Ante el quinto Congreso, reunido en Bogotá, dimitió Bolívar su cargo de Presidente, y despues de largos y acalorados debates, por 50 contra 24 votos no fué atendido. Esta dimision la hizo desde su pueblo natal; en vista de la negativa, el 10 de Setiembre pasó á Bogotá, jurando nuevamente ante el Congreso, al efecto reunido en sesion extraordinaria, sostener y defender como hasta alli la Constitucion de la República. En Venezuela mientras tanto se habian levantado facciones que, como la de Cisneros en Carácas, llevaban la devastacion á todas partes.
El Congreso constituyente del Perú se habia reunido, con antelacion á los hechos últimamente citados, el 1° de Mayo, y declaró que la Constitucion jurada en 9 de Diciembre del año anterior era nula y sin ningun efecto, por haber sido sancionada de un modo ilegal y atentatoria á la soberania del pueblo; restableciendo provisionalmente en su fuerza y vigor, con supresion de algunos capitulos, interin el Cuerpo Legislativo se ocupaba de formar otra nueva, la admitida y votada en 1823. Don José de Lamar, gran mariscal, y Don Manuel Salazar y Barquijano fueron elegidos, el primero como Presidente y el segundo como Vice-Presidente de la República. Tales fueron los hechos mas notables ó importantes de la América del Sud en este año.
En el siguiente de 1828 dos eran los grandes partidos que se agitaban en el seno de la Colombia. Los que aspiraban con la mejor buena fé del mundo á hacer alteraciones liberales en la ley fundamental,—cuyo medio, á los ojos de sus émulos, era el mas á propósito para derrocar al Libertador, asi como tambien para los que deseaban dividir el territorio colombiano en tres distintos estados independientes entre si,—formaban el primero de estos partidos. En el segundo estaban afiliados la mayor parte de los generales, jefes y oficiales venezolanos, mas todos los extranjeros que subsistian al servicio de la Colombia y los deudos y amigos de Bolívar, que se esforzaban en sostener la integridad de la república creada por la union de Venezuela, Quito y la Nueva-Granada. Esta era precisamente la division intentada por los de la faccion contraria.
Despues de haber fracasado la Convencion nacional reunida en Ocaña el 9 de Abril, á causa de lo encontrado de las opiniones y principios políticos alli representados, una junta de personas notables, formada en Bogotá, suscribia el 13 de Junio una acta en la cual hacian solemne protesta contra toda reforma que emanase de la Convencion, depositando el cargo supremo de la República y su entera confianza en el general Bolívar, ejemplo que luego fué imitado y seguido en toda su latitud por los demás pueblos. De una manera tan pública y esplicita fué reconocido el ilustre Libertador como jefe supremo del Estado y revestido de las mas ámplias facultades.
El 24 del mismo mes, este hombre, objeto de tantos y tan continuos ataques, doblemente realzados por ellos, por sus actos de desinterés y por su heróica perseverancia en el fin que se habia propuesto desde el principio de la campaña de la independencia; este hombre, digno de un pueblo, no mejor, pero sí mas ilustrado, comenzó á legislar en importantes materias, suprimiendo la Vice-Presidencia y dando al Consejo de Estado una forma nueva y mas adecuada á las necesidades que le rodeaban.
Llegó á tan alto grado el encono de sus adversarios políticos, que conjurándose contra él, dominados por el criminal objeto de arrancarle el mando con la vida á un mismo tiempo, apellidándole tirano de la patria, el 25 de Setiembre atacaron de mano armada en Bogotá el palacio á la hora de la media noche, despues de asesinar á los centinelas, y lograron penetrar hasta la estancia del Libertador; afortunadamente pudo este salvarse arrojándose á la calle desde una ventana que por falta de prevision de parte de los agresores habia quedado sin custodia alguna. Una vez libre, pudo luego con su actividad y energia de costumbre tomar las medidas necesarias; y habiendo sido aprehendidos los conjurados, todos pagaron con la vida su temeraria empresa menos el general Santander, complicado tambien en la trama y á quien la última pena fué conmutada por Consejo de gobierno en la de destierro con privacion del empleo.
De esta manera, y con la convocacion de un Congreso en Bogotá para el 2 de Enero de 1830, el cual vendria investido con el carácter de Constituyente, cerraba sus puertas el año 1828, año lleno de malestar por la efervescencia de los partidos en que estaba dividida la opinion pública del pais, tanto mas temible cuanto que se alzaba en el corazon de hombres vigorosos y avezados á los azares de la guerra.
Fácil es comprender que á pesar de tan enérgicas medidas el mal no habria cesado; y asi era en efecto. Siguió sorda y lentamente bullendo en los ánimos de los descontentos durante el año 1829, y arraigándose mas profundamente toda vez que el peso del poder no le permitia salir á la superficie; pero como el momento señalado para la instalacion del Congreso se acercase, publicó Bolívar un manifiesto en que autorizaba á los pueblos para que pudiesen emitir libremente su dictamen, ya por medio de la imprenta, ya por otro cualquiera de los permitidos por la ley.
A una reunion provocada por el jefe general de policia, que lo era Arismendi, acudieron varios vecinos notables de Carácas con el fin de tratar de las peticiones que debian elevarse al Congreso. Una carta circular de Paez los animaba tambien á emitir sus opiniones con plena franqueza y libertad. Asi es que acordaron pedir á la autoridad superior civil de su provincia se convocase el pueblo á una Asamblea general, súplica que fué atendida, ordenándose inmediatamente la convocatoria. Esta Asamblea, legalmente constituida en la capital el 26 de Noviembre, resolvió: "desconocer la autoridad del Libertador; separar á Venezuela del gobierno de Bogotá; consultar la voluntad de los antiguos departamentos de aquella, invitándoles á que por medio de un cuerpo constituyente reconociesen, defendiesen y manifestasen públicamente la separacion que de aquel gobierno intentaban los venezolanos, todo lo cual quedó consignado." Por último, decidieron "que el general Paez se encargase del mando de los departamentos en tanto se verificara la instalacion del nuevo Congreso."
No reinaba menos agitacion entre los granadinos. El 2 de Enero de 1830, constituidos en comision preparatoria varios miembros del Congreso de Colombia en Bogotá, dieron principio á sus tareas, y el 4 se pusieron de acuerdo sobre la conveniencia de hacer que Bolívar en persona instalase el Congreso para demostrar á los pueblos la buena armonia en que sus representantes se hallaban con el padre de la patria, llamándole á fin de combinar los medios mas acertados de conjurar las calamidades que amenazaban al pais. Acudió Bolívar al llamamiento, y el 20 del mismo mes, cinco dias despues de su llegada á Bogotá, dejó instalado el Congreso, renunciando formalmente á la presidencia que se le habia conferido; pero su renuncia fué desechada, exigiéndole que hasta que la Constitucion quedase sancionada y nombrados los funcionarios superiores en el órden político, para cortar las alas á la anarquia conservase su autoridad, único medio que el Congreso estimaba hábil en aquellas amenazadoras circunstancias.