El general, examinados los víveres—que los había para tres meses—, resolvió continuar las exploraciones. Trató de oponerse Esteban Gómez, portugués, piloto de la San Antonio, diciendo que, «pues se había hallado el estrecho para pasar a los Malucos, se volviesen a Castilla para llevar otra armada, porque habría gran golfo que pasar, y si les tomasen algunos días de calmas o tormentas, perecerían todos»; a lo que respondió Magallanes «que, aunque supiese comer los cueros de las vacas con que las entenas iban forradas, había de pasar adelante y descubrir lo que había prometido al Emperador».
Llevaba andadas la flota cincuenta leguas de estrecho, y el almirante ordenó que la San Antonio reconociera cierto brazo de mar que había entre unas sierras, y que a los tres días volviese. Mas no volvió. Esteban Gómez y el escribano Jerónimo Guerra, aprovechando la ocasión, decidieron regresar a España. Quiso evitarlo Alvaro de Mezquita, y le dió una estocada al piloto; pero éste le dió otra al capitán y consiguió apresarlo. Mandada por el escribano, retornó la San Antonio a España y llegó a Sevilla, al puerto de las Muelas, el 6 de mayo de 1522. Al salir de Sanlúcar la flota, Magallanes y Gómez iban en íntima relación, y aquél llevaba a éste de piloto de la Trinidad. Las disparidades y antipatías que luego hubo entre ambos provinieron del fracaso de Gómez en sus aspiraciones a la capitanía de la San Antonio, concedida a Mezquita.
El general, convencido, al esperar en vano a esta nave, de que se habría ido a pique, o se habría vuelto a España, siguió explorando el estrecho con la Trinidad, la Victoria y la Concepción, habiéndolo atravesado del todo el 27 de noviembre de 1520. Tenía de boca a boca unas cien leguas, navegaron por él veinte días, y a su salida se hallaron con un mar en el que no les sobrevino ninguna tempestad; por lo que Magallanes lo denominó Pacífico.
Por el tranquilo Océano pasó la armada el 18 de diciembre, entre la isla de Juan Fernández y la costa de Chile. «La navegación—dice Antonio de Herrera—, ya era muy penosa por falta de víveres: comían por onzas, bebían agua hedionda y guisaban el arroz con agua salada». El 24 de enero hallaron la isla de San Pablo, y el 1.° de febrero, otra, que recibió el nombre de la isla de los Tiburones, por los muchos que había en ella. También denominaron Desventuradas a las dos, por no haber encontrado mantenimiento alguno con que atenuar las angustias del hambre.
El 1.° de marzo llegó la flota a las Marianas, que fueron llamadas islas de las velas latinas e islas de los ladrones. El 16 fondearon en la de Celuán, del archipiélago filipino. El cacique de Mazaguá, con quien se entendieron por medio de un esclavo de Magallanes, natural de Malaca, les regaló cuatro puercos, tres cabras y arroz, y les comunicó que a veinte leguas de allí había un gran rey, pariente suyo, que les daría cuanto quisieran. El señor de Mazaguá y algunos indios les acompañaron hasta la isla de Cebú y la villa del mismo nombre, donde residía tan poderoso monarca, que hizo inmediatamente proposiciones de paz a Magallanes, de tanto mejor gana aceptadas, cuanto que no tardaron en seguirlas inmensas cantidades de víveres, con los que los expedicionarios reformaron notablemente, en pocos días, sus quebrantadísimos organismos. ¡Puercos, cabras, arroz, cocos, mijos, diversidad de frutas! Les parecía mentira a los famélicos navegantes tanta abundancia, y dispararon la artillería en demostración de contento.
Los alborozados nautas construyeron, con las velas de los buques y con ramas de árboles, un altar, donde se dijo misa, a la que asistieron el rey de Cebú y muchísimos súbditos suyos. A continuación de la misa, a Magallanes y a otras personas de la flota se les obsequió con una comida, en la que abundaron las aves asadas, el pan frito, que los indios llamaban sagú, y el vino de palmas.
El capitán general había regalado al rey de Cebú una gorra de grana, un traje de seda morada y amarilla y algunos objetos de vidrio, y a un sobrino suyo, que era el heredero de la corona, una taza de vidrio, un paño de Holanda y una gorra; pero lo que más afirmó la amistad entre aquellos soberanos y Magallanes fué el haber curado éste a un nieto del rey que se encontraba enfermo, sin poderse mover hacía más de dos años. Con este motivo recibieron el bautismo la real familia y más de ochocientos indios, habiéndose puesto al monarca, cuyo nombre era Hamabar, el de Carlos; a la reina, el de Juana; al príncipe heredero, el de Fernando, y a una princesa, el de Catalina.
Hamabar envió mensajeros a los reyes de varias islas próximas para que vinieran a reconocerse vasallos del emperador Carlos V. Algunos vinieron, al efecto, a Cebú, pero Cilapulapo, señor de la isla de Maután, respondió altivamente que no podía ni quería obedecer a quien le era desconocido, y que no estaba dispuesto a recibir órdenes de Hamabar; mas que, para que no se le tuviera por inhumano, se complacía en enviarles a los extranjeros unas cabras y unos puercos que habían mandado a pedirle.
Magallanes se dispuso a hacerle la guerra a Cilapulapo para obligarle a aceptar por las armas lo que rechazaba por diplomáticas negociaciones. Hamabar procuró disuadirle de lo temerario de la determinación, diciéndole que el señor de Maután era poderosísimo. Tampoco aprobó Juan Serrano los belicosos proyectos del almirante. Insistiendo éste en ellos, el rey de Cebú le ofreció su ayuda, pero le respondió que con sus castellanos tenía de sobra para vencer y castigar a Cilapulapo, y que a lo sumo le aceptaba mil indios para que le sirvieran de guías y para que presenciaran el escarmiento que había de infligirle.
Con sesenta hombres, en tres bateles, y mil cebutines, en treinta barcas, se dirigió a Maután. Cilapulapo salió a recibirles con tres mil combatientes. El general mandó disparar la artillería creyendo que con ello bastaba para amedrentar, derrotar y poner en fuga a los contrarios. Pronto comprendió que serían inútiles sus esfuerzos contra aquellos indios, que oyeron los disparos con serenidad maravillosa. Y se hubiera vuelto atrás si tales pensamientos cupieran en ánimos tan heroicos como el del insigne portugués.