En 1547 los araucanos destruyeron la ciudad de La Serena que poco antes fundó Valdivia. Reedificada posteriormente, se la denominó también Coquimbo.
No había pasado mucho tiempo cuando Valdivia, habiendo anunciado públicamente que se dirigía a España, marchó (diciembre de 1547) al Perú. Del gobierno de Chile dejó encargado a Francisco de Villagra. Poco antes (13 junio 1547) hubo de desembarcar en Tumbez el sacerdote D. Pedro de la Gasca, el cual, aunque sólo llevaba el título de presidente de la Real Audiencia del Perú, iba revestido de toda la autoridad del Rey. Púsose Valdivia al lado de la Gasca y fué uno de los que dirigieron la famosa batalla de Saquixaguana (18 abril 1548).
La Gasca, en nombre del Rey, instituyó a Valdivia gobernador de todo el país comprendido desde los confines del Perú hasta el grado 41, con la anchura de 100 leguas, autorizándole para levantar tropas y dirigir expediciones por mar y tierra. Marchó el nuevo Gobernador al frente de la gente que acababa de reclutar, hallándose entre los expedicionarios algunos condenados por la justicia, los cuales cometieron por el camino tales excesos, que Pedro de Hinojosa, general de las tropas reales, con diez arcabuceros, recibió orden de hacer prisionero a dicho jefe. Obedeció Valdivia y se volvió con Hinojosa, justificándose muy cumplidamente de todos los cargos que se le hicieron. A causa de grave enfermedad permaneció inactivo algún tiempo, saliendo luego de Arica para Valparaíso con 200 hombres.
Durante la ausencia de Valdivia habían ocurrido sucesos de no escaso interés en Chile. Aquel Pedro Sánchez de la Hoz, que—como en este mismo capítulo se dijo—cedió sus derechos a la conquista del Sur de Chile a cambio de la vida, urdió una conspiración para matar á Villagra y apoderarse del gobierno. Descubierta la trama por una carta que se interceptó, y que iba dirigida a varios cómplices, La Hoz fué degollado, y un tal Juan Romero, que llevaba la citada carta, mereció la pena de horca.
En sus relaciones con los indios tampoco podía vivir tranquilo el valiente extremeño. En los comienzos del año 1549 se sublevaron los de Coquimbo y Copiapó, matando 40 españoles y otros tantos caballos; también casi arruinaron la mencionada ciudad de La Serena. Villagra salió á castigarlos, tomando antes la precaución de coger en rehenes a varios caciques o indios importantes de Santiago.
Cuando se andaban en todos estos sucesos, se presentó Valdivia. Dispuso inmediatamente que Villagra marchara al Perú para dar cuenta a La Gasca del estado de las cosas y allegar recursos; ordenó igualmente a Francisco de Aguirre la pacificación de Coquimbo y la reedificación de La Serena, lo cual se realizó en agosto del citado año. En su constante afán de organizar el país, declaró a Santiago capital de Chile, estableció allí un mercado para facilitar las transacciones de los indios, hizo adoptar por moneda el oro sellado, castigó con la amputación del miembro genital a los negros que violasen a las indias y dió otras leyes también severas contra los negros por delitos menos graves.
A últimos del año 1549 salió Valdivia, con 200 hombres, a extender la conquista por el Sur, siendo atacado, antes de llegar al Biobio, varias veces por los valerosos promacaes, a quienes siempre tuvo la fortuna de rechazar. Echó los cimientos de La Concepción el 5 de marzo de 1550, cerca del mar, cuya ciudad fué atacada—según los cronistas—por unos 40.000 araucanos, y que Alderete con 90 caballos la defendió, consiguiendo derrotar con gran carnicería a sus enemigos. Contaban los indios—y el cuento seguramente fué cosa de los españoles—que les habían vencido una mujer de Castilla y un viejo caballero en blanco corcel, que se aparecieron en los aires. Como puede suponerse, la mujer era la Virgen, a quien estaba dedicada la ciudad, y el caballero era Santiago, patrón de España. El sistema de Valdivia para que se sometiesen los belicosos indios, lo dice el mismo en el siguiente documento:
Carta de Pedro de Valdivia al Emperador acerca del descubrimiento, conquista y población de Chile (25 septiembre 1551)[192].
«Mataronse hasta mill é quinientos ó dos mill indios, y alanceáronse otros muchos, y prendiéronse algunos, de los cuales mandé cortar hasta docientos las manos y narices, en rebeldía, de que muchas veces les había enviado mensajeros y hécholes los requerimientos que V. M. manda»[193].
En su deseo Valdivia de fundar poblaciones, echó los cimientos de la Imperial, a orillas del Cautín (1551) y las de Valdivia y Villa-Rica (1552). Trasladóse en seguida á Santiago, en cuyo punto recibió los refuerzos que le trajeron, primero Villagra y luego Miguel de Avendaño. En tanto que hacía fundar la ciudad de los Confines o de la frontera, en el valle de Angel (año de 1552) y en tanto que disponía se diese comienzo a la de Santa Marina de Gaeta, en honor de su mujer, organizaba las cuatro expediciones siguientes: una al mando de Francisco de Aguirre, para Tucumán; dos dirigidas á los Andes y mandadas por respectivos capitanes; y la cuarta había de ir por mar al Estrecho de Magallanes, siendo su capitán Francisco de Ulloa. No fijándonos en la expedición a Tucumán, porque dicha región no pertenece al verdadero territorio de Chile, la segunda y tercera sólo sirvieron para descubrir los respectivos pasos de la cordillera, y la cuarta regresó desde la mitad del Estrecho.