Privilegiados por la Corona con toda suerte de franquicias, no quedaba resistiendo á su dominación interna, sino aquel Paraguay civil, cuya resistencia impedíales consagrarse enteramente al soñado fin de la salida por el Atlántico. Mas entretanto, necesitaban el dominio comercial de los ríos que forman el Plata, y que proporcionaban por el momento, la única desembocadura supletoria. Uno de ellos, el Uruguay, ya lo tenían, así como gran parte del alto Paraná; faltábales tan sólo el Paraguay y á este fin necesitaban por suyo el gobierno civil que lo poseía.
En este estado, consiguieron hacer nombrar un gobernador de su hechura, don Diego de los Reyes, hombre fácilmente manejable por su cortedad de alcances, su carencia de antecedentes y la exaltación imprevista que obligaba su gratitud;[88] pero la nobleza paraguaya, encomendera y foral en su inmensa mayoría, comprendió que el paso aquél era decisivo.
De los murmullos con que recibió el nombramiento, que la Corona debió de legalizar con excepciones especiales, tornando así más visible la maquinación (pues la ley prohibía nombrar gobernadores á los vecinos de los pueblos que aquéllos habían de gobernar); de los comentarios, quizá malévolos, de la resistencia pasiva aunque disimulada en un principio, pasó muy luego á la desobediencia abierta.
Reyes, por su parte, había hecho todo lo posible para enconarla. Empezó por abusar de su poder, exigiendo el homenaje de las personas más notables de la Asunción y malquistándose porque no se lo rendían. Fué el advenedizo típico, y sus mismos defensores, los PP. Lozano y Charlevoix no pueden disimularlo.
Las cosas llegaron á tal extremo, que el gobernador, pretextando una conspiración, nunca probada aunque verosímil, á lo menos como proyecto verbal, ordenó la prisión de dos regidores, miembros prestigiosos á la vez de la aristocracia asunceña: Urrúnaga y Ábalos.
El yerno de este último, amenazado también de cárcel, pudo fugarse á Charcas, donde se presentó en queja ante la Audiencia, y ésta, que rechazó al principio sus pretensiones, concluyó por oirle, ordenando al gobernador Reyes que enviara el proceso á sus estrados. El gobernador había cometido todo género de abusos para sustanciar dicha causa. Desde la intimidación hasta los testigos falsos, todo lo puso al servicio de sus pasiones; y cuando recibió la notificación del auto, por conducto del juez García Miranda, comisionado de la Audiencia, no solamente eludió la entrega del proceso, diciendo haberlo enviado ya á un abogado de Charcas, sino que se negó á libertar bajo fianza á los detenidos, como aquélla lo ordenaba, extremando aún el rigor de sus prisiones.
Tan parciales eran en el asunto los jesuítas, que sus dos historiadores, los PP. Lozano y Charlevoix callan estos episodios, sin los cuales, la conducta de Antequera, enviado después por la Audiencia como juez pesquisador, resulta sospechosa y ambigua; pero el primero de los citados padres, inicia su historia diciendo: «aunque mi principal intento es sacar á luz la verdad con modestia, no podré decirla toda, acomodándome al dictamen de quien dijo que, si bien el historiador ha de decir verdad en todo lo que refiere, no debe referir todo lo que es verdad;» agregando más abajo: «habré de decir lo que bastase á hacer patente la verdad, ocultando muchas cosas, que no siendo necesarias mas podrían ofender.»