Dos años antes de esta fecha, en 1591, á causa de las deudas que Guerrero había contraído en Roma, fué detenido en Sevilla, como así se lee en el acuerdo de 21 de Agosto, en el que para tratar del asunto, se habla del dinero «que debe de Roma, por lo que está preso y mandado llamar para ver lo que en ello se haga y se traiga relación de lo que le daban en tiempo de Farfán al maestro Guerrero, de más de media ración.»
Otro documento también me ha facilitado el señor Gestoso, que figura en su colección de autógrafos, y el cual lleva la fecha de 1569, siendo un poder otorgado por Guerrero á dos canónigos para cobrar 261 gallinas que le cupieron en dicho año de la ración de que gozaba en la iglesia Catedral.
Consagrado el artista sevillano al desempeño de su cargo y á la composición de sus obras, querido y estimado de todos y recibiendo con frecuencia no pocas pruebas de distinción de personas encumbradas, falleció en la ciudad que le vío nacer el 8 de Noviembre de 1599, si bien otros autores señalan la fecha de 1600.
Guerrero fué sepultado en la capilla de la Antigua de la Catedral, poniéndose por orden del Cabildo una muy laudatoria inscripción en su sepulcro.
Muchas son las obras musicales que dejó Guerrero, y de ella citaré las que da noticias La Foge, que son entre otras, á más de seis misas (1565), las impresas con los títulos Magníficat quatuor vocum, Il secondo libro di Messe (1584), Il primo libro di salmi á quattro, Hymnorum in Hispalensi eclesiæ tantum cani, solita, &. &.
Al pintor y literato Francisco Pacheco, amigo de Guerrero, se deben las primeras noticias biográficas que del compositor sevillano se conocen. Pacheco en su libro de los Verdaderos retratos, que lleva en la portada la fecha de 1599, escribió un caluroso elogio del maestro con noticias muy curiosas sobre su vida y de una autenticidad indudable, y á más dibujó el retrato que allí aparece y que es de los mejores ejecutados de la colección.
«Francisco Guerrero—escribe su coetáneo y amigo—fué el más diestro de su tiempo en el arte de la música; escribió de ella tanto, que considerados los años que vivió y las obras que compuso, se hallan muchos pliegos para cada día, y esto las de mano; su música es de excelente sonido y agradable trabazón; compuso muchas misas, salmos, etc.»
A más de Pacheco, elogió también al compositor hispalense, entre otros poetas, Vicente Espinel, quien dijo de él
«...que si en la ciencia es más que todos diestro,
es tan grande cantor como maestro.»
Dando todas estas opiniones á conocer que los méritos de aquel hombre no fueron ciertamente ignorados para sus coetáneos, como con otros muchos ha ocurrido, á quien la posteridad ha tenido luego que vindicar.