Pizarro había salido de la isla de Puna y desembarcado en Túmbez. Vió con sorpresa que aquella población, donde antes fuera agasajado con tanta solicitud, se hallaba desierta y casi destruída. Pudo, sin embargo, apoderarse de algunos fugitivos, entre los cuales se hallaba el curaca de Túmbez, quienes le dijeron que la ruina del pueblo era consecuencia de la guerra civil que destrozaba el imperio. Militaban en opuestos bandos las tribus feroces de Puna y los de Túmbez, logrando aquéllas la victoria y con la victoria terrible castigo de sus enemigos. Grande era el desaliento de los españoles, sin embargo de las brillantes pinturas que les hicieron los indios acerca de la riqueza del país y de la magnificencia de la Corte imperial. Creían que todo era leyenda.
Comprendió Pizarro que no había que perder tiempo. A principios de mayo de 1532, habiendo dejado a los menos fuertes y a los enfermos en Túmbez, él se dirigió por el camino más llano hacia el interior, en tanto que Hernando de Soto marchó a explorar las faldas de la sierra. Ordenó, bajo severas penas, que a los indígenas no les fuese hecha fuerza ni descortesía. A unas 30 leguas al Sur de Túmbez encontró el rico valle de Tangarala, cuyas condiciones le parecieron buenas para el establecimiento de la colonia. Tan buenas le parecieron que, sin perder tiempo, dispuso que se trasladasen allí los que había dejado en Túmbez. En cuanto llegaron se comenzó a edificar la colonia de San Miguel, la cual se abandonó después por un sitio más sano en las márgenes del Piura. El nombre de San Miguel de Piura recuerda la primera fundación colonial de los españoles en el imperio de los incas. Habiendo esperado en vano refuerzos, a los cinco meses de desembarcar en Túmbez, salió Pizarro (24 septiembre 1532) al frente de su pequeño ejército, dejando en San Miguel algunas fuerzas al mando del contador Antonio Navarro. Llevaba 100 infantes (entre ellos tres arcabuceros y unos 17 ballesteros) y 77 caballos; con hueste tan escasa penetró en el corazón del país y se dirigió al campamento de Atahuallpa. Atravesaba hermosas y bien cultivadas tierras; canales y acueductos cruzaban de una parte a otra, regando árboles frondosos y deliciosas huertas. Flores de diferentes clases despedían puros aromas, que saturaban la atmósfera. Por todas partes eran recibidos con contento por los sencillos habitantes. En todos los pueblos de alguna importancia se encontraba alguna fortaleza o posada real, residencia del Inca en sus viajes; también en ella había cómodo alojamiento para las tropas y almacenes para los víveres.
Comprendiendo Pizarro que el desaliento comenzaba a cundir entre los suyos, tomó una resolución atrevida. Con el pretexto de pasar revista á su pequeño ejército, dijo a los soldados que si alguno no tenía valor para seguir adelante, podía volverse a S. Miguel, cuya guarnición era corta, ofreciéndoles desde luego la misma cantidad de tierras y vasallos que los repartidos a los nuevos colonos. Consiguió Pizarro lo que se había propuesto; sólo cuatro infantes y cinco de caballería se aprovecharon del permiso general.
Volvió a emprender su marcha y se detuvo en un pueblo llamado Zaran, en tanto que Hernando de Soto se dirigió hacia Caxas en busca de noticias sobre el estado de las cosas. Volvió Soto a los ocho días de haber salido, acompañado de un embajador del Inca y de otros indios de inferior condición. Hízole el embajador por orden del Inca, un regalo de poca valía y le invitó, en nombre también de su amo, a pasar al campamento de Caxamalca. Pizarro del mismo modo obsequió al Inca con un gorro de paño encarnado, algunas bagatelas de vidrio y otros juguetes, mandándole a decir que deseaba llegar pronto a su presencia. Hernando de Soto, habiendo visitado a Caxas y a la ciudad vecina de Guancabamba, volvió á dar cuenta de su misión á Pizarro; díjole, entre otras cosas, que el Inca estaba acampado con poderoso ejército en Caxamalca y los muchos recursos con que contaba.
Prosiguió su marcha, se detuvo en Motupe y llegó por fin al pie de los Andes. Reconoció un camino en dirección al sur que iba al Cuzco, y que muchos deseaban seguir; pero se opuso a ello Pizarro, importándole poco los grandes peligros, porque la ayuda de Dios es mucho mayor. Emprendióse la subida de los Andes, marchando a la cabeza Pizarro con 60 infantes y 40 caballos; su hermano Hernando debía seguirle con la demás fuerza. Estrechas y muy pendientes sendas en los ásperos costados de los precipicios que formaban las altas montañas, peñascos que se levantaban en medio del camino, escalones hechos de la misma piedra y por los cuales tenía que subir el soldado, llevando los caballos por la brida, y allá, en la cumbre de una garganta, una fortaleza, hecha de piedra, donde un puñado de hombres hubieran podido disputar el paso a un ejército entero, y todavía más arriba otra fortaleza más fuerte que la anterior. En ella se alojó Pizarro para pasar la noche. Al día siguiente, sin esperar á su hermano que le seguía de cerca, emprendió su marcha por los intrincados desfiladeros de la sierra. El frío era horroroso y la vegetación pobre. En lugar de las diferentes clases de animales que antes habían visto, ahora sólo contemplaban la vicuña, que desde encumbrado pico parecía mofarse del cazador; y en lugar de los brillantes pájaros que eran la alegría de los espesos bosques de los trópicos, ahora únicamente miraban el condor «que cerniéndose en los aires—como dice Prescott—á una elevación inmensa, seguía con melancólicos gritos la marcha del ejército, como si el instinto le guiara por el sendero de la sangre y de la carnicería...»
Llegaron, tras penosa marcha, a la cumbre de la cordillera. Desde allí se extiende árida y dilatada llanura, cubierta de pajonal, hierba amarilla, que vista desde abajo ciñendo la base de los picos cubiertos de nieve, e iluminada con los rayos de ardiente sol, parece pináculos de plata engarzados en oro. Detuvóse Pizarro para esperar la retaguardia. Estando reunidos los dos hermanos, llegó una embajada india trayendo un regalo de llamas al jefe español. Dijo el embajador que su señor deseaba verle cuanto antes, y que a la sazón se encontraba cerca de Caxamalca, en un sitio donde había manantiales de agua caliente. Con cierto orgullo hubo de hacer alarde del poder militar y de los recursos de Atahuallpa. Pizarro, por su parte, no negó las proezas militares de Atahuallpa, si bien dijo que el soberano español se hallaba tan por encima del Inca, como lo estaba el Inca del último de los curacas.
Continuaron la marcha los españoles, empleando todavía dos días para atravesar aquellas elevadas cordilleras. Comenzó en seguida la bajada, que no dejó de ser dificultosa. Presentóse otro embajador del Inca con otro regalo de llamas y con las mismas promesas que el anterior.
Al séptimo día de camino avistaron el valle de Caxamalca. Pizarro conocía por las noticias que iba recibiendo la falsa actitud del Inca; pero él había formado el plan que debía seguir y resuelto estaba a ello, tal vez siguiendo el ejemplo de Hernán Cortés y acaso por los consejos que el conquistador de México le diera en España. Sabía que la organización del Imperio era completamente autoritaria y que el Inca personifica la religión, la patria, el ejército y todos los elementos sociales; de modo que el éxito de la empresa consistía en apoderarse de Atahuallpa. Decidióse a realizar empresa tan temeraria. A su vez el Inca formó el propósito de apoderarse de los aventureros, haciéndolos caer en una celada que había dispuesto. Si eran superiores los soldados extranjeros a los suyos, la superioridad dependía exclusivamente de sus armas y de sus caballos; por lo demás, tenían las mismas flaquezas y las mismas pasiones. No recordaba Atahuallpa las tristes predicciones que al fallecer salieron de los labios de Huayna Capac sobre la destrucción del Imperio. Además, acababa de hacer prisionero a su hermano Huascar y dominaba en absoluto lo mismo en Quito que en el Perú.
Era pintoresco el valle de Caxamalca; estaba cultivado con suma habilidad y la vegetación se manifestaba espléndida. Como a una legua de distancia se elevaban columnas de vapor, producidas por las aguas termales, en mucha estima a la sazón por el Inca. En el declive de las colinas se descubrían multitud de blancas tiendas de campaña, donde estaba acampado ejército numeroso. Dividió Pizarro en tres divisiones su ejército y penetró en Caxamalca, que se hallaba completamente desierta. En una ciudad de 10.000 habitantes sólo encontraron tres o cuatro mujeres que les miraron con ojos de compasión. Estaban construídas las casas con arcilla endurecida al sol y los techos eran de paja o madera; algunas se distinguían porque era de piedra su fábrica. Entraron en ella el 15 de noviembre de 1532. Impaciente Pizarro por averiguar las intenciones del Inca, mandó primero a Hernando de Soto con 15 jinetes al campamento imperial y en seguida a su hermano Hernando con 20 caballos más. Habían andado una legua escasa, cuando llegaron al campamento. Hallaron al Inca rodeado de sus nobles, de sus oficiales y de las mujeres de la casa real. Estaba sentado en un almohadón, a la manera de los musulmanes, distinguiéndose, no por su traje, que era más sencillo que el de sus cortesanos, sino por la borla encarnada que le caía sobre la frente. Hernando Pizarro y Hernando de Soto, con dos o tres de los que les acompañaban, se colocaron en frente del Inca, y el primero, en nombre de su hermano, le dió cuenta de su misión, invitándole a que visitase a los españoles en su residencia actual. Atahuallpa no contestó una palabra, ni aun hizo un gesto, aunque se lo tradujo todo el intérprete Felipillo; sólo uno de los nobles que le rodeaban, contestó: «está bien.» Insistió Hernando Pizarro en que él diese la respuesta. Entonces le miró sonriéndose, y le dijo que al día siguiente, con algunos de sus principales vasallos, pasaría a ver al capitán español. Refieren los cronistas españoles que Soto metió espuelas y dió rienda a su hermoso caballo, haciéndole luego caracolear alrededor del Inca, quien conservó su inmutable serenidad, añadiendo que algunos soldados, llenos de temor, huyeron a la desbandada. Hasta tal punto disgustó a Atahuallpa la cobardía de los fugitivos, que les hizo luego matar. Así lo cuentan nuestras historias. En seguida los criados del Inca ofrecieron algunas cosas de comer a los españoles, los cuales no las aceptaron, aunque sí bebieron un poco de chicha, servida en grandes vasos de oro por las bellezas del harén imperial.
El regreso de los embajadores a Caxamalca produjo profundo desaliento en sus compañeros, cuando oyeron referir el esplendor de la corte, lo numeroso y disciplinado de su ejército y la civilización del país. Comprendieron entonces que había sido temeridad el penetrar en el corazón del imperio, sin poder avanzar ni retroceder. Estaban perdidos sin remedio, si Dios no les ayudaba en la empresa. En Dios puso toda su esperanza Francisco Pizarro. Confiad—les dijo—en el auxilio de la Providencia, y si cumplís exactamente mis instrucciones, estoy seguro de que triunfaremos. Convocó a sus oficiales para decirles que se proponía llevar allí al Inca y cogerle prisionero a presencia de todo su ejército. El proyecto sería desesperado; pero no quedaba otro camino. Todo estaba reducido a anticiparse a lo que Atahuallpa trataba de hacer con ellos. Pizarro quería hacer con el soberano del Perú lo que Cortés había hecho con el monarca de México. Pero la prisión del azteca tenía algo de voluntaria y la del Inca era violenta. Además, las fuerzas de Cortés eran mayores que las de Pizarro, y las de Moctezuma eran menores que las de Atahualpa. Ante tantos peligros como rodeaban a los españoles, no es de extrañar que los sacerdotes que iban en la expedición pasasen orando toda la noche.