta, los ingleses intentaron apoderarse de Puerto Rico. Francisco Drake, en el año 1595, se presentó con poderosa flota en el puerto de la ciudad de San Juan, donde quemó varias embarcaciones, saqueando luego la población. A los dos años, esto es, en 1597, el conde Jorge Cumberland se apoderó de la isla con ánimo de establecerse en ella; pero terrible epidemia que se cebó en sus tropas, le obligó a retirarse, no sin muchos despojos y setenta piezas de artillería[399]. Los españoles, a fin de no sufrir tales incursiones, levantaron el fuerte del Morro para su defensa; defensa importantísima, según pudo verse en el año 1625, cuando el general holandés Boduino Enrico desembarcó en San Juan, pues si llegó a sitiar el castillo, no pudo tomarlo, teniendo que levantar el bloqueo. Continuaron las acometidas de los ingleses a Puerto Rico, señalándose especialmente la de 1702, en la cual se defendió con arrojo el capitán Correa.
Habremos de recordar que los dinamarqueses comenzaron a poblar los cayos de San Juan, contiguos a la Isla de Santo Tomás, ya ocupada por ellos y donde habían construído un fuerte de cal y canto con nueve piezas montadas, 25 soldados de guarnición y nueve familias. Pensando el virrey de Nueva Granada que la concurrencia de más pobladores pudiera causar perjuicios a España, expuso sus temores al Rey. Ordenó Felipe V al virrey—cédula de 5 de junio de 1720—que mandase a Puerto Rico dos ó tres fragatas guardacostas o piraguas armadas, para que unidas con las balandras de corso del capitán D. Miguel Enríquez, desalojasen de los mencionados cayos a los dinamarqueses. Añadía que le informara acerca de los medios más prontos y seguros para ejecutar lo mismo en la de Santo Tomás, como también si la empresa podría emprenderla la armada de barlovento auxiliada de las milicias y balandras de Puerto Rico, para lo cual pidiese las noticias conducentes a este gobernador[400].
Si los ingleses, a mediados del siglo xviii, desembarcaron cerca de Ponce, tuvieron pronto que retirarse. A fines de la centuria el almirante Harvey, al frente de fuerte escuadra y 10.000 hombres de desembarco, se presentó en San Juan, donde se encontró con la defensa del gobernador Castro. Después de reñidos combates, Harvey levantó el campo.
Conviene no olvidar que también Carlos III, hallándose en San Lorenzo (14 octubre 1779) hubo de declarar que había concedido al duque de Crillón, con ciertas condiciones, cuatro leguas cuadradas de tierra en la isla de Puerto Rico[401].
Si desde Aranjuez, con fecha 5 de junio de 1768, se ordenó al gobernador de Puerto Rico, que para cortar disputas, los asuntos civiles, si se apelasen, lo habían de ser a la Audiencia de Santo Domingo[402], en el siglo xix fueron modelo los tribunales de justicia de la isla. Después, en el año 1898, pasó del poder de España al de los Estados Unidos.
Por lo que a la isla de la Mona se refiere, la cual se halla entre las de Santo Domingo y Puerto Rico, el Rey, con fecha 16 de junio de 1511, agregó su administración al gobierno de San Juan, revocando dicha orden el 11 de julio del mismo año, cuando supo que el almirante D. Diego se la había dado por repartimiento a su tío el Adelantado. El 19 de octubre de 1514, volvió el Rey a tomar para sí la isla y en 1520 mandó el Emperador entregar los indios y la hacienda que tenía en la Mona a Francisco Barrionuevo. Gonzalo Fernández de Oviedo, en carta escrita a SS. MM. (31 mayo 1537) decía lo siguiente: «Han de mandar VV. MM. que en la isla de la Mona, que está entre aquesta isla é la de Sant Joan, se haga otra fortaleza porque está en el paso, é allí no hay sino un estanciero é pocos indios, é hay buena agua é de comer, é puesto donde reposadamente pueden estar seguros los salteadores é armados, é atender á las naos que de aquí salen para España. E de Sant Joan é de esotras islas de necesidad pasan por cerca de aquella isla é sería muy necesaria cosa é mejor grangería que la que V. M. allí ha tenido é tiene, é con esa misma se podría sostener»[403]. Visitó la isla el obispo Bastidas (año de 1548). Trece años después el licenciado Echagoain dijo a Felipe II que en la Mona no había ningún español y sólo unos 50 indios. Producía buenas batatas, excelentes melones y casabí. Son indios entendidos y en lo espiritual están a cargo del obispo de Puerto Rico[404]. Posteriormente quedó abandonada la isla, aunque sirvió siempre de refugio a corsarios y piratas.
En los tiempos pasados algunas naciones disputaron a España la isla de Viegues. Conquistada por los ingleses, una expedición española procedente de Puerto Rico batió aquéllos hacia el 1647, y poco después otra expedición expulsó también a los franceses. Durante los siglos xviii y xix estuvo la isla bajo el poder de España. «Está Viegues al este de Puerto Rico, entre los 18° 4' y 18° 10' latitud Norte, y entre los meridianos 58° 57' y 59° 16' al occidente del meridiano de Cádiz: su figura es larga y estrecha, y dista 3 leguas de Puerto Rico y 6 de Santo Tomás. Su mayor extensión de este a oeste es de 6 y media leguas y su mayor anchura 1 cuarto de legua. Las tierras de Viegues son como las de Puerto Rico, arenosas en la costa y de superior calidad en las llanuras del interior. Aunque lentamente, la isla va desarrollando sus riquezas, y según el último censo tenía una población de 2.979 almas, distribuídas en los barrios de Pueblo, Ferre, Florida, Puerto Real, Llave, Punta Arenas, Mosquitos y Mulas. Los productos de sus riquezas ascendieron en 1863 a $226.328, según declaración de los propietarios, en la forma siguiente: los de la riqueza urbana $14.346, los de la agrícola $130.596, los de la pecuaria $7.056, los de la mercantil $43.220 y los de la industrial $31.110»[405].
Aunque Viegues fué dependencia política de Puerto Rico, durante la dominación española de la Gran Antilla, formaba parte del grupo de las Vírgenes[406].