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La Trinidad, ya recompuesta, salió de Tidor el 6 de abril de 1522, con cincuenta individuos y nuevecientos quintales de clavo, y llegó, tras una navegación de cuarenta leguas, a la isla de Morotay, donde los expedicionarios fueron muy bien recibidos e hicieron transacciones.
Yendo hacia el norte, arriban a una de las islas Marianas, en la que la nave sufre grandes destrozos y se mueren varios tripulantes de mal de lombrices.
A últimos de agosto surgen en la isla de Mao, próxima a la parte septentrional de las de los Ladrones, y distantes trescientas leguas de las Molucas.
Encontrándose en la costa de Zamafo, supieron, por la gente de un barco, que a los quince días de haber salido de Tidor la Trinidad, habían llegado a Terrenate portugueses, mandados por Antonio de Brito, y habían construído una fortaleza.
Gonzalo Gómez de Espinosa envió en aquel barco al escribano Bartolomé Sánchez, con una carta para Brito, comunicándole que la Trinidad estaba a punto de perderse, y muchos de la dotación iban enfermos, y suplicándole auxilios con los que poder retornar a Tidor. El escribano no volvió. Como se temió en un principio, y se confirmó más adelante, le habían detenido.
En el puerto de Benacorora, Simón Abreo, Duarte Raga y los capitanes Gaspar Gallo y García Manrique se presentaron a Gómez de Espinosa y le entregaron la respuesta de Brito, en la que le decía que le facilitaba el personal y los auxilios que le había pedido. Sin embargo, no tardaron en apoderarse de los mapas, astrolabios, cuadrantes y derroteros de la nave, y en mandar en ella hasta el puerto de Talangomí, situado entre Terrenate y Tidor.
Espinosa protestó contra las violencias de que él y los suyos eran objeto por parte de los lusitanos, en un país que correspondía a Carlos V; a lo que le contestaron que obraban de conformidad con las instrucciones de su rey. Y despreciando las protestas, pidieron el estandarte imperial y procedieron a la descarga del buque. Al exigir Espinosa testimonio de lo que contenía, se le amenazó con que, de insistir en reclamarlo, se lo habían de dar colgándole de una antena.
Cuando la Trinidad salió de Tidor, habían quedado allí, con la hacienda del César, Juan Campos, Alonso Genovés y Diego Arias, y ahora Espinosa los encontró en Terrenate, con hierros, en la fortaleza de los lusitanos, que les habían quitado las mercancías que destinaban para las contrataciones.
Ventiuno eran los hombres de este navio al volver a Terrenate. Todos fueron presos. A los cuatro meses, Brito les consintió pasar a la India, exceptuando, por serle necesarios, al carpintero maestre Antonio y al calafateador Antonio Besanabal.