Entre las víctimas se contaron Duarte Barbosa, Juan Serrano y Luis Alfonso. A Serrano lo asesinaron cuando se volvieron a la ciudad los indios que le habían llevado a la playa para hacer con él la comedia de que ofrecían su rescate a los que se habían quedado en los buques.
El 1.° de mayo partieron de Cebú la Trinidad, la Concepción y la Victoria, y habiendo navegado diez leguas llegaron a la isla de Bohol, donde, por ser el personal que les quedaba muy escaso para los servicios de toda la flota, resolvieron quemar la Concepción, que era la más vieja de las tres naves.
Nombraron general a Juan Caraballo y capitán de la Victoria a Gonzalo Gómez de Espinosa, y desde Bohol se dirigieron a Quepindo, isla de la costa de Mindanao. Por no encontrar allí arroz, que era lo que más necesitaban, fueron a la de Paraguá, y en el pueblo de Saocao, habitado por moros, y en otro habitado por cafres, se hicieron con arroz, gallinas, puercos y cabras, a cambio de tijeras, cuchillos, lienzos, cuentas de vidrio y otros artículos por el estilo.
Desde Paraguá se encaminó la expedición a Borneo.
El 9 de junio se les acercaron tres fustas, cuyas proas eran doradas y de figura de cabezas de sierpes. En una de las fustas venía, con acompañamiento de estruendosas músicas, un anciano, secretario de Siripada, rey de la isla. El importante personaje y algunos mozos entraron en la capitana, abrazaron a Caraballo y le preguntaron quiénes eran, de dónde venían y qué buscaban. El les contestó que eran súbditos del emperador Carlos V y que el objeto de sus viajes era trocar sus mercancías por las de aquellos países. Y les dió, para el soberano de Borneo, una camisa de terciopelo carmesí y una silla guarnecida de terciopelo azul.
Siripada le mandó a decir al general que le estimaría le enviase dos hombres, pues tenía mucho interés en conocerlos, y Caraballo le envió ocho, uno de ellos Gonzalo Gómez de Espinosa.
Salieron a recibirles 3.000 guerreros vestidos con trajes de seda, armados de arcos, flechas, cerbatanas y alfanjes y provistos de corazas de conchas de tortuga.
Los ocho de la flota llevaban para el rey una ropa de terciopelo verde, una gorra de grana, cinco varas de paño colorado, una copa de vidrio, una escribanía y cinco manos de papel, y para la reina, una copa de vidrio llena de agujas, tres varas de paño amarillo, y otros obsequios. Al día siguiente estuvieron en Palacio, cuya riqueza les admiró y avergonzó. A Siripada, que los vió desde una reja, le dijeron que querían paz, pan y contratación. El monarca se mostró maravillado de la larga navegación que habían hecho y ordenó que fueran atendidos y servidos cumplidamente.
Los visitantes, que habían pasado hambres muy dolorosas, comieron y bebieron hasta no querer más. Les dieron al mediodía doce platos, y para postre, variedad de frutas, y por la noche, treinta platos lo menos y otros tantos vasitos de vino de arroz. Hubo en estos banquetes carne asada, capones y otras aves, muy buena pesca y pasteles.
Lo que sobre todo les agradó a los convidados fueron las noticias que allí les suministraron de la situación y la distancia de las Molucas.