Pero la revolución no vió esto. Engrióse demasiado con su triunfo local; creyó que sus libertades aisladas podían sostenerse por sí mismas.
No obstante, el peligro era más grave de lo que parecía. Los incidentes sucesivos demostraron que Antequera tenía amigos decididos, desde el Tucumán hasta Cuyo y desde Corrientes hasta Charcas: toda la futura comarca revolucionaria de 1810.
La retirada de García Ros, tuvo también por causa el estallido de la guerra con los portugueses y la consiguiente atención á Buenos Aires amenazada de cerca. Tan preparados estaban los jesuítas á combatir con Antequera, que cuando el gobernador Zavala les pidió tropas para la guerra con Portugal, pudieron enviarle tres mil hombres, quedando, no obstante, con fuerzas suficientes. Antequera hizo lo propio, para desvanecer, sin duda, las imputaciones de separatismo, que los padres comenzaban á esparcir en contra suya, y porque su objeto evidente no fué otro que el de mantener la superioridad del poder civil basada en una relativa soberanía popular.
Pero el virrey no cejaba en su intento de extinguir aquel foco rebelde; y urgido por él, Zavala envió de nuevo á García Ros sobre el Paraguay. Reforzado por dos mil guaraníes de las misiones, que se le incorporaron á las órdenes de los PP. Dufo y Rivera, acampó en territorio paraguayo sobre la margen del Tebicuarí, punto estratégico como base de invasión.
Á todo esto, el obispo del Paraguay se había decidido por los jesuítas, sin volver con esto más popular su causa; pues el pueblo enfurecido atacó el convento con intención de arrasarlo, de no mediar el mismo Antequera. El Cabildo decretó su expulsión, y olvidando toda cordura política, declaró la guerra al gobierno de Buenos Aires. Aquello era, realmente, un decreto de suicidio.
El pueblo acudió en masa á ponerse sobre las armas. Antequera derrotó á García Ros por medio de una hábil sorpresa é invadió las Misiones, que se limitaron al abandono de los pueblos, emprendiendo contra él una abrumadora guerra de recursos.
La cuestión económica, siempre vivaz, dejóse ver en el restablecimiento de las encomiendas que Antequera efectuó contra los indios de las reducciones; grave error, pues la guerra asumía, de tal modo, carácter patriótico para aquéllos.
Frustrado Antequera por la guerra de recursos, y amenazado por García Ros, que volvía rehecho al frente de seis mil guaraníes, decidió regresar á la Asunción; pero el movimiento revolucionario empezaba á languidecer, falto de objeto, al paso que el absolutismo se rehacía poderoso.
El virrey del Perú, que lo era ahora el marqués de Castel Fuertes, espíritu fanático é inflexible, ordenó al mismo Zavala la pacificación inmediata del Paraguay y la captura de Antequera. El obispo se declaraba hostil á la cabeza de sus curas, que representaban una fuerza no despreciable; y el mismo Cabildo iniciaba ante Zavala una capitulación.
Antequera había salido á reclutar milicias en la campaña, dejando como gobernador interino á don Ramón de las Llanas; pero éste entregó la ciudad á Zavala sin oponerle resistencia. El caudillo, traicionado, no tuvo otro recurso que huir á Córdoba.