Enemigos eternos de los jesuítas, á consecuencia de la rivalidad económica en que los ponía la diferencia de conquista y de civilización adoptada por unos y otros, los antiguos encomenderos del Paraguay vivieron en constante hostilidad con aquéllos. Los elementos civiles más ricos y más considerados, tenían con los PP. diferencias de todo género, pero siempre conservadas por la antedicha rivalidad en la cual habían llevado los primeros la peor parte.
Los privilegios con que la Corona había favorecido á la primera conquista, enteramente laica como se recordará, daban al elemento civil una fuerza efectiva, considerablemente aumentada por la distancia. El hecho consumado venía á favorecerlos siempre por esta causa; y así, sus consultas á la Corona producíanse regularmente, después de efectuado el hecho que las motivaba. Todo esto había robustecido mucho el derecho municipal y sus libertades consiguientes; del propio modo que la selección de coraje, de audacia, de voluntad, producida por la conquista, daba una singular decisión á los usufructuarios de tales libertades.
El genio político de Irala, llevó muy lejos, durante su gobierno, la extensión de los privilegios ciudadanos, y la supremacía del poder civil. Él mismo había sido electo gobernador por el sufragio popular, en uso del derecho acordado á los colonos por el Rey en 1537. Siendo guipuzcoano, su espíritu transfundió á la colonia el culto de la libertad foral, tan decidido en el vasco; y ésta no hizo después sino robustecerlo hasta la misma exageración del desorden.
Así, la deposición de Álvar Núñez en 1544, fué una verdadera revolución popular coronada por la reelección de Irala; pero si bien la Corona, conforme á la discreta política del Emperador, aceptó el hecho consumado, modificó el privilegio de 1537, encomendando al obispo el nombramiento de gobernador, ad referendum.
Los jesuítas, representaban, en cambio, la autoridad monárquica ejerciéndola á la vez de hecho en sus misiones; y estando más de acuerdo, por consiguiente, con la evolución absolutista que el Gobierno central acentuaba progresivamente. De tal modo, las preferencias gubernativas fueron estando más y más de parte suya; sin contar la ventaja que su difusión impersonal por cortes y tribunales, les daba sobre adversarios cuya influencia era puramente local.
Por esto, en las querellas y choques sucedidos dentro de la jurisdicción paraguaya, fueron derrotados siempre, á fuer de impopulares; mientras su victoria era segura en las apelaciones á la corte, al virreinato y á las audiencias.
La rivalidad con los elementos civiles de la Asunción, no hizo sino aumentar al replantearse el centro misionero sobre el Yababirí, cuando la emigración de la Guayra; y apenas los PP. se consideraron seguros en el nuevo territorio, su influencia comenzó á ejercerse sobre la política local.
Ya en 1644, el obispo Cárdenas los encontró bastante fuertes, para hacerlos declarar intrusos[86] por el gobernador Hinestrosa, quien los desterró del territorio; pero en este conflicto, que comporta realmente el primer triunfo político de los PP. en el Paraguay, es menester señalar la presencia de un aliado de los elementos civiles cuya constancia no les faltará jamás: los franciscanos,[87] orden tradicionalmente enemiga de la Compañía. La rivalidad se pronunciaba, pues, en los ramos más importantes de la vida contemporánea: Gobierno, religión y comercio. Aquello tenía que ser, y fué, en efecto, una guerra sin cuartel.
El obispo Cárdenas, que regresó á la muerte de Hinestrosa, restauró la facultad electoral de los conquistadores, siendo elegido él mismo gobernador; lo que prueba una simpatía manifiesta, y general por otra parte, entre su orden y los principios democráticos. El obispo expulsó á los jesuítas y confiscó sus bienes, con el aplauso popular; pero la audiencia de Charcas anuló su elección, restituyendo á aquéllos, bienes y domicilio. Este episodio, da realmente la pauta de todos los que se sucedieron hasta 1735, accidentando la prolongada lucha.
Los PP. habían llegado en la primera veintena del siglo XVIII, al máximum de su poderío, sin que durante el tiempo transcurrido desde sus conflictos con el obispo Cárdenas, la ira popular hubiera cesado de rugir sordamente contra ellos.