Como tantos otros, el sabio Rivero se vió perseguido por la saña de las facciones que en aquellos tiempos devoraban el Perú. Las alternativas de la guerra civil le hicieron emigrar, dejando de desempeñar unas funciones en las que era tan útil á su patria.
Refugiado en Chile, se dedicó á sus tareas habituales con más ahinco y más afán que nunca. La naturaleza de Chile no la había estudiado nadie como lo hizo él desde 1829 hasta 1831, así como en viajes que hizo posteriormente cuando ya se encontraba de nuevo en el Perú.
De vuelta en su patria en 1832, fué encargado de la dirección del Museo de Historia natural y antigüedades, establecimiento de nueva fundación. También por entonces fué elegido diputado.
La política no le era familiar ni estaba en su centro en una asamblea deliberante. Así figuró poco y brilló menos en las tareas legislativas, pospuestas siempre por él á los estudios científicos y á las faenas de la agricultura.
Sin embargo, desempeñó cargos administrativos de importancia, como la prefectura del departamento de Junín, y el general Vivanco lo propuso para ministro de Hacienda, cargo que él no aceptó.
Se deben á Rivero diversas publicaciones concernientes á la agricultura y á la ganadería, así como el descubrimiento de varias minas de carbón, cuya existencia se ignoraba por completo en el Perú.
En 1851 aceptó Rivero el consulado general de la república peruana en Bélgica, donde se ocupó en la publicación de su importante libro Antigüedades peruanas, contando con la cooperación del sabio Tchudi, naturalista y filólogo de Viena.
En estos años, que fueron los últimos de su laboriosa vida, hizo algún viaje al Perú, coleccionó sus trabajos científicos de largos años y consagró su tiempo á la educación de cuatro hijos.
Murió Rivero en París á fines de 1857.
Era miembro activo ó correspondiente de un gran número de corporaciones y sociedades científicas, entre ellas la Sociedad filomática y la Sociedad de ciencias naturales de París; de la de anticuarios de Dinamarca; las de geología de París, Londres y Estados Unidos; las de agricultura de Chile, Bélgica y Francia. Poseía varias condecoraciones, pero tuvo el buen gusto de no usarlas.