En cuanto a Magallanes, Faria y Sousa asegura, en su Europa portuguesa, que el obispo de Lamego, don Fernando de Vasconcelos, votó que el rey o le hiciese merced o le hiciese matar, porque era peligrosísimo para el reino lo que intentaba. Según Herrera, andaban entrambos—Magallanes y Falero—«a sombra de tejado, y cuando los tomaba la noche en casa del obispo de Burgos enviaba sus criados que les acompañasen».
La protección de don Juan Rodríguez de Fonseca, y en especial la del emperador, a quien, desde los primeros momentos, le inspiraron simpatía los planes de Hernando y sus colegas, dieron al traste con las maquinaciones fraguadas y las artes invertidas para imposibilitarlos.
¿Traicionó Magallanes a Portugal poniéndose a nuestro servicio? Hay que decidirse, sin vacilaciones, por la negativa. Los desleales a su nación serán los gobernantes que no recompensen debidamente a quienes se desvivan por ella; mas no los ciudadanos que la abandonen por semejantes ingratitudes. Ni Magallanes cometió ninguna injusticia contra su país, porque pertenecían al nuestro las islas Molucas, desde donde los portugueses llevaban las especias a Calicut.
Aniquilados cuantos obstáculos se oponían a la expedición, el César dispuso que a su costa—porque lo que se arriesgaría sería poco, si resultara estéril, e inmensas las honras y ganancias que se obtendrían si se alcanzase el éxito apetecido—, se equipare una flota.
En cumplimiento del imperial mandato, se aprestó una de cinco naves: la Trinidad, de ciento diez toneles; la San Antonio, de ciento veinte; la Concepción, de noventa; la Victoria, de ochenta y cinco, y la Santiago, de sesenta y cinco.
Don Martín Fernández de Navarrete, en su famosa Colección de los viajes y descubrimientos que hicieron por mar los españoles desde fines del siglo XV, establece la diferencia entre la capacidad de los toneles y la de las toneladas. Por aquéllos se daban a entender antiguamente los vizcaínos, y por éstas los sevillanos de la carrera de Indias. Las medidas de unos y otras «estaban en la razón de cinco a seis; de modo que diez toneles hacían doce toneladas».
Las naves las adquirió en Cádiz, por orden de Su Majestad, el factor Juan Aranda, e incluídos los bateles y los aparejos de ellas, costaron: la primera, doscientos setenta mil maravedís; la segunda, tres cientos treinta mil; la tercera, doscientos veintiocho mil setecientos cincuenta; la cuarta, trescientos mil, y la quinta, ciento ochenta y siete mil quinientos.
La Trinidad sería la capitana, y su gobierno y el supremo de las demás se adjudicaría a Hernando de Magallanes; la capitanía de la San Antonio, a Juan de Cartagena, veedor de la expedición; la de la Concepción, a Gaspar de Quesada; la de la Victoria, a Luis de Mendoza, y la de la Santiago, a Juan Serrano. Juan Sebastián Elcano iría en la Concepción en calidad de maestre.
En la iglesia de Santa María de la Victoria de Triana, en Sevilla, recibió Magallanes el estandarte real, de manos de Sancho Martínez de Leiva, a quien, como representante del emperador, hizo juramento y pleito homenaje de que en la empresa que se le encomendaba se conduciría como buen vasallo; e idénticos votos le prestaron a Magallanes los capitanes y oficiales de las otras naves.
Ruy Falero, por habérsele quebrantado la salud, se quedaría en España de orden de Su Majestad Imperial. De la enfermedad del renombrado astrónomo se ocupan, con ingenuidad pintoresca, nuestros historiadores de Indias. Gonzalo Fernández de Oviedo dice que «aquel mesmo año el Ruy Falero, como era subtil y muy dado a sus estudios, por ellos o porque Dios así lo permitiese, perdió el seso y estuvo muy loco y falto de raçón y de salud, y Çesar lo mandó curar y tratar bien». Francisco López de Gómara se expresa de este modo: «Era Ruy Falero buen cosmógrafo y humanista... Y enloquesció de pensamiento de no poder cumplir con lo prometido, o como dicen otros, de puro descontento por enojar y deservir a su rey». ¿No perdería la razón obsesionado con la idea de que el embajador de Portugal, en Madrid, don Alvaro de Costa, le hubiera dicho al rey Don Manuel que estaba a punto de perderla y que no hiciera de él aprecio alguno?