Con este criterio histórico, agregado á los sucesos milagrosos que en diversos puntos menciona como antecedentes funestos de los sucesos por venir, queda visible el carácter apasionado de las historias jesuíticas.
Es otra prueba del jesuitismo de Reyes, y formaba uno de los capítulos de su acusación ante la Audiencia, el feroz ataque que llevó sin previa declaración de guerra contra los indios payaguás, que los jesuítas no habían conseguido reducir,[89] pero que estaban en paz con el vecindario asunceño, á media legua tan sólo de la ciudad.
La inútil matanza, ocasionó represalias dolorosas, que costaron la vida, entre otros, á los jesuítas Blas de Silva y José Mazo; pues los indios comprendían perfectamente el origen de la guerra que Reyes les declaró.
Mientras el juez Miranda, convencido de que era inútil persuadir á Reyes para que obedeciera el mandato de la Audiencia, renunció su comisión: pero aquel tribunal había fallado antes la causa, condenando al gobernador á una multa de cuatro mil pesos, á restablecer las comunicaciones que mantenía interceptadas á fin de impedir toda acusación ó queja entre Charcas y el Paraguay, y á presentar ante el Cabildo de la Asunción su «dispensa de naturaleza»[90] en el término de una hora, sin cuyo requisito sería depuesto.
El gobernador desacató en términos duros al Cabildo y á la Audiencia, lo que prueba que se sentía escudado por fuerzas superiores á las suyas; pues jamás se hubiera atrevido á dar tal paso por su sola cuenta, sabiendo de antemano que estaba perdido. Entonces la Audiencia, en cuyo seno eran muy influyentes, sin embargo, los jesuítas, comprendió que algo grave estaba pasando en el Paraguay, y nombró juez pesquisador á su propio fiscal don José de Antequera.
Habíase éste educado entre los jesuítas y era principalísima persona, asaz enérgico é inteligente, bien reputado por su carácter é integridad, aunque el P. Lozano le impute por otra parte diversos peculados en el ejercicio de sus funciones, tachándole á la vez de extremada jactancia. En conjunto, resulta una rica naturaleza, quizá combativa, por exceso de vitalidad. Estos caracteres son dados siempre á la pasión de la justicia.
No tardó Antequera, una vez llegado á la Asunción, en ver probados los cargos de la acusación contra Reyes; y dando entonces cumplimiento á las instrucciones de la Audiencia, cuyo pliego abrió ante el Cabildo, asumió el cargo interino de justicia mayor de la provincia.
Acto continuo, empezó el proceso de Reyes, que éste prolongó con toda suerte de cortapisas, hasta el estupendo volumen de catorce mil páginas; pero, cuando á solicitud de la acusación, Antequera cerró el proceso, citando á las partes para definitiva, resultó que aquél se había fugado, refugiándose en Buenos Aires.
El proceso había sido enviado por Antequera á Charcas, con el relato de la fuga de Reyes; pero en el ínterin, el virrey del Perú envió á éste un despacho de reposición. Todo hace suponer en ello la intervención jesuítica.
La Audiencia comprendió que el virrey había sido mal informado y resolvió detener el documento mientras le avisaba lo que ocurría; pero fué imposible interceptar la comunicación, que iba escapándose de persona en persona como una suerte de juglería, mientras no llegó á las manos del teniente de Santiago del Estero. Sin embargo, el virrey, haciendo caso omiso del informe que le enviara la Audiencia, mandó á Reyes un duplicado de la reposición, lo cual demuestra el poder de las influencias ejercidas sobre él.