A su vuelta, deseando Fernando VI mejorar la educación de la nobleza, le confió la dirección del Real Seminario de Nobles, de la que tomó posesión el 24 de Mayo de 1770.
Una vida de tanta actividad mental y física cayó prematuramente en postración profunda. Hacía ya algunos años que venía padeciendo de cólicos biliosos que frecuentemente interrumpían sus tareas científicas y le ponían en trance de muerte. El 23 de junio de 1773, a los 60 años de edad, como herido por un rayo, murió por una parálisis cerebral.
España entera lloró la muerte del insigne hijo de Novelda. Sus funerales en la parroquia de San Martín fueron suntuosos. Depositado su cadáver en una de las bóvedas de dicho templo, se trasladó después a la Capilla de Nuestra Señora de Valbanera, que fué destruída durante la invasión francesa de 1808. El gobierno de José Bonaparte proyectó erigir en San Isidro un panteón donde reposasen los restos de españoles ilustres. En espera de que el panteón llegara a terminarse, los de Jorge Juan se trasladaron desde su antiguo mausoleo a la Casa Municipal. Al erigirse, año 1845, en la ciudad de San Carlos, provincia de Cádiz, el panteón de Marinos ilustres, allí fueron llevados los restos del esclarecido sabio, gloria de la Armada Española y de su patria.
J
Carta de Fray Francisco de Bustamante y de otros religiosos de la orden de San Francisco al emperador Don Carlos, exponiendo la necesidad de adoptar disposiciones para evitar competencias entre el virrey y la Audiencia de la Nueva España.
México, 20 de octubre de 1552.
Sacra, Catholica, Çesarea, Real Magestad. Por cartas de V. M. nos ha sido mandado que, de lo que se ofreciere tocante á vuestro Real servicio y conciencia y al buen gobierno destas dos repúblicas española é indiana, demos relación. Ayuntados en nuestra Congregacion capitular, é confiriendo sobre lo dicho, pareció hazer saber á V. M. como al presente ay gran confusion en esta tierra, asi entre indios y españoles, como entre el Vyrrey y la Audiencia. Porque él, como governador, quiere prover lo que le parece que más conviene á la utilidad y buen gobierno de la tierra, y la Audiencia, por vía de appellacion, desaze lo que vuestro Visorrey manda y provee; de donde se sigue que los negocios no tienen buena expedicion, y los que tocan á los yndios se haze pleyto ordinario dellos, y como no se saben defender, redunda en daño dellos. Lo otro, que la persona del visorrey, que representa la vuestra, pierde gran parte de la auctoridad; lo qual parece causar gran detrimento en los yndios, á causa de tener ellos grande acatamiento y repecto al que representa la persona de V. M., y este pierde, viendo que la Audiencia desaze lo que el visorrey ha proveydo. Por lo qual, supplicamos á V. M. mande declarar á qué se estiende la Autoridad y poder de vuestro visorrey, y si proveyendo él como governador, ha lugar la appellacion, de lo que él proveyere, para vuestra Real Audiencia; porque acá parece en esto aver los ynconvenientes ya dichos y otros, como quiera que hasta aqui no emos sentido ni conocido de vuestro visorrey sino que tiene muy gran deseo y voluntad de favorecer y defender á estos pobres naturales, y cumplir lo que V. M. le tiene encargado y mandado. Cuya Real Persona y felicissimo estado Nuestro Señor prospere y acreciente en su santo servicio, con augmento de su Santa Fee Catholica. De Mexico, XX de Octubre de 1552.
De V. M. menores siervos que sus Reales é Imperiales manos besan.