Con este documento, pasó Reyes de Buenos Aires á las Misiones, donde halló la mejor acogida. Los PP. podían hacer ya, sin ambages, la cuestión de legitimidad. Las reducciones reconocieron y juraron al gobernador repuesto, quien desoyó las comunicaciones de su juez para que se reintegrara á la prisión. Invocaba la orden del virrey, que era autoridad superior; pero el Cabildo produjo entonces un acto de la mayor trascendencia, que es realmente el comienzo de la futura revolución comunera.
Fundado en la autorización legal, que permitía suplicar hasta tres veces las órdenes del Rey, aplazándolas entretanto, juzgó que más naturalmente podía hacerlo con las disposiciones virreinales, y nombró gobernador á Antequera.
Los dos bandos, como se ve, iban definiéndose. De un lado Antequera y la oligarquía local que formaba el Cabildo, encaminábanse profusivamente á la restauración de los antiguos privilegios populares, tendiendo á aumentarlos en sentido revolucionario; del otro, los jesuítas, fieles á su sistema, preconizaban el acatamiento absoluto á la autoridad, juzgando delito hasta la duda. Aquéllos anteponían la justicia al principio de autoridad; éstos la obediencia, á toda otra consideración; y es claro que el poder los vería siempre con mayor agrado.
La región entera se conmovía mientras tanto, confundiendo lo decisivo del conflicto. La Audiencia seguía sosteniendo á Antequera, es decir, el predominio del poder civil y de la ley, sobre la autoridad absoluta, impregnada de clericalismo; pero los jesuítas sabían ó comprendían que á la larga, el poder central estaría con ellos.
Reyes procedía en las Misiones como gobernador legítimo, siendo sus actos más trascendentales, y los que más le enajenaban también las simpatías civiles, medidas para estorbar el comercio paraguayo; de tal modo las causas fundamentales, seguían obrando en el conflicto.
El Cabildo desconoció por segunda vez la reposición de Reyes, que éste envió desde las Misiones, certificada por los padres; y sabiendo que había pasado á Corrientes, sobre cuyas autoridades, así como sobre las de Buenos Aires, tenían influencia los jesuítas, hízole prender por sorpresa en aquel punto encarcelándole de nuevo en la Asunción.
Ya el virrey arzobispo del Perú, cuyo doble carácter no le proponía ciertamente en favor del elemento laico, había reconvenido á la Audiencia, exigiendo el cumplimiento de las órdenes relativas á Reyes. Así, cuando éste se quejó de su cárcel, reprodujo con mayor energía la orden de reposición, el comparendo de Antequera en juicio ante su sola autoridad, y la comisión al teniente de Buenos Aires, García Ros, para que hiciera cumplir sus mandatos.
Avanzó éste, en efecto, sobre el Paraguay al frente de un pequeño ejército, cuya principal fuerza estaba compuesta por indios de las Misiones; pero la población se mostró tan dispuesta á resistir, fundándose en el aplazamiento de las órdenes, á que tenían derecho mientras las suplicaba, que García Ros decidió retirarse.
Bien que basada en la ley, la revolución era ahora un hecho. El pueblo se había impuesto al absolutismo. Pero los PP. se daban cuenta de que no podía prosperar. Si pretendía conservarse dentro del concepto monárquico, estaba perdida por la reacción fatal de éste sobre sus pretensiones. Si lo renegaba, tenía que ir al separatismo, y el separatismo no era posible sin el mar, es decir, sin Buenos Aires. Por ello los PP. cultivaban con tanto ahinco las amistades gubernativas de esta ciudad. Con impedir ellos, en efecto, el comercio de la colonia separada, estrangulaban literalmente la revolución. Así, aquella democracia embrionaria tuvo más ímpetu que pensamiento, más instinto que plan definido. Quería derechos; había aprendido á estimarlos practicándolos, y la vieja rivalidad con los jesuítas vencedores, exasperaba su deseo. Mas la fatalidad topográfica debía de imponerse á todo. Sin el mar, que asegura la libertad de comercio, imposible la vida autónoma. Aquello no tenía más salvación que la simpatía de Buenos Aires.