Los mautanenses acabaron con unos cuantos cebutines y con ocho españoles e hirieron a más de veinte, a casi todos ellos con flechas envenenadas. A Magallanes le dieron un cañazo en el rostro, varios golpes con lanzas y piedras y un saetazo venenoso, y estando ya en el suelo, una lanzada que lo atravesó de parte a parte.
Los nuestros procuraron recobrar su cadáver, pero los mautanenses se negaron a dárselo y aun a vendérselo, queriendo conservarlo como recuerdo de la victoria que habían alcanzado y para advertencia de quienes se propasaran a molestarles.
Así murió el gran Hernando de Magallanes, el 27 de abril de 1521, a los cuarenta y dos años de edad, habiendo tenido la satisfacción de encontrar el estrecho que le había prometido a Carlos V, mas no la de haber llegado a las islas de las especias.
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Magallanes, al ofrecerse al emperador, era ya un experimentado marino y un cosmógrafo inteligentísimo. En la concepción de sus ideas relativas al estrecho, en la claridad de ellas y en la seguridad que tuvo siempre de que había de encontrarlo, parece ser que influyó Martín Behaim, discípulo de Regiomontano y miembro que fué de una junta que Don Juan II de Portugal mandó formar para construír un astrolabio, calcular las tablas de la declinación solar y enseñar a los marinos, como dice el historiador lusitano Barros, una maneira de navegar per altura de sol.
En Venecia, en Amberes y en Viena se dedicó Behaim al comercio de pañería; luego vivió veinte años en Lisboa y en la isla de Fayal, habiendo viajado con Diego Cam por las costas del Africa y traído a Europa la malagueta, especia muy buscada que competía con la pimienta. Fué caballero de la Orden de Cristo. En 1492 terminó, hallándose accidentalmente en Nuremberg, en casa de su primo el senador Miguel Behaim, un globo, que deseaba dedicar «a su cara patria antes de partir para el lugar donde tiene su casa, a 700 millas de Alemania», o sea a la isla de Fayal, donde vivía con su mujer Juana de Macedo y con su suegro el caballero Hürter.
En este globo, concluído por Martín Behaim en Nuremberg, fué donde Magallanes debió ver pintado el estrecho cuyo descubrimiento prometió a Carlos V.
Antonio Pigafeta Vicentino, lombardo, que fué en la armada, compuso un Diario de ella y se contó entre los poquísimos que regresaron a España, escribe a este respeto: «El 21 de octubre de 1520 encontramos un estrecho, al cual dimos el nombre de las once mil vírgenes. Sin el saber de nuestro capitán, no se hubiera podido desembocar este estrecho, porque todos creímos que estaba cerrado; pero nuestro capitán se había informado de que debía pasar por un estrecho singularmente oculto, habiéndolo visto en una carta conservada en los archivos del rey de Portugal, y dibujada por un cosmógrafo excelente, Martín de Bohemia».
González Fernández de Oviedo pone en duda, y mejor pudiera decirse que niega, las afirmaciones de Pigafeta, «pues nunca se vido ni oyó scripta ni pintada tal auctoridad, ni hombre chripstiano supo que avía tal estrecho... Pero, o que Magallanes por su buen espíritu, o por aviso de Martín de Bohemia, se atreviesse y determinarse a tal empresa, yo le tengo por hombre de mucho loor».
Entre las aseveraciones de Pigafeta y las dudas o negaciones de Oviedo, será por las de aquél por las que habrá que resolverse, no sólo por haber ido en la expedición, sino por su amistad con Magallanes. El Diario lo entregó al emperador y se ha perdido. Envió copias al pontífice Clemente VII y al gran maestre de Rodas Felipe Villiers de Lisle Adam. El conocido es un extracto de estas copias, existente en la biblioteca ambrosiana de Milán y se publicó en París en 1800.