No obstante la popularidad de ésta, el apoyo que desde el púlpito la prestaban los franciscanos, y la fidelidad á la Corona de que seguía haciendo gala, estaba ya virtualmente muerta.
El suplicio de Antequera, que fué ajusticiado en Lima por orden del virrey, al recibir éste el informe personal de Sordeta, consumó la obra reaccionaria.
La muerte del caudillo tuvo inusitada y trágica grandeza. El pueblo de Lima, conmovido por las palabras de perdón que pronunció el franciscano, auxiliar del reo, amotinóse para salvarle. Sólo la intervención armada de la tropa consiguió dominar el tumulto; y Antequera, muerto de un balazo en previsión de un posible triunfo de la asonada, no escapó, aun cadáver, á la decapitación, de su sentencia.
El Paraguay volvió á sublevarse con la noticia de su muerte, expulsando á los jesuítas, verdaderos causantes de todo, por tercera vez, saqueando su colegio y produciendo varias ejecuciones capitales. El obispo excomulgó á los autores de estos excesos, y una sangrienta anarquía sustituyó á toda acción gubernativa en la comarca.
Las Misiones, que habían sido agregadas por rescripto real al gobierno de Buenos Aires, debieron mantener tropas sobre sus fronteras con el Paraguay; tal era el odio que éste les profesaba.
Dos historiadores jesuítas, los PP. Lozano y Charlevoix, han escrito sobre esta revolución con el positivo intento de demostrar que la Compañía no fué sino una víctima de los comuneros por lealtad á la Corona; pero de sus mismos libros, se desprende una opinión diversa. Lo que callan, induce en sospecha de lo que dicen. Exagerando la inocencia de su orden, no hacen sino demostrar la participación que tomó en el episodio.
El triunfo que sobre aquella anarquía consiguió Zavala en su nueva empresa de pacificación, acabó con el movimiento comunero. La batalla de Tabatí, ganada realmente por los guaraníes, fué el último acto del drama. Los suplicios sucesivos, la reposición de los jesuítas, no constituyeron ya sino detalles; y el sombrío gobierno de D. Rafael de la Moneda, acabó en el cadalso con los últimos adictos de la prematura revolución.
Fué ésta fecunda, sin embargo, en su propio fracaso. El pueblo vivió vida libre, aunque agitada. Brotaron de su seno tribunos como de la Sota, que sin tener la elocuencia ni los alcances de Mompó, reemplázale un momento en su popularidad de caudillo. Ciudades jesuíticas como Corrientes, llegaron á efectuar movimientos solidarios;[92] las mismas mujeres, signo característico de toda revolución efectiva, encendiéronse en la llama heroica. Las solidaridades imprevistas, tanto como el entusiasmo revolucionario, prueban que la fidelidad monárquica disminuía en estos países y que las ideas democráticas hallaban aquí terreno propicio.[93] Faltábale, en efecto, al Gobierno central los prestigios de aparato que tanto ayudan á la monarquía, y que, naturalmente, no pudo trasladar á las colonias. La conquista, por otra parte, había sido un éxito de la calidad personal de cada conquistador, no una obra de la nobleza ó del Rey, y los revolucionarios Comuneros de Castilla, emigrados después de su derrota, trajeron gérmenes tan vivaces de democracia, que su recuerdo perduró, como se ha visto, hasta en la denominación específica de los revolucionarios paraguayos.[94] Éstos quedaron tan fuertes, aun después de su derrota, que cuando á poco y aprovechando de las turbulencias no extinguidas del todo aún, los indios Guaycurúes amenazaron la Asunción, la mayoría de los soldados se encontró ser excomulgada por el asalto al colegio de los jesuítas; entonces resolvieron no defender la plaza, mientras el obispo no les alzara el entredicho, lo que éste ejecutó, dada la inminencia del peligro. Excusa, por cierto, muy de la época y también muy peculiar, en el fondo, á los nuevos tiempos.
La revolución degeneró en anarquía por falta de ambiente y de razón política definida, pues como movimiento comunero exclusivamente, implicaba un anacronismo. La monarquía evolucionando hacia el absolutismo sobre la ruina de la libertad foral, no podía ser detenida por la restauración de ésta. El espíritu popular exigía ya medidas más radicales y compatibles con la evolución que llevaba los pueblos á la democracia ó á las instituciones representativas: el separatismo revolucionario del año 10.