Jiménez de Quesada encargó a un hermano suyo, llamado Hernán, el gobierno de la colonia, y él decidió marchar a España con el objeto de solicitar del Rey el título de gobernador de aquellos países. Aunque nadie—habiendo fallecido Fernández de Lugo en Santa Marta en enero de 1536—podía alegar mejores títulos que Jiménez de Quesada, la corte prefirió para el cargo a Alonso Luis de Lugo, hijo del citado primer gobernador.
Poco después Carlos V creó una Audiencia (17 julio 1549) que había de residir en Santa Fe de Bogotá y cuyo tribunal hubo de cerrar el período de la conquista. El primer presidente fué el Dr. Gutiérrez de Mercado.
El resultado de las expediciones de Jiménez de Quesada fué el descubrimiento de nuevas tierras y la conquista del Nuevo Reino de Granada, que hoy constituye la mejor parte de la República de Colombia. El conquistador de Nueva Granada es uno de los hombres más grandes de aquellos tiempos, mereciendo figurar al lado de Cortés, Pizarro, Almagro, Núñez de Balboa, Valdivia y Orellana.
En sus últimos años cayó en desgracia de la corte. Murió el 16 de febrero de 1579, tan pobre, que, según los cronistas, debía más de 60.000 pesos[217]. Fué sepultado en el convento de Santo Domingo de Mariquita. Dicho convento se hallaba emplazado frente a la casa en que falleció el noble conquistador. El 1597 fueron trasladados sus restos a Bogotá, y al acercarse la celebración de su tercer centenario se colocaron en un sepulcro digno de la fama de varón tan insigne. En la acera del Norte de la plazuela formada por las portadas de los cementerios públicos, se erigió un mausoleo de mármol blanco; en él se pusieron las inscripciones siguientes: al Sur, frente principal, Jiménez de Quesada; al Oriente, El Concejo municipal de Bogotá; al Occidente, Al fundador de Santa Fe de Bogotá, y al Norte, Expecto resurrectionem mortuorum[218].
Pasamos a relatar brevemente la conquista de El Ecuador. Las tribus que ocuparon El Ecuador antes de ser conquistado por los incas se llamaban scyris o caras, puxahaes, cañaris y quitos o quitúes. La capital de los caras fué Quito. Los incas, después de vencer a las tribus citadas y algunas otras—todas fetichistas, poligamas y antropófagas—se establecieron en el país hasta la llegada de los españoles.
La siguiente Real cédula prueba el estado de barbarie en que se hallaban los indígenas de Quito a mediados del siglo xvi.
«Caciques: Con noticia el Príncipe, que los de la provincia de Quito, quando morían, mandaban matar indios de ambos sexos, para enterrarlos con ellos; no obstante no persuadirse se continuaría tan extravagante abuso; Mandó al Presidente y Audiencia de dicha provincia no consintiese exceso de tal naturaleza, y lo castigase con todo rigor.» Cédula de 18 de Enero de 1552. Vid. tomo 11 de ellas, fol. 35 b. n.º 55[219].
Sebastián de Belalcázar, gobernador en San Miguel, noticioso de que Pedro de Alvarado se dirigía a Quito en busca de riquezas, marchó a dicho punto, a últimos del año 1533, al frente de 200 soldados. Belalcázar encontró un enemigo poderoso en Rumiñahuí, quien a la cabeza de 20.000 indios, defendió el terreno palmo a palmo, haciendo hoyos en la tierra, en los que clavaba agudas estacas para impedir el paso a los caballos del capitán español. Poco después llegó Diego de Almagro con refuerzos y también Alvarado, el cual pretendía que se le adjudicara el país. Opusiéronse Belalcázar y Almagro y, como testimonio de haber tomado posesión del reino, en los llanos de Riobamba fundaron el pueblo de Santiago de Quito (15 agosto 1534), al presente capital de la República. Alvarado, mediante cierta suma de pesos de oro, se volvió a Guatemala. Belalcázar, con la gente que Almagro no se llevó al Perú, continuó sus conquistas. Mientras sus capitanes Pedro Añasco y Juan de Ampudia se dirigían por el valle, donde luego se había de fundar San Juan Porto, él marchó a reunir gente, echando antes los cimientos de Guayaquil (25 junio 1535). Luego, desde Popayán se dirigió á Bogotá, y allí puso paz entre Jiménez de Quesada y el alemán Federmann, los cuales tenían más ambición que prudencia. Puestos de acuerdo los tres capitanes, marcharon a España, deseosos de tener gobiernos propios.
En tanto que tomaban el camino de la metrópoli, dispuso Pizarro que su capitán Lorenzo de Aldama penetrase en la tierra que había descubierto y conquistado Belalcázar. A su vez Aldama autorizó a Jorge Robledo para que hiciera otras expediciones, y por cierto, que de una de ellas formó parte el cronista Pedro Cieza. Procede del mismo modo recordar que, a últimos de septiembre de 1540, se fundó la ciudad de Cartago (hoy de la República de Costa Rica).
Por entonces, Pascual de Andagoya obtuvo el nombramiento de Adelantado y gobernador del río de San Juan. Deseando luego extender sus dominios, se hizo recibir por Gobernador en la ciudad de Cali, en la tierra de Belalcázar, siendo reconocido como tal por Jorge Robledo y otros capitanes. Hasta tal punto llegó la imprudencia de Andagoya, que se preparó a impedir por la fuerza la entrada de Belalcázar, dado que éste último consiguiera la gobernación de la citada tierra.