1504. En 20 de diciembre recibió el cabildo una carta firmada por los magníficos Sres. D. Pedro de Córdoba, marqués de Priego, D. Diego Fernandez de Córdoba, conde de Cabra, D. Diego Fernandez de Córdoba, alcaide de los Donceles, y D. Alonso Fernandez, señor de la casa de Alcaudete, pidiendo gozar de las prerogativas que gozaban todos los descendientes de la Cepa de Córdoba, asi en el tañer de las campanas como en lo demas. El cabildo determinó hacer la gracia, y que se diese fé y testimonio de esto á los referidos caballeros; y asi desde entonces empezaron á gozar las mismas prerogativas los que eran de la Cepa aunque no fuesen Córdobas por varonía.
1505. A 27 de enero tomó posesion del obispado por medio de procurador D. Juan Daza.
En la iglesia hacia tiempo se trataba de crear un arcedianato de Palma, y Julio II habia concedido Bula para establecerle; pero nombró S. S. por arcediano á un hijo del consejero Zapata, y el cabildo no quiso dar cumplimiento á las Bulas que presentó. El arcedianato no llegó á erigirse.
El arcediano de Castro se hallaba en la Inquisicion como convicto del crimen de heregía. Esta infeccion, dice Gomez Bravo, se halla estendida á las iglesias mas ilustres de España, y así la padeció tambien la de Córdoba; pero en cambio tenia en su seno hombres sobresalientes que le daban superior lustre y honra. Tales eran el cardenal de S. Clemente, el cardenal de Sta. Sabina, y el de Sta. Cruz, D. Pedro Ponce de Leon, el arcediano de Pedroche, D. Francisco de Mendoza, obispo de Oviedo, y otros.
Hacia cinco años que era inquisidor en Córdoba el licenciado Diego Rodriguez Lucero, maestrescuela de Almeria, el cual para acreditarse de celoso ministro de la fé, y mas principalmente aun para saciar su monstruosa sed de sangre y su desapoderada ambicion, de tal manera afligió con sus calumniosas imputaciones y tiránicas sentencias á la gente principal de la ciudad, sin distincion de clases, edades ni sexos, y sin respeto á dignidades eclesiásticas y seculares, que fué menester que el cabildo y la ciudad unidos clamasen contra sus bárbaros atropellos pidiendo justicia á S. S. y proteccion á los reyes, príncipes, grandes, iglesias y prelados.
A su tiempo publicaremos el estracto de las curiosas piezas relativas á los atentados y ruidoso proceso de Lucero, felizmente terminado con la prision de este malvado y con la declaracion de la católica y general Congregacion que se juntó en Burgos para este objeto, formulada á 9 de julio de 1508.
1507. El monasterio de los Mártires debia pagar al cabildo 200 mrs. por una casa de que se habia incorporado, y otros 200 por la procesion del dia 17 de noviembre. Ya venia de antiguo la costumbre de dar en prenda un cáliz ó casulla, y en este año á 13 de noviembre el reverendo obispo abad de los Santos Mártires presentó el vestimento para la limosna de los 400 mrs. de la ida de la procesion. Pero el cabildo perdonó los mrs. y mandó volver la prenda, como acostumbraba, por la pobreza del monasterio.
1510. Murió á 21 de mayo el obispo D. Juan Daza, y fué enterrado en el coro viejo al lado de D. Iñigo Manrique. Sucedió á D. Juan Daza D. Martin Fernandez de Angulo, á cuyos procuradores dió posesion del obispado el cabildo con presencia de las Bulas en 4 de diciembre con la solemnidad acostumbrada. Era docto, virtuoso y laboriosísimo, y dice Cristóbal de Santisteban en el libro Mar de historias que le dedicó, que los dias del obispo parecian mas largos que las noches de Noruega, segun las cosas que hacia y despachaba. En su tiempo se empezó la magnífica Custodia vieja de la catedral, obra del ingenioso platero Enrique de Arfe, que merece describirse detalladamente por no constarnos se haya descrito jamás. Su planta es un duodecágono regular, de un pié cada lado, sostenido en ruedecillas interiores. Sobre el platillo de doce lados de la planta, en cuyas esquinas hay lindas cabecitas de serafines, se levanta un cuerpo de tres zonas: la primera, de ángulos entrantes y salientes, deja francos seis de los lados del duodecágono para la colocacion de las asas ó agarraderos por donde se sostiene la custodia. Esta primera zona viene á formar un zócalo de seis estribos, en cuyas caras estan representadas escenas alegóricas, alternando en andanas de graciosos relieves danzas grotescas y pastoriles con pasos de la Biblia relativos á la conduccion del tabernáculo. Remata esta zona con una preciosa crestería dorada. En los bajo-relieves mencionados alternan la plata y el oro. Segunda zona: fórmanla un zocalito pequeño, luego una cenefa de hojas y figuritas, luego una crestería dorada, despues otra cenefa mas ancha de hojas sutiles, de plata mate con figuras doradas. Esta segunda zona va en disminucion, y sostiene la tercera, que se compone de los cuerpos siguientes. Tercera zona: basa saliente, que sirve de cornisa á la cenefa de la zona inferior. Esta basa está adornada de crestería dorada. Sobre ella sube un cuerpo de doce lados, siguiendo la misma disposicion de ángulos entrantes y salientes de las zonas inferiores. Este cuerpo presenta en cada espacio entrante tres compartimentos, y en cada cara saliente tiene frontera una torrecilla ó estribo, que arranca de la base de esta tercera zona sobre una linda repisa de cenefa dorada. Ofrece pues el cuerpo que vamos describiendo seis caras salientes detrás de las seis torres ó estribos, y seis espacios de á tres compartimentos francos á la vista. En estos compartimentos, divididos uno de otro por pequeños estribos con sus delicadas agujitas, hay otros tantos espacios rehundidos, de una pulgada de profundidad, en que se representan de alto relieve escenas de la vida y pasion de N. S. Jesucristo, en figuras de dos pulgadas, primorosamente trabajadas. Son estas escenas diez y ocho. Sobre este cuerpo hay una cornisa saliente, adornada por la parte inferior con una cenefa de plata mate. Es de notar, que á medida que el todo va disminuyendo desde la primera zona de la custodia, los espacios entrantes van proporcionalmente ensanchando: manera artificiosa de conseguir que campee el cuerpo interior y principal sobre que se levanta el viril. Forma este cuerpo principal un machon cilíndrico de cristal (en que se contiene el SSmo.) que descansa en una basa tambien cilíndrica, cuya parte inferior reviste una ancha cenefa exagonal, en disminucion, formada de sutiles hojas y figuras por el estilo de las cenefas inferiores. Del machon trasparente en que se encierra el viril sale en forma de rotonda, y como derramándose á modo de penacho circular, la bóveda gótica, que recae en las torrecillas que ocupan los espacios salientes de la planta de este cuerpo principal. Estas torrecillas estan en la misma disposicion y lados que las otras que vimos arrancar de la base de la zona tercera del primer cuerpo, y se hallan entre sí unidas con sutiles arbotantes que rematan en figurillas. La bóveda circular que asegura el cuerpo cilíndrico del viril, y que recuerda desde luego la de la rotonda que dedicó Constantino como capilla fúnebre á su hija Sta. Constanza, sostiene otras torrecillas mas delgadas, que alternan con las inferiores, y en vez de levantarse en los lados salientes se elevan en los entrantes y sostienen otra bóveda, plana y calada, bajo la cual se cobija una graciosa estatuita de N.ª S.ª en su Asuncion. Sobre esta bóveda se levanta una especie de domo calado, formado por un vistoso conjunto de agujas y arbotantes de segmentos de círculo que entre sí las unen por la parte superior, y sobre el domo descuella una corona terminada en una estatuita del Salvador triunfante con la cruz. Las dos bóvedas ó baldaquinos, la que gira en torno del machon del viril, y la otra superior que cobija la imágen de N.ª S.ª, estan en la parte esterior disfrazadas con elegantes arcos conopiales, con sus grumos y preciosa crestería. Y las torrecillas que suben de los cuerpos bajo y principal estan cuajadas de estatuitas sobre sus lindas repisas y bajo caladas marquesinas. Alternan en esta bellísima pieza el oro, la plata bruñida y la plata mate, y parece al sol una maravillosa cristalizacion de sal gema, brillantes y oro. Pesa 532 marcos de plata, y para ella contribuyó con 100 marcos el arcediano de Córdoba D. Francisco de Simancas. Desgraciadamente no se mantiene hoy en su primitiva pureza de estilo esta joya artística, porque se renovó siendo gobernador del obispado D. Pedro de Salazar y Góngora en el año 1735, y entonces sin duda alguna se le añadieron algunas piezas de mal gusto que es lástima la desfiguren. No se terminó esta obra en vida de D. Martin Fernandez de Angulo, pero dejó este piadoso prelado en su testamento, otorgado á 20 de junio de 1516 (que existe en el Archivo, caj. I, núm. 133, legajo 5), 500 ducados para que se acabase.
En el Archivo (Caj. M, leg. 9, núm. 230) se contiene un instrumento curioso sobre cierto lance ocurrido entre el cabildo y los religiosos del convento de S. Pablo del órden de Sto. Domingo. «En 31 de octubre de 1510 el cabildo de esta santa iglesia celebró capítulo espresando que despues de muchas honras, así espirituales como temporales que habia hecho á los priores y religiosos del convento de S. Pablo, ingratos y desconocidos á dichos beneficios, habian tenido atrevimiento de procurar con todas sus fuerzas en los tiempos pasados y presentes algunas ofensas en menosprecio de dicho cabildo y su prelado sin tener para ello razon ni justicia; y especialmente contra el Illmo. Sr. D. Juan Daza, obispo de esta santa iglesia, ejerciendo su oficio pastoral en la villa de D.ª Mencia de esta diócesis, donde la iglesia parroquial está inclusa en un monasterio de la órden. Queriendo visitar el Sagrario y las otras cosas conforme á un proceso y sentencia determinada por el Sr. D. Iñigo Manrique, obispo que asímismo fué desta ciudad, en menosprecio de su dignidad procedieron por censuras, hasta querer poner entredicho no solo en las iglesias, sino tambien por las plazas, y despues porque el procurador del cabildo pidió los diezmos á Maria y Catalina Ortiz, beatas, que se decian de la dicha órden ser terceras, el prior y los religiosos de ella las defendian por usurpar los diezmos. Siguieron las referidas censuras con invocacion del brazo seglar contra el cabildo, y viendo no poderlo conseguir se quejaron de él ante S. M., quien declaró por nulas dichas sentencias. Y lo peor era que los citados religiosos decian no eran obligados á guardar los entredichos que esta iglesia matriz conserva y guarda, en cuyo menosprecio admitian los descomulgados que ella repelia, á la suya y á los divinos oficios, por lo que, y para que no fuese adelante su osadía, deliberó el cabildo que sus capitulares se apartasen de la conversacion y trato con dichos religiosos, y que la procesion general que el cabildo hacia el dia 1.º de las letanías en S. Pablo, se hiciese de allí adelante en la iglesia de S. Pedro; ni menos vaya el cabildo en procesion á dicho convento ni á sus religiosos se les encomiende sermon alguno así de tabla como de otros. Lo que se guardase en todo tiempo.»
1512. Habiendo ofrecido el chantre D. Pedro Ponce de Leon 10000 ladrillos y 600 cahices de cal para la fábrica del nuevo hospital de S. Sebastian, con otras rentas vitalicias que gozaba, resolvió el cabildo á 13 de febrero que se hiciese dicha fábrica nueva, y nombró al referido chantre para cuidar de ella: lo que se hizo con gran magnificencia.