Maximiliano Transilvano, secretario de Carlos V, en su magnífica Relación, dirigida al cardenal Salpurgense, obispo de Cartagena, de cómo, por quién y en qué tiempo fueron descubiertas y halladas las islas Molucas, donde es el propio nascimiento de la especería, las cuales caen en la conquista y marcación de la corona de España, refiere algunas de las razones dadas por Magallanes a los alborotados tripulantes en contra de la vuelta de la armada a nuestra patria: «El capitán Magallanes... les respondió contradiciendo a sus ruegos e diciendo que él llevaba en escripto, por mandamiento del Emperador, el curso y viaje que habían de hacer, y que en manera del mundo él no podía exceder de aquello» «e que considerasen qué alabanza ni gloria les podría ser dada a ellos, pues que allí donde estaban no había distancia de más de 24 a 25° de aquella parte del trópico de Capicornio, que era 4 ó 5° más metidos al austro que los portuguese», «que tuviesen por cierto que tanto mayor gloria y mayores galardones, premios y mercedes recibirían cuanto con mayores trabajos descubriesen y hallasen para el Emperador, que los había enviado a aquel nuevo y incógnito mundo, lleno de riquezas, de especería y de oro».
En la noche del mismo domingo de Ramos, 1.° de abril de 1520, Gaspar de Quesada y Juan de Cartagena pasaron, con treinta hombres armados, desde la Concepción a la San Antonio pidiendo que se les entregase Alvaro de Mezquita, y se les ayudara contra Magallanes, para obligarle a cambiar de conducta y de propósitos, y diciendo que ya se habían hecho dueños de la Trinidad y de la Victoria. Juan de Elorriaga, maestre de la San Antonio, habló en defensa de Mezquita, y Quesada llamó loco al maestre y le dió cuatro puñaladas en un brazo. Preso Mezquita, se trasladó Cartagena a la Concepción. Quesada permaneció en la San Antonio, y así quedaron los revolucionados por amos de estas naves.
Cartagena y Quesada pusieron en conocimiento de Magallanes lo que habían hecho, y le requirieron para que se aviniese a cumplir la que ellos estimaban que era la voluntad del emperador, asegurándole que, de acatarla, le aumentarían las consideraciones, respetos y reverencias que le habían guardado hasta entonces. Instóles el capitán general a que pasasen a su nave, donde les escucharía y verían de resolver lo que procediera; pero eludieron la invitación de Magallanes, quien, por medio del alguacil Gonzalo Gómez de Espinosa, envió una carta a Luis de Mendoza excitándole a que fuese a la Trinidad, y como al leerla se sonriera maliciosamente, Espinosa le dió una puñalada en la garganta, y un marinero acabó de quitarle la vida de una cuchillada en la cabeza. Poco después entraron en la Victoria quince hombres armados, a las órdenes de Duarte Barbosa, cuñado de Magallanes, sin que nadie se les resistiese. Al otro día, 2 de abril, arremetió la Trinidad contra la San Antonio, disparándola varios tiros, y cayeron en poder del almirante Gaspar de Quesada y Antonio de Coca. También hizo prender en la Concepción a Juan de Cartagena.
El día 3 mandó descuartizar el cadáver de Mendoza, y el día 7 fué muerto y descuartizado Quesada, cuyo criado Luis de Molino tuvo que hacerle pedazos, para él librarse de sucumbir en la horca. A Juan de Cartagena y a un clérigo llamado Pedro Sánchez de la Reina, que había contribuído a la rebelión, los quedó desterrados por allí, dejándoles, para que se alimentaran unos cuantos días, taleguillas de bizcocho y botellas de vino. A cuarenta individuos más hubiera ordenado ajusticiar, de no haber tenido en cuenta que, haciéndolo así, no le quedaba la gente indispensable para los menesteres de la flota.
Entre los que se libraron de morir, figura Juan Sebastián Elcano, que fué uno de los requeridos por Cartagena y por Mendoza para compeler a Magallanes, de paz o a la fuerza, a la observancia de los que ellos decían que eran los mandatos reales. Elcano nos informa de su participación en estas lastimosísimas y memorables tragedias. Intervino personalmente en la detención de Alvaro de Mezquita, y en el envío a Magallanes de un escribano y un alguacil para pedirle que tomara consejo con sus oficiales en todo lo que hubiera de hacerse. Según Elcano, el almirante mandó prender a Luis de Mendoza por estimar que era el que aconsejaba estos requerimientos y alborotos, y asegura que Magallanes le dió doce ducados al alguacil Espinosa por haber apuñalado al capitán de la Victoria. Acerca de los orígenes de tan fieros antagonismos, Juan Sebastián los atribuye al desprecio que el almirante hacía de los poderes de Juan de Cartagena, a quien no trataba como a persona conjunta suya, contraviniendo las disposiciones del emperador, porque Cartagena iba en la armada en sustitución de Ruy Falero, y con las preeminencias de que éste hubiera gozado de no haber tenido que quedarse aquí para curarse de su vesania. Ante los señores de la casa de la Contratación, en Sevilla, había expresado Magallanes, en 1519, antes de salir de España, su conformidad con lo resuelto por Su Majestad respecto a las atribuciones de Cartagena: «En cuanto a lo que su Alteza manda... quel dicho comendador Ruy Falero se haya de quedar, quél, por servir a su Alteza, ha por bien y le place quel dicho comendador Ruy Falero se quede, e vaya en su lugar el señor Juan de Cartagena como su conjunta persona, así como su Alteza lo mandó».
Las discrepancias entre ambos capitanes por la igualdad o desigualdad de sus poderes habían surgido, yendo la flota por la costa de Guinea, con ocasión de haber castigado Cartagena, sin contar con Magallanes, a un maestro, por sodomita. Los descubridores y conquistadores españoles de América fueron siempre rigurosos e inflexibles con los invertidos y acostumbraban a echárselos a los perros.
Al decir de Elcano, influyeron en las diferencias entre Cartagena y Magallanes y en sus cruentas derivaciones los deseos de éste de complacer a su cuñado Duarte Barbosa y a su sobrino Alvaro de Mezquita, que aspiraban a suplantar a Cartagena, a Quesada y a Mendoza en las capitanías de sus buques.
En el puerto de San Julián, el almirante encargó a Juan Serrano que reconociera, hasta cierta distancia, la costa, por si hallaba estrecho, y que se volviera si, recorridas las leguas que le determinó, no lo encontrase. No se logró dar con el anhelado paso. En cambio, la Santiago naufragó a tres leguas del río de Santa Cruz, si bien se salvó la tripulación, excepto un negro, esclavo del capitán de la nave.
Magallanes hizo a Serrano jefe de la Concepción, y continuó en dicho puerto. A los dos meses de estar allí se presentaron seis naturales del país, a quienes el general dió de comer abundantísimamente en la Trinidad, dejándolos marchar luego que se hartaron. Nuestros primitivos historiadores de Indias refieren interesantes noticias de aquellos individuos gigantescos: «Hablan de papo, comen conforme al cuerpo y temple de tierra, visten mal para vivir en tanto frío, atan para adentro lo suyo, tíñense los cabellos de blanco, por mejor color, si ya no fuesen canas, alcohólanse los ojos, píntanse de amarillo la cara, señalando un corazón en cada mejilla; van, finalmente, tales que no parecen hombres.»
Magallanes nombró capitán de la San Antonio a Alvaro de Mezquita, y de la Victoria a Duarte Barbosa, y el 24 de agosto salió del puerto de San Julián. El 21 de octubre descubrió una bahía muy ancha y dispuso que la reconocieran, por si era estrecho, la Concepción y la San Antonio. El las aguardaría, a la entrada, con la Victoria y la Trinidad. Tres días navegaron Serrano y Mezquita sin poder hallarle el fin. Nuevamente la reconoció la San Antonio; pero tampoco se lo pudo hallar. Sin embargo, era el estrecho que se buscaba.