Después de Rancagua, dispersas y diezmadas las fuerzas de los patriotas, emigraron muchos de éstos buscando un refugio al otro lado de los Andes. O'Higgins se refugió también en la vecina República, donde era considerado como jefe de la emigración. Con tal título se asoció á la empresa del general San Martín. Los chilenos mandados por O'Higgins formaron parte de la expedición que pasó á Chile en 1817. Aquella marcha de un ejército bisoño á través de la cordillera andina, aquella invasión de Chile ideada por San Martín y ejecutada con éxito, constituye una de las páginas más gloriosas de la independencia y uno de los hechos más admirables de la historia militar del mundo.
Los invasores de Chile batieron en Chacabuco al ejército español, contribuyendo eficazmente á la victoria una carga briosa del general O'Higgins.
Tomada poco después la capital de Chile, fué elegido el general chileno, Director supremo del Estado. San Martín se dirigió al Perú, quedando O'Higgins en Santiago. La dirección de O'Higgins duró desde febrero de 1817 hasta enero de 1823.
La escuadra chilena fué creada en tiempo del general O'Higgins; habiendo comprendido el Director supremo que Chile necesitaba una escuadra poderosa, para conquistar su independencia primero, para defenderla más tarde, para salvaguardia de sus costas, de sus intereses y de su pabellón en todos los sucesos y en las épocas todas de su vida, organizó las primeras fuerzas navales que tuvo la América española después de emanciparse. La escuadra chilena se cubrió de gloria en las aguas del Pacífico, haciendo sus primeras armas contra fuerzas navales superiores y recibiendo el bautismo de sangre ante las fortalezas del Callao, defendidas por los españoles con poderosa y brava artillería.
Al hablar de artillería potente y de naves poderosas, las consideramos con relación á su tiempo. No entendemos confundir las escuadrillas de vela ni los cañones lisos que se usaban entonces, con los acorazados que hoy existen ni con sus bocas de fuego.
Desde entonces ha progresado la marina chilena, al compás de las de otros países y al nivel de los más adelantados. Sus vasos náuticos, si no todavía tan numerosos como lo exigen las necesidades de una nación marítima, son buenos en general, bien artillados, bien tripulados y bien gobernados siempre. Los marinos chilenos han conservado su reputación de inteligentes y bravos, mereciendo que su país eleve un monumento en honra suya. Aunque la patria chilena no debiera más al general O'Higgins, la creación de la escuadra sería para él un título de gloria.
Terminó el gobierno del general O'Higgins, por renuncia que pronunció bajo la presión del pueblo; no cedió por debilidad, sino por convencimiento. Había pasado el tiempo de las direcciones incondicionales y de la dictaduras indiscutibles, y el jefe del Estado renunció su poder personal en manos de una Junta revolucionaria.
La enconada oposición que en Santiago y otras poblaciones hacían los patriotas al general O'Higgins durante los últimos meses de su mando, se dirigía al director supremo, al político poco afortunado, al estadista que parecía no estar á la altura de la situación; de ningún modo ni por un momento se le perdió el respeto debido al héroe de Rancagua ni se olvidó la consideración que el hombre merecía por sus servicios y por sus virtudes. No bien se desprendió del poder, cuando fué vitoreado por las mismas turbas populares que le habían exigido su renuncia. Contraste que honra tanto al general O'Higgins como al pueblo que le derribaba sin ingratitud y sin rencor.
Con la caída de O'Higgins terminó el período de gobierno militar, abriéndose nueva era para la joven República. Esta ha navegado por el derrotero de la Libertad y con rumbo al puerto de la Democracia, con más lentitud que otras, pero con más firmeza. No importa marchar despacio si se anda con paso firme, y Chile se ha desprendido ya ó se va desprendiendo poco á poco de las trabas rutinarias, de las usanzas pueriles, de las prácticas añejas de un fanatismo rancio, de las preocupaciones aristocráticas más ó menos peligrosas, que no han sido sino herencias de la época colonial, de la España del absolutismo y de la Inquisición.
O'Higgins comprendió que su presencia en Chile, después de haber ejercido tanto tiempo la suprema autoridad, podría ser motivo de disturbios si se tomaba su nombre por bandera de partido. Por eso emigró al Perú, á fin de no dar pretexto á las facciones para servirse de su presencia en perjuicio de la concordia y de la paz.