Entonces el Cabildo Catedral, que ya tenia conocimiento y estimaba los méritos de Guerrero, aprovechando su estancia en Sevilla le propuso darle una plaza de cantor, que aceptó, no volviendo á Jaén por continuar en su ciudad natal.
El siguiente año de 1549, Guerrero fué invitado á concurrir á las oposiciones de Magisterio y Ración de la Catedral de Málaga, donde se presentaron seis opositores, entre los que el músico sevillano obtuvo la primera plaza.
«Preparado ya para partir á Málaga—dice un biógrafo—el cabildo, que deseaba tenerlo á toda costa y mejorar su posición, decidió que el muestro Pedro Fernández, á quien Guerrero llamaba el maestro de los maestros españoles, fuese jubilado con la mitad de la renta: que sus funciones fuesen desempeñadas por Guerrero, que recibiría la otra mitad, conservando al mismo tiempo su sueldo de cantor, y teniendo opción al Magisterio con todo su sueldo á la muerte de Fernández, que no aconteció hasta veinte y cinco años más tarde.»
En su plaza continuó Guerrero hasta 1575, siendo por esta época ya muy apreciado de todos los amantes de la música que entonces vivían en Sevilla y entre los cuales los había bien inteligentes. A más las composiciones del maestro eran ya muy numerosas, y entre ellas se contaban dos fragmentos del Miserere que había remitido á la capilla pontificia.
Deseaba desde hacía muchos años Guerrero hacer un viaje á Jerusalén, y el año 1588 se le ofreció ocasión para llevarlo á cabo. El arzobispo de Sevilla, don Rodrigo de Castro, se dispuso á pasar á Roma y llevó consigo al maestro, que de allí pensaba dirigirse á Tierra Santa.
Partió, pues, de Sevilla; mas como quiera que el arzobispo determinó detenerse en Madrid algunos meses, Guerrero, con la anuencia del prelado, salió para Italia, llegando á Génova, y luego en Venecia se dispuso dar á las prensas muchas de sus composiciones; y encargando del cuidado de esta impresión á Zarlino, se embarcó en un navío, que recorrió las costas italianas, y pasando por Dalmacia, Esclavonia, Albania y Zanthe, al fin desembarcó en Jaffa. Acompañó á Guerrero en su viaje un discípulo muy querido suyo, y al regreso después de no pocas vicisitudes, escribió un relato de la expedición que fué impreso en 1592 con el título de Viaje á Jerusalén que hizo Francisco Guerrero Racionero y maestro de capilla de la Santa Iglesia de Sevilla, obra de la que se han hecho varias ediciones.
En 1597 se cita que se publicó en Venecia una obra musical del maestro sevillano en seis tomos, y cuyo nombre es Molecta, Francisco Guerrero in Hispalensi ecclesia musicorum, etc., etc.
A las noticias hasta ahora conocidas de la vida del maestro Guerrero, puedo añadir otra que ofrece cierta curiosidad y que consta en los libros de acuerdos del Cabildo Catedral de Sevilla, noticias que galantemente me ha proporcionado el señor Gestoso.
Según se lee en los citados acuerdos, en 1566 se concedió cierta licencia á Guerrero, en 29 de Enero de 1578 se mandó que se le dieran cincuenta ducados al mes, en 1582 se hace referencia á que se encontraba en Roma, y en 1586 en cabildo de 24 de Septiembre se trató de la jubilación del famoso músico.
En 1588 se mandó que los libros que presentó el maestro Guerrero en cabildo, se encuadernasen en becerro y pasaran al Archivo, acordándose años después, en 23 de Julio de 1593, se abonasen al maestro 2.400 reales del libro de canto de órgano que había presentado.