Comenzaron en seguida los franceses y los indios amigos la guerra contra los iroqueses. Pasado algún tiempo, el P. Le Caron por un lado y Champlain con algunos compatriotas suyos y unos cuantos pieles rojas por otro, emprendieron un viaje de exploración al territorio amigo de los hurones. Champlain y los suyos visitaron el gran lago Hurón, pasando luego a la ciudad de Oluacha y a la capital Cahiagué, encontrando ya instalado en una ermita al misionero P. Le Caron. Siguieron adelante y pasaron el río Onondaga hasta penetrar en territorio de los iroqueses. Franceses y hurones pelearon algunos días, no logrando por cierto ventaja alguna, contra sus enemigos, retirándose Champlain a Quebec el 11 de junio de 1616. Prosperó poco la colonia, a pesar de los viajes anuales que hacía Champlain a París para arbitrar recursos. No pasaremos en silencio que los misioneros católicos, llevados de su celo religioso, penetraron en el país valiéndose de sus «mensajeros del bosque» y de los indios convertidos; pero también conviene no olvidar que al mismo tiempo que predicaban el Evangelio cuidaban de sus intereses materiales, acaparando en gran parte el comercio de aquellas comarcas[7]. «Aunque las Patentes reales iban dirigidas a una verdadera colonización, los individuos que tomaban parte en tales empresas—exceptuando quizás a Champlain—sólo se cuidaban del comercio de pieles. Decían aquellos aventureros que los colonizadores, en lugar de dar vida al comercio, lo mataban. No procuraban establecer hogares felices para pacíficos colonos, ni ponían los medios para formar una comunidad mediante leyes justas y cierto estado de responsabilidad por parte de sus gobernantes; sólo querían estaciones comerciales exclusivamente para ellos. La colonia de Champlain, si en sus comienzos se componía de unas 30 personas, en 1628 ya tenía 150, sucediendo lo mismo con las otras colonias de Trois-Riviéres, Saint-Louis y Tadoussac.
Corría el año 1627 cuando el cardenal Richelieu, ministro de Luis XIII, prestando oidos a las justas quejas de Samuel de Champlain sobre el estado miserable de la colonia, su porvenir y la poca confianza que debía esperarse de los esfuerzos meramente comerciales para el desarrollo del país, decidió encargarse de los intereses de dicha colonia. Su plan era crear poderosa compañía que actuase bajo su inmediata autoridad. De aquí data la existencia de la Compañía de Nueva Francia, más comúnmente conocida con el nombre de la «Compañía de los bien asociados.» Hacíase notar en el preámbulo del edicto el fracaso de las anteriores asociaciones comerciales, comprometiéndose los nuevos asociados a llevar desde el mismo año de 1628 de 200 a 300 colonos, y en los quince años consecutivos un total no menor de 4.000 personas entre hombres y mujeres. El edicto contenía, además, otras disposiciones útiles, como el mantenimiento del clero para las necesidades espirituales de los colonos e indígenas. Cumpliendo las condiciones dichas, la Compañía sería soberana, bajo la autoridad del rey de Francia, de todas las posesiones comprendidas entre la Florida y las regiones árticas, y desde Terranova hasta la parte de Occidente de que pudieran apoderarse[8]. De la Compañía formó parte Champlain, siendo pronto la primera figura, pues ninguno tuvo las cualidades de él.
Aconteció por entonces algo importante. Carlos I de Inglaterra declaró la guerra a Francia y dirigió contra ella dos expediciones: una se encaminó a La Rochelle, que tuvo desastroso fin, y otra a las posesiones francesas del Canadá, bajo el mando de David Kirke. A principios de 1628, Kirke, con su pequeña flota, consiguió apoderarse, en la desembocadura del río San Lorenzo, de 18 barcos franceses que transportaban nuevos colonos y también provisiones, géneros y pertrechos militares para los de Quebec. Tenemos como cosa cierta que si el capitán inglés se hubiera decidido a remontar el San Lorenzo con un par de navíos bien acondicionados, es muy probable que Quebec se hubiese rendido en el verano de 1628; pero Kirke no deseaba entablar lucha si podía evitarla, y calculando que la falta de provisiones reduciría a la corta guarnición en unos cuantos meses al último extremo, aplazó la acción militar hasta el siguiente año. Sucedieron las cosas como él esperaba, hasta el punto que cuando se presentó ante Quebec en julio de 1629, Champlain no tuvo más remedio que capitular.
Durante unos tres años fueron dueños los ingleses de Quebec, bajo el mando de un hermano de Kirke, teniendo que regresar a Francia Champlain con la mayor parte de su gente. El 21 de julio de 1629 se izó la bandera inglesa en la casa de Champlain; pero como anteriormente se había firmado la paz entre Francia e Inglaterra, el Canadá fué devuelto a sus antiguos poseedores, haciéndose entrega formal del territorio en el verano de 1632. La compañía formada por Richelieu hizo poco de provecho, sin embargo de las sobresalientes dotes que adornaban a Champlain. Regresó el ilustre francés a Quebec en mayo de 1633, llevando consigo más de 100 colonos; pero falleció a la edad de sesenta y ocho años (25 diciembre 1635). Alzóse modesto sepulcro en Quebec a una de las glorias más legítimas que ha tenido Francia en América.
Recordaremos algunos hechos acerca de las misiones de la Compañía de Jesús entre los hurones. El superior de los Padres se llamaba Le Jeune. No sería aventurado decir que la obra civilizadora de los jesuítas franceses fué más simpática que la de los católicos españoles y la de los protestantes ingleses. Ellos, con la bondad y el cariño, procuraron ganarse, aunque frecuentemente no lo consiguieron, las simpatías de los indígenas. Como tiempo adelante terrible epidemia diezmase las aldeas iroquesas, los salvajes llegaron a sospechar que los hijos de Loyola, a quienes consideraban dueños de la vida y de la muerte, habían introducido las epidemias para exterminar a los pueblos indígenas de América. Desde entonces fueron los jesuítas objeto de insultos y de persecuciones.
La casa-residencia que fundaron los Padres hacia el año 1640, a orillas del río Wye, junto a su desembocadura en una bahía del gran lago Hurón, era también hospicio, hospital, depósito de mercancías y fortaleza. Designóse con el nombre de Santa María la citada colonia. A ella acudían los hurones convertidos, buscando alivio á sus males, y en el año del hambre (1647) muchos infelices encontraban alimento en la colonia de Santa María. Pero los enemigos terribles de los misioneros y de los hurones eran los iroqueses. Cuadrillas de iroqueses, que aullaban como fieras, penetraban en los pueblos hurones o en las estaciones de los jesuítas, martirizando con los tormentos más horribles a los que caían bajo su poder. Llevaban doquiera el espanto y el terror. El pueblo hurón quedó exterminado en el año 1650, después de largas y sangrientas guerras con los iroqueses. Muchos misioneros, entre otros Isaac Joques y Juan de Brébvent, murieron mártires de su fe. La colonia de Santa María, que ya no tenía objeto, fué destruída por los mismos misioneros franceses, marchando a Francia algunos pocos y quedando en el país unos veinte individuos, que sucumbieron no mucho después.
Mejor suerte tuvo la colonia de Quebec. Sucedió a Champlain en el gobierno el caballero de la Orden de San Juan, Carlos de Montmagny, el superior de los jesuítas y un síndico. Al mismo tiempo que se fundaba en Quebec el Instituto de segunda enseñanza y varias comunidades religiosas, se echaban los cimientos de la Sociedad de Nuestra Señora de Montreal, con un capital de 75.000 pesetas. Dicha Sociedad alcanzó de la Compañía de la Nueva Francia la cesión de Montreal, «que venía a ser—como escribe el Dr. Ernesto Otón Hopp—la llave de los ríos San Lorenzo, con sus innumerables afluentes desde aquel punto, y el Ottava»[9]. El Rey confirmó la donación y concedió otros derechos a la Sociedad; pero le prohibió el comercio de pieles. Los seis socios contrataron 40 hombres armados y nombraron Jefe de la fuerza al noble y devoto Maisonneuve, los cuales desembarcaron el 17 de mayo de 1642. El gobernador de Quebec, Montmagny, en nombre de la Compañía de la Nueva Francia, acudió para entregar al capitán Maisonneuve, representante de la Sociedad de Nuestra Señora de Montreal, el país conocido con este último nombre. De la dirección espiritual de la nueva colonia se encargó el P. Vimont, sucesor de Le Jeune. Comenzóse en seguida a construir un hospital, fundación piadosa que debía servir para curar franceses e indios enfermos, lo mismo a unos que a otros. Tranquilamente se desarrollaba la colonia, hasta que los iroqueses tuvieron de ello noticia. En acecho estaban aquellos salvajes, y cuando se presentaba ocasión, caían sobre algún padre jesuíta o sobre algún otro individuo de la colonia, y le mataban de una manera cruelísima.