Determinados los límites de la nueva urbe, nombró dos alcaldes ordinarios, dos regidores, un alguacil mayor, un escribano mayor de Cabildo y dos escribanos de número.
Señaló el sitio para plaza pública, repartió los solares para conventos de San Agustín y para iglesia, encomendó al consejo la designación de los que habían de repartirse entre los vecinos, y ordenó que Manila fuese denominada capital de la provincia de la Nueva Castilla.
Este nombre fué confirmado por Felipe II en Cédula de 21 de junio de 1574, en la que otorgó a Manila los títulos de insigne y siempre leal. Por otra Cédula le concedió escudo de armas, consistente en castillo de plata en campo rojo, y un medio delfín y león, con una espada en la mano.
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El 20 de agosto de 1572 Legazpi tuvo una grandísima desazón por haber cometido una falta muy grave uno de sus soldados. Este disgusto se le aumentó con tener que negar a una de las personas principales de su campo un favor, a cuya concesión se había opuesto en varias ocasiones.
Aquel día, y a consecuencia de varios incidentes, sintió un intenso dolor en el corazón. Algo se le alivió con remedios que le aplicaron. A la hora de cenar bebió un poco de agua y se le agudizó el dolor. Entonces le recetaron una purga, y habiéndose levantado de la cama cuando iba a hacerle los primeros efectos, falleció repentinamente. Hubo quienes le echaron la culpa de la inesperada desgracia al médico que le había asistido.
El factor, el maestre, los capitanes y los oficiales del rey, sabedores de tan triste noticia, se personaron a las dos de la madrugada con los demás españoles que había en Manila en el domicilio del difunto gobernador. En un escritorio le encontraron dos provisiones de la Audiencia de Méjico, en las que se determinaba quién había de sucederle en su cargo cuando muriera. Para ese caso se llamaba por capitán general, en primer término, a Mateo del Sanz, y en segundo término, al vizcaíno Guido de Lavezaris, tesorero de la Hacienda Real; y como el maestre había pasado a mejor vida, se confirió la investidura a Lavezaris, hombre viejo, discreto y de buenas intenciones.
El nuevo gobernador ordenó al factor que, sin pérdida de tiempo, buscase a Raxa Solimán, a Lacandola y a los demás caciques para agasajarlos y porque recelaba intentasen alguna alteración.
Al día siguiente, 21 de agosto, se le enterró a Legazpi, con militar y magnífica solemnidad, en el convento de San Agustín, en una capilla del presbiterio, habiéndose colocado sobre su sepulcro un estandarte y una bandera.