Entretanto el gobernador, habiendo dejado encargado del gobierno de Cuzco a su hermano Juan, llevando consigo a Manco, se dirigió a Xauxa, donde el citado inca obsequió a Pizarro con una cacería al estilo del país. En Pachacamac celebraron cariñosa conferencia Alvarado y Pizarro, despidiéndose el primero para su gobierno de Guatemala[144].
Nombrado Belalcázar, poco tiempo después, gobernador de Quito, y deseoso de ensanchar los límites de su nuevo gobierno, comenzó sus conquistas hacia el Norte.
Por su parte, preocupaba á Pizarro dónde había de edificarse la futura capital de aquel vasto imperio colonial. El Cuzco se hallaba lejos de la costa, y el pequeño establecimiento de San Miguel estaba situado muy al Norte. En el cabildo celebrado en Xauxa el 29 de noviembre de 1534, se trató de la necesidad de trasladar la población a sitio más conveniente. Manifestaron su opinión algunos vecinos de Xauxa, acordándose el nombramiento de comisionados que examinasen, en el valle del cacique de Lima, dónde podía hacerse la fundación. El comendador Francisco Pizarro, adelantado y capitán general y gobernador en las provincias de la Nueva Castilla, nombró a Ruy Díaz, a Juan Tello y a Alonso Martín para que eligiesen el asiento del dicho pueblo.
Elegido el asiento, se dispuso la fundación de la nueva ciudad (1535), trasladándose luego a ella los pueblos de Xauxa y el de San Gallán. Pizarro puso la primera piedra de la iglesia edificada bajo la advocación de Nuestra Señora de la Asunción, nombró alcaldes y regidores del Cabildo[145]. Aunque no pudo ser más acertada la elección de sitio, el obispo Valverde, en carta escrita al Rey (20 marzo 1539) le decía lo siguiente: «la ciudad de Lima está mal situada; porque podiendo estar junto á la mar, adonde tuviera muy buen sitio y no oviera trabajo en traer las mercaderías, está dos leguas buenas de la mar, y, allende desto está situada sobre el río que va muy tendido y hace muy gran cascajal, y gente de caballo por aquella parte, no la puede defender.»
El sitio que se eligió para la fundación de la ciudad fué el valle de Rimac, por el que corría ancho río, y cuyo clima era delicioso. Acordóse dicho sitio en la Epifanía o Adoración de los Reyes (6 enero 1535), y por ello se llamó Ciudad de los Reyes; pronto se olvidó el nombre castellano, para ser reemplazado por el de Lima, que es una corrupción del nombre primitivo indio de Rimac. Las calles debían ser muy anchas y perfectamente alineadas, cruzándose unas a otras en ángulos rectos y bastante apartados, con la idea de dejar ancho espacio para plazas públicas y jardines. Se le dió forma triangular, teniendo por base el río, cuyas aguas, llevadas por acueductos de piedra, debían atravesar las principales calles y regar los jardines de las casas. La plaza estaría formada por la catedral, el palacio del virrey, la casa de ayuntamiento y otros edificios públicos. El soldado se convirtió en agricultor y la espada en instrumentos del albañil, del herrero y del carpintero. A ayudar a los españoles acudieron indios de más de 100 millas a la redonda.
A la sazón, Almagro el Mariscal, como le llamaban comunmente los cronistas, por orden del gobernador Pizarro, había marchado al Cuzco para encargarse del mando de dicha capital y también para conquistar los países situados hacia el Sur y que formaban parte de Chile.
También por aquellos mismos tiempos llegaba Hernando Pizarro a Sevilla (enero de 1534) con el quinto real[146]. Causó no poca admiración las barras de oro y plata, los vasos de diferentes figuras y los varios objetos representando fuentes, animales y flores. Después de corta estancia de Pizarro en Sevilla, partió para Calatayud, donde se hallaba el Emperador y donde estaban reunidas las Cortes aragonesas. Refirió Hernando ante el Emperador las arriesgadas empresas de su hermano, en particular la prisión del Inca y su magnífico rescate. Nada dijo de la muerte de Atahuallpa, porque suceso tan trágico ocurrió después de su partida del Perú. Carlos V oyó con satisfacción el relato que se le hacía; pero vió con más gusto el oro que venía a llenar el tesoro imperial, agotado a causa de sus ambiciosos proyectos. Tanto fué su contento que concedió todo lo que el afortunado aventurero le pedía. Según las concesiones que hizo el Emperador, Francisco Pizarro debía ocupar el país que en el documento real se llamó Nueva Castilla (Perú), y Diego de Almagro el designado con el nombre de Nueva Toledo (Chile). Sospéchase que no hubiera salido tan bien librado Almagro sin la ayuda que le prestaron en la corte algunos agentes suyos. Hernando Pizarro recibió del mismo modo importantes mercedes; se le dió alojamiento como individuo de la corte, se le hizo caballero de Santiago y se le autorizó para armar una escuadra y tomar el mando de ella.
Formó la escuadra, se lanzó a la mar y llegó, después de luchar con las tempestades y borrascas, al puerto de Nombre de Dios. Si muchos murieron en el puerto por las enfermedades y el hambre, otros con el citado Hernando Pizarro cruzaron el istmo de Panamá y llegaron al Perú. Inmediatamente que supo Almagro las importantes concesiones que le había hecho la Corona, se hizo cargo del gobierno del Cuzco, que sin reparo alguno le entregaron Juan y Gonzalo Pizarro. Pero el Cuzco, ¿caía en la jurisdicción de Pizarro o en la de Almagro?
Por lo pronto Pizarro, fundándose en que todavía no se habían recibido las credenciales, dispuso que sus hermanos volvieran a encargarse del gobierno. Cayó la noticia como una bomba. Entre Almagro y Pizarro renacieron los antiguos odios; entre los partidarios del uno y del otro las disputas eran cada día más acaloradas. Ya iban a llegar a las manos cuando se presentó el Gobernador. Comprendiendo los dos que no convenía un rompimiento que podía traer graves consecuencias, hicieron un contrato que se obligaron a cumplir con solemne juramento pronunciado ante los Sacramentos, y concluyó la ceremonia celebrando la misa el Padre Bartolomé de Segovia (12 junio 1535)[147].
Arregladas sus diferencias, Pizarro volvió a la costa para continuar fundando poblaciones, siendo la más importante despues de Lima, la que llamó Truxillo en honor del pueblo de su nacimiento. Almagro, entretanto, levantó bandera para Chile, pudiendo reclutar mucha gente atraída por la generosidad del viejo capitán.