Los que se quedaron en Santa Cruz, con su afabilidad y buen trato ganaron la voluntad y afecto de los paisanos, y dividiéndolos en encomiendas les obligaron á que cada año diesen á los encomenderos algún poco de algodón y algunas vituallas en señal de vasallaje. Mas como el interés no tiene freno, ni gobierno, ni leyes con que regularse, algunos que tenían una insaciable codicia de enriquecer, empezaron á cargar de modo á los nuevos súbditos, que eran insufribles á su pobreza; y no satisfechos con eso, les quitaban los hijos á las madres para servirse de ellos; por lo cual, amotinándose algunos indios, se rescataron y libraron de aquellos maltratamientos, con muerte de sus señores; y de allí á poco fué común el motín en todos los indios, hasta que por orden del virrey del Perú, D. Francisco de Toledo, se mudaron á otra parte los españoles, fabricando la ciudad de San Lorenzo, cabeza de la provincia de Santa Cruz, cincuenta leguas más al Occidente.
Los pueblos Penoquís y otros confinantes no quisieron desamparar el nativo suelo, y con la antigua libertad se volvieron á los ritos bárbaros y gentílicos. No obstante el mandato del Rey, no fué obedecido de todos los españoles, porque algunos se fueron entre los Moxos, doscientas leguas distante de San Lorenzo, y embarcándose en una pequeña embarcación en el río Mamoré, entraron por la boca del río Marañón en el Oceano, y con no poca ventura, llegaron á Europa; otros se quedaron en los Chiquitos, y al pie de una montaña fabricaron un pueblecillo á quien llamaron San Francisco, junto al cual está hoy fundada la Reducción de San Francisco Xavier.
El tiempo que aquí vivieron fundaron algunas encomiendas de Quicmes Paraníes y de Suberecas, las cuales se vieron precisados á dejar, cuando abandonado también aquel lugar, se retiraron á tomar casa en San Lorenzo. Sólo algunos Quicmes y Paraníes se fueron con ellos y fundaron en Cotocá, tierra poco distante de aquella ciudad, y hoy están debajo del cuidado y gobierno espiritual de nuestra provincia del Perú.
Poco después de esta mudanza, deseosos los bárbaros de tener algunas herramientas, pasando el Guapay se ponían en celada escondidos en las matas, y aguardando la ocasión de la noche, asaltaban los villajes á los españoles, robando cuantos más cuchillos, hachas, azadones y otros pedazos de hierro podían, sin causar otro daño; pero como creciendo la codicia en los bárbaros creciese también la audacia, se atrevieron á coger á los campesinos, y matarlos á su salvo.
Espiaron los vecinos quiénes eran los que hacían el daño, y advirtiendo que eran los Chiquitos, quisieron volver sobre ellos los daños recibidos, pero muy á su costa, porque dos veces volvieron con la peor parte y se vieron constreñidos á retirarse, perdiendo el crédito y la honra.
Heridos altamente los españoles en lo más vivo de la reputación, sentidos de que osasen los bárbaros manchar la gloria y nombre que á costa de tantos sudores y tanta sangre habían ganado entre todas las naciones, no haciendo ya caso del daño recibido en sus haciendas, sino sólo de la pérdida de la honra, poniendo en armas un trozo de gente, más respetable por su valor que por su número, presentaron batalla á los enemigos, los cuales divididos unos de otros, á los primeros mosquetazos fueron desbaratados, quedando muchos de ellos prisioneros de guerra.
Perdieron con este género de armas su nativo coraje los Chiquitos; y para defenderse en lo venidero del enojo armado de los vencedores, derramados y divididos, se huyeron á las selvas, apartándose á lo más retirado y espeso de los bosques; con todo eso, aun aquí les dieron caza los españoles muchas veces para vengar su afrenta, que tenían muy fija en el corazón, haciendo esclavos para su uso muchas cuadrillas de ellos; hasta que abatida con tantos golpes la altivez de los Chiquitos, vinieron el año de 1690 mensajeros de parte de los Pacarás, Zumiquies, Cozos y Piñocas á San Lorenzo, en nombre de sus caciques, á pedir merced y paz á D. Agustín de Arce, Gobernador en la ocasión de Santa Cruz, con que cesaron las hostilidades de los españoles, pero no se pudieron ver libres de los gravísimos daños y pérdida de gente originada, así de las guerras pasadas como de los frecuentes contagios y por otros desastres que echo de buena gana en olvido, por no atribuir á culpa común de todos, lo que ha sido sólo malicia particular de algunos pocos.
Ha sido también causa de su disminución las contínuas correrías ó malocas (como llamamos acá) de los Mamalucos del Brasil, que pasando el río Paraguay y haciendo grandes presas en estos miserables, han reducido á poco menos que nada estos pueblos. Y ya que muchas veces habré de escribir las maldades de esta gente, no será fuera del intento de dar de ellos aquí una breve noticia.
Había la valerosísima nación portuguesa fundado muchas colonias en las partes Mediterráneas del Brasil, una de ellas era Piratininnga, ó como otros dicen, San Pablo. Sus moradores, por falta de mujeres europeas, mezclaron su noble sangre con la vilísima de los bárbaros, mejor dijera que le mancharon, porque los hijos, saliendo más semejantes á las madres que á los padres, degeneraron en breve de manera que avergonzadas y corridas las ciudades vecinas, renunciaron su amistad; y porque la vileza de éstos no empañare ni aun levemente los candores de la generosidad del nombre lusitano en el mundo, los llamaron Mamalucos. Mantuviéronse éstos mucho en la devoción á Dios y á su príncipe por el celo del admirable P. Joseph Ancheta y sus compañeros, que fundaron allí Colegio; hasta que cansados de vivir ajustados á los dictámenes de la conciencia, y perdiendo el temor á las leyes, echaron á nuestros Padres y sacudieron el yugo de ambas majestades, divina y humana de tal manera, que obedeciesen al Rey de Portugal cuando les estuviese bien, y á Dios, cuando la necesidad fuese extrema.
A éstos se juntaron gran número de hombres perdidos, italianos, españoles, holandeses y la hez de todas las naciones, que para librarse de las penas merecidas por sus delitos, ó para vivir dando rienda á todo género de vicios y deshonestidades, y también corrompido de las feas y malignas impresiones de los herejes modernos, acrecentar el número y el orgullo de los habitadores y moradores de San Pablo.