Otra vez la Audiencia, cuyo regente era a la sazón don Eusebio Beleño, se hizo cargo del poder. Por entonces se dispuso la división de Nueva España en intendencias, que fueron las siguientes: Veracruz, Puebla, Oaxaca, Valladolid de Michoacán, Guanajuato, Zacatecas, Mérida de Yucatán y la de Sonora y Sinaloa.
Interinamente fué nombrado virrey el ilustrísimo Don Alonso Núñez de Haro y Peralta, arzobispo de México, cargo que desempeñó desde el 8 de Mayo de 1787 al 16 de agosto del mismo año.
Desde el 17 de agosto de 1787 al 17 de octubre de 1789 estuvo al frente del virreinato Don Manuel Antonio Flores, que tuvo la dicha de recibir la expedición botánica dirigida por Don Martín Sesé y Don José Lacarta, organizada por Don Casimiro Gómez Ortega, director del Jardín Botánico de Madrid. Creó Flores tres regimientos, a los que llamó Nueva España, México y Puebla.
También desde el 17 de octubre de 1789 hasta el 12 de julio de 1794 ocupó el virreinato el caballeroso y excelente don Juan Vicente de Güemes Pacheco de Padilla, segundo conde de Revillagigedo. A los siete días de encargarse del mando, o sea en la noche del 23 de octubre, aparecieron asesinados en su casa el comerciante don Joaquín Dongo, un cuñado suyo, cuatro dependientes, el cochero y cuatro criadas, faltando de las cajas grandes cantidades de dinero y muchas alhajas. Descubiertos los criminales, que eran tres extranjeros, fueron ahorcados en la plaza pública. Organizó la policía, hermoseó la capital, y al nivelar la plaza (17 diciembre 1790) se encontró la piedra Tonalamatl o Calendario mejicano.
Una expedición que mandó al Norte del mar Pacífico (1791) para descubrir un estrecho que uniese las bahías de Hudson y Baffin, sólo dió por resultado la exploración del litoral hasta la isla de Vancouvert. Arregló la administración de justicia, protegió la instrucción pública, fomentó la industria y la minería y abrió nuevas vías de comunicación. Como materiales para la historia de México, hizo copiar los manuscritos que existían en los conventos o en poder de particulares.
Procede registrar el siguiente hecho: el arzobispo de México remitió al Conde de Floridablanca (27 enero 1792) un informe que se le había pedido acerca de la conducta moral y política y modo de obrar del virrey[309]. Posteriormente el mencionado virrey, conde de Revillagigedo, escribió algunas cartas al conde de Aranda acerca de emisarios propagandistas de la independencia[310].
Durante el virreinato de D. Miguel de la Grua Talamanca y Branciforte, marqués de Branciforte, casado con D.ª María Antonia Godoy, hermana del príncipe de la Paz, continuó la propaganda revolucionaria. Con fecha 26 de Septiembre de 1795, el virrey escribió al duque de Alcudia, remitiendo al mismo tiempo copia de un libelo introducido en aquel virreinato y daba cuenta de las providencias que había tomado para que se recogiesen el mencionado papel y otros de igual naturaleza[311]. Las sediciones interiores ocuparon mucho tiempo al virrey e igualmente la propaganda revolucionaria de los franceses. Al príncipe de la Paz dió cuenta (26 noviembre 1796) del expediente que hubo de formar para recoger estampas que representaban el suplicio del rey de Francia y su real familia[312]. No es de extrañar, pues, que la ciudad de México escribiese una carta al citado Godoy relatando los hechos de lealtad, méritos y servicios del marqués de Branciforte[313].
Una de las primeras ocupaciones del virrey D. Miguel José de Azanza, fué el descubrimiento de una conspiración que tenía por objeto la independencia de México. Autores y cómplices cayeron en poder de las autoridades[314]. Descubrióse en el año 1799 y se denominó la conspiración de los machetes. El jefe de ella se llamaba D. Pedro Portilla, hombre valeroso, enérgico y activo.
Después del virreinato de don Félix Berenguer de Marquina (1800 a 1803), quien logró que fracasara la conspiración del indio Mariano en Tepic, encaminada al restablecimiento de la monarquía azteca, ocupó cargo tan importante don José de Iturrigaray (1803 a 1808). Debió comenzar bien, por cuanto el ayuntamiento de la ciudad de México escribió a S. M. informando de la felicidad que gozaba el reino con el gobierno de Iturrigaray y pidiendo que continuase en él[315]. Lo mismo pidieron los gobernadores de indios de las parcialidades de San Juan y Santiago contiguas a la ciudad de México[316]. Sin embargo, se halla probado que Iturrigaray era codicioso y avaro, como también es indudable que remitió a España grandes cantidades, único modo de tener contentos a los cortesanos y favoritos de Carlos IV y de María Luisa.
Bajo su gobierno y con anterioridad al año 1805, los Honorables Juez James Workman y Coronel Lewis Kerr idearon un proyecto «para la conquista de las Provincias Españolas» en América. Dicho proyecto contó años después muchos partidarios, siendo algunos de ellos «personas distinguidas.» Formaron una junta secreta, denominada Asociación Americana; su objeto y planes se extendían a la conquista de Nueva España, o más bien «a su emancipacion de toda dependencia y sujecion a Dueños Europeos, erigiéndola en un Govierno independiente, aliado de los Estados Unidos, y bajo su proteccion (sic)», deviendo ser el primer paso que habían de dar la toma de Baton Rouge y tremolar allí «el antiguo Estandarte Mejicano», proponiéndose «librar a los territorios vecinos del yugo opresibo de los tiranos de España... y libertar a México de un yugo que aborrece...» La Asociación Americana contaba realizar otras dos expediciones con los auxilios de los Estados Unidos y de México: la una por el rumbo de Bexar, y la otra desembarcando en Panuco. Procesados los conspiradores principales, por haber intentado «una expedición ilegal», se excusaron diciendo que sólo trataban de prepararse para el caso de que España «se declarara enemiga» de los Estados Unidos. Dióse la sentencia el 6 de mayo de 1807 por la sala de la ciudad de Nueva Orleans[317], absolviendo a los acusados, sin embargo de que uno de ellos vomitó las más injuriosas exprecciones (sic) contra España y su gobierno en América, alegando justos motibos—en el concepto suyo—para desear y tratar de la independencia de ella. Alúdese en dicha causa a Aaron Burr, vicepresidente de la República de los Estados Unidos, que también trató de invadir a Nueva España, y al famoso General venezolano D. Francisco Miranda, ya rebelado contra la Monarquía Española[318].