Conviene recordar que los araucanos habían cambiado de táctica en sus combates, gracias á Lautaro, hijo de un cacique y ex-paje muy querido de Valdivia. Dícese que Lautaro, muy adicto á la causa española, al ver derrotados a los araucanos en una batalla y que huían delante de la artillería de la metrópoli, se sintió avergonzado y corrió hacia sus compatriotas decidido á conducirles á la victoria.
A vengar la derrota acaecida a los nuestros salió Valdivia de la Concepción con 50 soldados y unos tres mil indios auxiliares camino de Tucapel. Los españoles no hicieron caso de las palabras del yanacona Agustinillo, que les aconsejaba no pasasen adelante y llegaron a las ruinas del citado fuerte. Españoles y araucanos pelearon con singular coraje, venciendo al fin el número. De los españoles y sus auxiliares sólo se salvaron escondidos entre la maleza tres indios peruanos, quienes llevaron la fatal noticia, uno a Diego Maldonado, gobernador de Arauca, y los otros dos a Villagra, que estaba en la Concepción. Ante Caupolicán, Lautaro y otros jefes fueron conducidos Valdivia, su capellán Pozo y el fiel Agustinillo; los tres sufrieron cruel martirio. El sitio donde murieron ha conservado el nombre de Cerro de Valdivia. Desde entonces Lautaro pasó a ser jefe principal de los suyos y Villagra sucedió a Valdivia. En lo tocante a las cualidades de Valdivia, es preciso reconocer que en los cuatro años de su mando dió señaladas pruebas de valiente militar y de inteligente gobernador, si bien convienen todos en que era orgulloso, injusto y cruel.
En tanto que los araucanos celebraban la muerte de Valdivia con juegos y danzas, en el campo español todo fué incertidumbre y confusión. El Cabildo de Santiago tomó la determinación de confiar el gobierno del país a Rodrigo de Quiroga, sin tener en cuenta que el valeroso capitán había designado a Jerónimo de Alderete, a falta de Alderete a Francisco de Aguirre, y en último término a Francisco de Villagra. Ausentes a la sazón Alderete y Aguirre, creyó el Cabildo arreglar el asunto disponiendo que Quiroga mandaría en la capital y sus términos, y Villagra en el Sur. Ante la oposición de Villagra, el Ayuntamiento se constituyó en autoridad suprema con el título de Cabildo-Gobernador. Vino a complicar más el asunto la vuelta de Aguirre de Tucumán, quien habiendo reclamado su derecho en La Serena, también fué proclamado Gobernador. Era tal el desorden, que para remedio de los males se sometió la cuestión al dictamen de un consejo de letrados, cuyo fallo sería irrevocable, siendo los nombrados D. Antonio de las Peñas y D. Juan Gutiérrez de Altamirano (14 octubre 1554). Insistía Villagra en su mejor derecho y también Aguirre, resultando que el primero gobernaba de hecho en el Sur y el segundo en el Norte. El 13 de mayo de 1555 la Audiencia de Lima dispuso que las cosas volviesen al punto en que estaban al tiempo de la muerte de Valdivia. A pesar de que en ello estaban conformes los dos contendientes, los ayuntamientos de las ciudades, reunidos en Santiago por medio de representantes, acordaron (14 de agosto) pedir por Gobernador a Villagra, lo que no se cumplió, pues prevaleciendo la opinión de los de Santiago, se pidió a Quiroga. Pocos meses después, esto es, en mayo de 1556, se supo que el Rey hizo el nombramiento de Gobernador en favor de Jerónimo de Alderete, con arreglo a la disposición testamentaria de Valdivia. Habiendo muerto Alderete en el camino, el virrey del Perú, marqués de Cañete, nombró Gobernador a su hijo D. García Hurtado de Mendoza, recibiéndose la real aprobación en el año 1557.
Volviendo al asunto de la guerra, después de la muerte de Valdivia, recordaremos que Villagra (febrero de 1554), llevando como maestre de campo a Alonso de Reinoso, pasó el Biobio con 180 hombres y seis falconetes. Tomando por la marina, traspuso la cuesta de Marigueñu, que tomó el nombre de Cuesta de Villagra, llegando al límite entre Andalican y la Araucania. Sobre ellos cargaron los araucanos, cada vez más conocedores del arte de la guerra, y se apoderaron de los pequeños cañones. Huyeron los nuestros hasta el Biobio, el que pasaron, sirviéndose de un barco que allí estaba amarrado, y penetraron en la Concepción, cuyos habitantes hubieron de abandonar en masa la ciudad, siguiéndoles Villagra con su gente hasta Santiago. Los indios se entregaron al saqueo e incendio del citado pueblo y lo mismo intentaron hacer después en la Imperial (primeros días de abril de 1554). Los indios se dispusieron a atacar también la ciudad de Valdivia. Continuó la guerra con varia fortuna, hasta que un indio, amigo de los españoles, dijo a Villagra que Lautaro había establecido su campamento cerca de Itaca. Sorprendido el valeroso Lautaro, allí murió con todos los araucanos, pues ninguno quiso rendirse (1557). Sólo se salvó Guacolda, la mujer del héroe, que enamorada del citado y traidor indio, quiso a toda costa la muerte de su marido.
Comenzó su gobierno D. García Hurtado de Mendoza llevando por consejero al licenciado Santillana, oidor de la Chancillería de Lima, y además le acompañaban su hermano natural Felipe de Mendoza, el insigne poeta D. Alvaro de Ercilla y Zúñiga, Juan Ramón, Hernán Pérez, Osorio, Cáceres y
Don Miguel y Don Pedro de Avendaño,
Escobar, Juan Zufré, Cortés y Aranda,
sin mirar el peligro y riesgo extraño,
sustentan todo el peso de su banda.