1513. En ocasion de hallarse predicando de ceniza Fr. Luis Collado, guardian de S. Francisco, y celebrando la Misa el arcediano de Pedroche, invadió el pueblo la catedral clamando que se iban de la ciudad los frailes predicadores del convento de S. Pablo. Suspendió el orador su sermon para pedir al cabildo, al provisor del obispo y á todos los presentes, que saliesen á remediar aquel escándalo, y muchos prebendados fueron con el provisor á contener á los religiosos. Ibanse estos en efecto con sus talegas y báculos, precedidos de un religioso con la cruz cubierta de negro, cantando el salmo In exitu Israel; y era el motivo que el corregidor Hernan Duque de Estrada, llevado de la ojeriza y mala voluntad que les tenia, por haber castigado con demasiado rigor á un sobrino suyo fraile de la misma órden, habia mandado no se les vendiesen los comestibles necesarios: de manera que sitiados por hambre los buenos frailes no tenian mas arbitrio que abandonar la ciudad. Consiguieron detenerlos en el campo de la Verdad, y luego por mediacion de personas piadosas y prudentes se logró que volviesen á Córdoba y que el corregidor cesase en su tema.
1515. Habiendo querido visitar el obispo el hospital de S. Sebastian y el santuario de la Fuensanta, se opuso el cabildo como patrono y fundador. Insistió el obispo y llevo á cabo su propósito, y en señal de haberlos visitado se llevó un cáliz de S. Sebastian y una lámpara del santuario. El cabildo apeló y se quejó al Papa, y en agosto de 1519 obtuvo sentencia favorable.
En 19 de marzo se presentó en cabildo la Bula de Leon X concediendo al rey D. Fernando la gracia de la Cruzada para que mantuviese las plazas tomadas en Africa é hiciese al turco la guerra que intentaba. El cabildo la celebró mucho y mandó que el dia 21, fiesta de S. Benito, se trajese en procesion la Bula desde el Salvador por los beneficiados y religiosos de S. Pablo, S. Francisco, Trinidad, S. Agustin, Merced, y S. Acisclo y Victoria; y que el cabildo saliese á la puerta del Perdon á recibirla; pero que si no venian las seis religiones en la procesion, solo saliese hasta el arco que dá al patio de los Naranjos.
1516. Murió á 23 de enero el rey D. Fernando el Católico en Madrigalejo, y dejó mandado se le sepultase en Granada. Al pasar su cadáver por Córdoba, salieron a recibirle el obispo, el cabildo, las religiones, la ciudad y los caballeros con todo el pueblo, y el marqués de Priego, conde de Cabra, y otros grandes señores, le condujeron en hombros hasta la catedral, donde se celebraron suntuosas exequias.
En este mismo año murió el obispo, volviendo de acompañar el cadáver del rey á Granada. Se le sepultó al lado izquierdo del sepulcro de D. Iñigo Manrique en el coro viejo. Dejó á la iglesia su pontifical y su librería, que era muy numerosa y selecta, especialmente en manuscritos. Tambien dejó algunos legados para la obra de la iglesia, y así se ven en algunas partes del templo las armas de este prelado.
Nombrado y consagrado sucesor en el obispado D. Alonso Manrique, tomó en su-nombre posesion el licenciado Pedro de Buezo en 9 de diciembre. Hallábase D. Alonso en Flandes acompañando al príncipe D. Cárlos con grande estimacion, y en su corte se mantuvo hasta la muerte del rey D. Fernando, siendo él quien dijo la Misa en Bruselas en las exequias que se le hicieron, y quien bendijo el estoque real cuando D. Cárlos fué aclamado por rey con su madre D.ª Juana en la misma ciudad.
1517. Llegó el obispo D. Alonso á España, y el rey le mandó llevar á Portugal á su hermana la infanta D.ª Leonor, que casó con el rey D. Manuel, en cuya corte permaneció el prelado como embajador hasta fin de 1518.
1518. El dia del Corpus de este año salió por primera vez en la procesion la custodia que hemos descrito arriba.
Por este tiempo se habia introducido un nuevo género de resigna de las prebendas y beneficios, con reserva de todos los frutos, asiento, voz y nombre ad vitam resignantis: y así solamente gozaba el resignatario del derecho de suceder. Pero en este año, á 7 de setiembre, Francisco de Simancas, de edad de 8 años, presentó en cabildo unas Bulas en que mandaba el Papa darle la posesion del arcedianato de Córdoba y de una racion que habia resignado en él su tio D. Francisco de Simancas con las mismas reservas; pero que, consintiendo su tio, pudiese asistir al coro y cabildo y llamarse arcediano: en lo que luego al punto consintió el arcediano viejo. Así en realidad vino á ser este niño el primer coadjutor que hubo en la iglesia, y de 8 años tuvo voto en cabildo con las demas preeminencias y honores. Tanta era la facilidad de conceder Bulas y despachos en la curia romana, que era raro el prebendado que no padecia molestias sobre su prebenda.
1519. El 22 de enero por la tarde entró en Córdoba el obispo D. Alonso y se dirigió en derechura á la iglesia, donde fué recibido con todas las cruces á la puerta del Perdon, y despues de haber jurado guardar los Estatutos y costumbres de la misma, fué conducido cantando el Te-Deum á la capilla mayor, donde oró y dió a todos la bendicion. Se retiró á su palacio ya de noche, y el cabildo le hizo un gran regalo de aves, jamones y cabritos, al estilo de aquel tiempo. A 27 del mismo mes volvió al cabildo á dar las gracias y razon de su venida, y habló muy copioso, y bien dicho, con mucho halago.