Cuando, a mediados del siglo xvii, escribió Solórzano su libro titulado Política Indiana, había en las Indias cinco iglesias metropolitanas y 28 sufragáneas. La arzobispal de la Española o Santo Domingo tenía por sufragáneas la de Cuba, Puerto Rico, Caracas o Venezuela y la Abadía de Jamaica. La arzobispal de Santa Fe de Bogotá tenía por sufragáneas la de Cartagena, Santa Marta y Popayán. La arzobispal de México tenía por sufragáneas la de Tlaxcala o Puebla de los Angeles, la de Guaxaca o Antequera, la de Mechoacán, Yucatán, Guatemala, Chiapa, Nueva Galicia o Guadalajara, Nueva Vizcaya, Honduras o San Salvador. La arzobispal de Lima o de los Reyes tenía por sufragáneas la de Panamá, Quito, Trujillo, Guamanga y Arequipa; además otras dos que caen en la provincia o reino de Chile, llamadas Santiago y la Concepción. La arzobispal de la Plata o las Charcas tenía por sufragáneas la de la Paz, Tucumán, Santa Cruz de la Sierra o la Barranca, Río de la Plata o Buenos Aires y Paraguay[812].

Diferentes cambios y mudanzas sufrió la división eclesiástica. Hubo un tiempo en que había arzobispados en México, Bogotá, Santiago de Cuba (antes de Santo Domingo), Lima, Charcas, Guatemala y Caracas. Bajo el arzobispado de México se hallaban los obispados de Puebla de los Angeles, Oajaca, Mechoacán, Guadalajara, Yucatán, Durango, Nuevo-León y Sonora; bajo el de Bogotá los de Popayán, Cartagena, Santa Marta y Maracaibo; bajo el de Santiago de Cuba el de la Habana y Puerto Rico; bajo el de Lima los de Cuzco, Arequipa, Trujillo, Guamanga y Mainas, además de los de Quito y Cuenca correspondientes a la Presidencia de Quito, el de Panamá de Nueva Granada, y los de Santiago y la Concepción correspondientes a la Capitanía general de Chile; bajo el de Charcas los de la Paz, Santa Cruz de la Sierra, Paraguay, Tucumán, Buenos Aires y Salta; bajo el de Guatemala los de Comaycua, Nicaragua y Chiapa; y bajo el de Caracas el de Guayana.

Pasando a otro asunto haremos notar que en todas las Iglesias catedrales había dignidades (Deán, Arcediano, Chantre, Maestrescuela y Tesorero), diez canónigos, seis racioneros y seis medio racioneros, dos curas para la parroquia de la Iglesia, seis capellanes y seis acólitos; también existían los oficios de organista, pertiguero, mayordomo, cancelario y perrero[813].

Los arzobispos y obispos estaban en la obligación de defender a los indios que injustamente fuesen vejados por negligencia, ausencia ó notoria injusticia de los jueces seglares[814].

El poder de la Corona en asuntos religiosos no podía ser mayor, tal vez a veces fué más de lo conveniente. Habremos de recordar que las Bulas Pontificias no podían pasar a América sin el exequatur del Consejo de Indias. Las iglesias, monasterios y hospitales habían de erigirse con acuerdo de las Ordenanzas Reales. Los eclesiásticos no podían pasar a las colonias sin obtener antes el permiso del Rey. De modo, que la Iglesia católica en América dependía, lo mismo en lo referente a las personas que a los cargos o dignidades, de los monarcas sus patronos. El Patronato Eclesiástico, pues, fué poderoso y eficaz agente para mantener bajo el dominio de los reyes españoles los dilatados y distantes territorios de las Indias.

Por lo que respecta al clero colonial se hallaba organizado como el de la península, difiriendo sólo por el medio en que se movía. Los curas desempeñaban el trabajo parroquial en las ciudades españolas, los doctrineros (sacerdotes) enseñaban la doctrina y administraban los sacramentos en las aldeas de los indios, y los misioneros predicaban el evangelio en tierras salvajes. El clero secular dependía de los obispos de sus respectivas diócesis, los cuales se reunían en Concilios provinciales para dar unidad al culto y disciplina eclesiástica. Muchos obispos fueron varones de grandes virtudes; no pocos clérigos españoles y criollos cumplieron con su deber, como también los misioneros, teniendo que lamentar y censurar la conducta mundana de los que se separaban de la doctrina de la Iglesia. Sentimos tener que decir que no era corto el número de clérigos sensuales, codiciosos, regalones y perturbadores de la paz de los pueblos. No respetaban ni hacían caso de los jueces seglares, llegando su atrevimiento a no respetar tampoco la autoridad de los prelados[815].

Podían dividirse los curatos en dos clases: unos estaban administrados por clérigos, y otros por religiosos regulares. Los curatos de clérigos se proveían por oposición; los de los regulares mediante terna para que eligiese el vice-patrono. Unos y otros procuraban enriquecerse; pero más los últimos, lo cual provenía de la poca seguridad que tenían en desempeñarlo mucho tiempo. Debemos hacer una excepción: la Compañía de Jesús cumplía mejor con su instituto y los Padres eran más celosos, prudentes, justos y morales.

Respecto al establecimiento del Tribunal de la Inquisición, ya sabemos el celo y cuidado que pusieron los Reyes Católicos D. Fernando y D.ª Isabel, celo y cuidado que continuaron sus sucesores. Desde que se descubrieron y poblaron las Indias Occidentales se encargó a sus primeros obispos por el cardenal de Toledo e inquisidor general que procediese en sus respectivos distritos en las causas de la Fe, no sólo como pastores de sus ovejas, sino también por la delegada de inquisidores apostólicos que él les daba y comunicaba. Se dispuso del mismo modo que «los gobernadores y justicias seglares no se entrometiesen en hacer oficios de inquisidores, ni los dichos prelados conociesen, por vía de inquisición, de cosas que no fuesen graves, y que para ello los gobernadores y ministros les diesen todo favor»[816]. Tiempo adelante pareció conveniente y aun necesario que se pusiesen tribunales de la Inquisición o del Santo Oficio, a imitación de los establecidos en España. Creóse por Real cédula de 25 de enero de 1569, para mantener en las colonias la pureza de la fe y evitar la comunicación de los españoles con los herejes y los sospechosos de herejía, cuyas doctrinas debía castigar y extirpar, evitando que se propagaran y esparcieran en el Nuevo Mundo. Erigiéronse dos tribunales: uno en la ciudad de Lima o de los Reyes, cabeza o corte de las provincias del Perú, que comenzó a funcionar en 1570; y otro en México, metrópoli de las provincias de la Nueva España, que comenzó a funcionar en dicha capital en 1571.

Para la creación de los tribunales de Lima y México se hallan dos Provisiones Reales de Felipe II, dadas en Madrid a 16 de agosto de 1570, y en ellas se refieren los motivos que obligaron a erigirlos. Muchos fueron los privilegios y prerrogativas de que gozaron en todos tiempos los inquisidores.

Después, comprendiendo que tan alto ministerio no se podía ejercer convenientemente por la distancia de las provincias, se erigió otro tribunal en Cartagena (Nueva Granada), cuya erección se hizo reinando Felipe III y siendo inquisidor general D. Bernardo de Rojas, arzobispo de Toledo, el año de 1610. Las Reales cédulas se despacharon en Valladolid a 8 de marzo del citado año, y tuvo jurisdicción en el virreinato de Santa Fe y en las capitanías generales de Venezuela, Cuba y Puerto Rico. Pocas veces se aplicó la muerte en la hoguera, lo cual viene a indicar que sus procedimientos allí no fueron tan crueles como en España. En los Autos de fe celebrados en Lima desde el año 1573 al 1736, sólo se quemaron 30 procesados, pues los restantes fueron condenados a azotes, reclusión, galeras o destierro. Casi lo mismo que en Lima sucedió en México. Las principales víctimas de la inquisición fueron los protestantes extranjeros, los judíos y judaizantes españoles ó portugueses, los denunciados como brujos o magos, los blasfemos y los bígamos. Fué poderoso auxiliar el Santo Oficio de la política de aislamiento seguida por nuestros reyes en sus posesiones de Indias. Temían los extranjeros con razón caer en manos del Santo Oficio. Extremó sus rigores en la prohibición de libros, considerando a algunos heréticos y a otros revolucionarios, desde el punto de vista político. Todavía tenían más odio a los que en el siglo xviii exponían doctrinas sensualistas o ideas enciclopedistas; en una palabra, a los que de algún modo se separaban, en política, del absolutismo, y en religión, del escolasticismo. Nada consiguió la inquisición, pues ni pudo contener los extravíos ni las inmoralidades de la masa inculta, como tampoco logró contener la propagación de la heterodoxia protestante y del enciclopedismo filosófico. No tuvo el Santo Oficio jurisdicción sobre el indio. Gozaban los indígenas de los privilegios concedidos por el derecho eclesiástico a los miserables y rústicos «por su simplicidad, menor malicia e imperfecto conocimiento.»