1486. En este año tomó posesion del obispado de Córdoba D. Iñigo Manrique, confirmado por Inocencio VIII despues de ciertas tentativas que hizo para recuperar la facultad de nombrar de que su antecesor habia hecho renuncia.
1488. A 15 de julio entraron en Córdoba los reyes de vuelta de la campaña contra los moros, y D. Iñigo recibió al rey con su cabildo en la catedral, donde fué á dar gracias al Todopoderoso por la conquista de Loja, Illora, Moclin y otros lugares. Así que la reina, que se hallaba en Córdoba, recibió la noticia de la toma de Loja, fué al templo con el mismo piadoso objeto, y allí se formó una solemne procesion á la iglesia de Santiago, patron de España, asistiendo la reina con la infanta D.ª Isabel hasta volver á la catedral y finalizar la funcion.
Este obispo D. Iñigo hizo imprimir en Venecia el año 89 el Breviario y Misal de la iglesia de Córdoba.
1494. Se celebró concordia entre el cabildo y D. Alonso de Aguilar sobre las diferencias habidas por causa de los diezmos de Aguilar y Montilla con sus aldeas y términos.
En este mismo año nombraron los reyes al obispo Manrique presidente de la chancillería establecida en Ciudad Real. Hallándose en Madrid, llamado para este fin, mandó publicar en su obispado una Constitucion sobre el hábito y tonsura de los ordenados de corona para gozar del privilegio clerical conforme á la Bula de Alejandro VI. Hizo igualmente recoger en un volúmen las Constituciones y Ordenanzas de sus antecesores.
Tambien en este año concedió S. S. á peticion de los reyes católicos las facultades propias del inquisidor general á varios obispos, y entre ellos al de Córdoba, por estimar conveniente dar á Torquemada coadjutores.
1496. Murió el obispo D. Iñigo Manrique á 1.º de marzo en Ciudad Real. Su cuerpo fué traido á Córdoba y sepultado en el coro viejo, donde tiene este epitafio: Illmus. ac reverendissimus D. D. Enecus Manrique almæ hujus Ecclesiæ Cordubensis Pontifex hic jacet: hujus memoria in benedictione est. Obijt anno suæ statis XLII in civitate regia primus presidens Kal. Martij anno Domini CCCC nonagessimo VI supra mille... Lector dic ave.
En 29 de diciembre tomó posesion del obispado su sucesor D. Francisco Sanchez de la Fuente, hombre docto y virtuoso, y hábil diplomático, á quien se debió la restitucion del Rosellon á la corona de España. Poco gozó la iglesia de Córdoba de este gran prelado, pues murió dos años despues; y se refiere que al recibir la reina católica la noticia de su muerte no pudo contener las lágrimas.
1497. A 12 de octubre tomó posesion el nuevo obispo D. Juan Rodriguez Fonseca, muy empleado por los reyes católicos en servicio del Estado, y á quien el Dr. D. Fr. Antonio de Guevara escribia (carta 39): dicen de vos, que sois muy macizo cristiano y muy desabrido obispo. De sus empleos y embajadas hacen mencion todos los historiadores de este tiempo.
1501. Murió desastradamente, aunque como héroe, en Sierra Bermeja, el animoso é inquieto D. Alonso de Aguilar el día mismo (18 de marzo) en que su hermano el gran capitan D. Gonzalo Fernandez de Córdoba triunfaba en Nápoles. Habiéndose rebelado los moros de Granada, y queriendo socorrer á unos cristianos, se metió en unas angosturas de aquella Sierra, donde le cogió la noche con muy escasa gente. Acometiéronle los enemigos por todas partes, y por no volver la espalda con desdoro de su gloria militar, murió batallando, recibiendo tantas heridas que quedó su cuerpo todo desfigurado. Asi pereció cual otro Judas Macabeo este antiguo émulo de ambos poderes eclesiástico y real, espiando noblemente en la guerra contra los infieles los pasados estravios de su ambicion.