D. Antonio Sebastián de Toledo, marqués de Mancera, hizo su entrada pública en la capital el 15 de octubre de 1664. A la sazón, los corsarios ingleses—y el principal de ellos Juan Morgan—infestaban los mares, no pudiendo resistirles la débil escuadra española que había en el golfo de México. A tales desdichas hay que añadir la completa decadencia de la agricultura, industria y comercio. La tristeza que causó la noticia de la muerte de Felipe IV y que llegó a México en los comienzos del año 1666, se convirtió en alegría cuando se juró a Carlos II. Precaria llegó a ser la situación del marqués de Mancera, ya por las necesidades de la colonia, ya por las continuas cantidades que tenía que mandar a D.ª Mariana de Austria, reina gobernadora. Registraremos tres hechos principales durante el gobierno del marqués de Mancera: la erupción del Popocatepell acaecida el año 1665, la celebración de un auto de fe y la caridad que manifestó por los pobres, que sufrieron mucho por las pérdidas de las cosechas en el año 1673. Disgustado por las exigencias continuas de la corte, renunció el virreinato, saliendo para España el 2 de abril de 1674, no sin sentimiento del pueblo mejicano.
Cinco días, desde el 8 de diciembre de 1673 hasta el 13, desempeñó el gobierno D. Pedro Nuño Colón de Portugal, duque de Veragua.
Nombrado virrey fray Payo Enríquez de Ribera, arzobispo de México, bajo su enérgica dirección mejoraron algo las cosas. Procuró defender las costas y libró contra los corsarios verdadero combate naval en la laguna de Términos. Tanto el desagüe del valle como la construcción de la catedral de México adelantaron notablemente. También adelantó mucho la colonización de Nuevo México y de California. Digna de todo encomio fué la erección, establecimiento y constitución (29 marzo 1678) del Colegio Seminario de Nuestra Señora de la Concepción de la ciudad de Chiapa[296]. Refieren los cronistas que puso en cuidado al virrey la insurrección de los indios taos, picuriés y tehecas (1680), la cual no pudo sofocar don Antonio de Otermín, gobernador de Santa Fe. También en el citado año los piratas ingleses saquearon a Campeche. No terminaremos la reseña del virreinato sin decir que en el año 1675 se acuñó por primera vez moneda de oro en la Casa de Moneda de México, y que en el 25 de noviembre del mismo año entró Carlos II a gobernar el reino de España.
Comenzó su virreinato D. Antonio de la Cerda y Aragón, conde de Paredes, el 30 de noviembre de 1680. Sólo hechos tristes registra la historia de México en este período. El año 1681 estalló formidable levantamiento en la ciudad de Antequera, a causa del cobro de las alcabalas; las costas de Yucatán se vieron asaltadas por los piratas; Veracruz fué saqueada (1683) por los corsarios franceses, y Campeche sufrió la misma suerte (1685). La expedición de D. Isidro de Otondo para la conquista de California, y en la cual iban los célebres jesuítas Kino y Salvatierra, no dieron resultado alguno. Hemos de consignar un suceso que llamó mucho la atención por entonces. Llegó a México D. Antonio de Benavides, marqués de San Vicente, con el carácter—según se dijo—de visitador del reino. Al llegar a Puebla, fué reducido a prisión por orden de la Audiencia y llevado a la ciudad de México. Se le formó proceso, y después de un año de prisión se le condenó a muerte el 10 de julio de 1684 y fué ahorcado el 14. Cortáronle la cabeza y las manos; aquélla y una mano se mandó a Puebla, y la otra mano se clavó en la horca. ¿Era agente de los piratas, como afirman unos, ó un impostor, como dicen otros?
Duró el virreinato de D. Melchor Portocarrero Laso de la Vega, conde de la Monclova, desde el 16 de noviembre de 1686 al 20 de noviembre de 1688. En este mismo año marchó al Perú con el mismo cargo. Procuró la reconquista del Nuevo México y de la California; tuvo que sofocar la sublevación de los indios de Sonora, y de los conchos y tarahumares de Chihuahua. Para beneficio de la ciudad de México construyó una cañería y prosiguió la obra del desagüe. Echó en Coahuila los cimientos de una ciudad que en su honor se llamó Monclova.
Figura entre los buenos virreyes D. Gaspar de la Cerda Sandoval y Mendoza, conde de Galve, que se hizo cargo del gobierno el 29 de noviembre de 1688. Ordenó, ya a D. Pedro Girón, ya a D. Diego Vargas Zapata, la reconquista de Nuevo México: la guerra duró desde el 1690 hasta el 1696, y nuestras tropas sufrieron grandes trabajos.
Llegó a noticia del virrey que los franceses acababan de fundar una colonia al Norte del golfo de México, y para oponerse a ello, envió con las tropas que pudo reunir al gobernador de Coahuila. Llegó el gobernador a la laguna de San Bernardo, donde sólo encontró ruinas de un fortín y bajo ellas los cadáveres de los franceses, capitaneados por La Salle. Los mismos indios carancahuases que habían muerto a los franceses, salieron al encuentro de los españoles llamándoles texia (amigos), recibiendo desde entonces el nombre de Texas. Comenzóse por el P. Damián Mazanet a predicar el Evangelio y se dió principio a la fundación de San Antonio de Béjar, Jesús María y otras poblaciones.
Temiendo el conde de Galve que pudieran un día los franceses invadir la Florida, echó los cimientos de la villa de Panzacola. A la sazón frecuentes agitaciones llevaron el desasosiego a los espíritus: los indios de Chihuahua y Sonora asesinaron a varios religiosos y quemaron algunas iglesias; los pimas de California se sublevaron y fueron castigados por el capitán Antonio Solís, en tanto que los jesuítas PP. Kino, Ugarte y Salvatierra continuaban las misiones con bastante fruto. También hacían los jesuítas observaciones geográficas y estudiaron detenidamente la Baja California.
Comenzó el virreinato de don Juan de Ortega y Montañés, obispo de Michoacán, el 27 de febrero de 1696, y duró hasta el 2 de febrero de 1697. Apenas se hubo encargado del gobierno, cuando los estudiantes se amotinaron en la plaza Mayor y quemaron la picota. El 6 de octubre de 1696 llegó la noticia de la muerte de la reina Doña Mariana de Austria, celebrándose por su alma suntuosas honras en la catedral de México el 24 de noviembre. Uno de los últimos hechos del virrey fué conceder permiso a los jesuítas para emprender la reducción de la California.
Don José Sarmiento Valladares, conde de Moctezuma, casado con una cuarta nieta del emperador mejicano del mismo nombre, gobernó la colonia desde el 2 de febrero de 1697 hasta el 4 de noviembre de 1701. Procuró asegurar el orden en la colonia, pues eran frecuentes los motines o tumultos, dictando también severas disposiciones contra los bandidos, muchos de los cuales fueron ajusticiados. Continuaron los jesuítas, entre otros el P. Kino, sus misiones en California. Conviene advertir que, según Cédula real de 11 de diciembre de 1697, había interés de parte de la Corte de España—a causa de las noticias de los anteriores virreyes, condes de la Monclova y de Galve—en la realización de la obra para el desagüe de la laguna de Huehuetoca[297]. En tiempo de Moctezuma se recibió la noticia de la muerte de Carlos II (1701), y la elección de Felipe V, quien fué jurado el día 4 de abril.