1467. Murió por estos años D. Fernando Ruiz de Aguayo, cuya memoria es muy venerada por su gran piedad y por las fundaciones magníficas que hizo. Dotó en la capilla de S. Acacio, fundacion de su tio el obispo D. Fernando Deza, seis capellanías, de mas de 600 ducados de renta cada una, y dos sacristías, cada una de mas de 100 ducados. En la capilla de S. Pedro dotó doce memorias por D.ª Leonor de Bocanegra, su prima, y tambien dejó dotacion para que en el Sagrario ardiese un cirio continuamente; y á fin de que en la procesion de las vísperas y fiesta de las Once mil Vírgenes se llevase la cabeza de Sta. Ursula, dejó para distribucion 50 maravedís de moneda blanca. Eran por este tiempo muy usadas las resignas y permutas aun en beneficios desiguales: así este prebendado fué primero canónigo, luego racionero, y por último beneficiado de Hornachuelos, conservando la chantría.
1471. En agosto de este año se acabó el altar que hizo á S. Leandro y S. Isidoro el racionero Juan Garcia de Henares.
1475. A 7 de agosto se dió posesion de la dignidad de maestrescuela al cardenal de Sto. Angelo, que ya era canónigo, y en 20 de setiembre tomó posesion de un canonicato, en nombre y como procurador de Pedro Martinez de Osma, maestro en artes y sagrada teología, el dean D. Lope de Sandoval. No hacia ocho años que D. Lope de Sandoval, siendo chantre, habia tomado posesion de su canonicato á mano armada, y ahora era ya dean. ¿Se tratará quizás de dos prebendados del mismo nombre?
Pedro Martinez de Osma era catedrático muy afamado de la universidad de Salamanca, y el papa Sixto IV, movido de su gran sabiduría y virtud, le habia dado aquel canonicato. Tuvo insignes discípulos, pero enseñó algunos errores en el tratado de Penitencia. Por comision de S. S. el arzobispo de Toledo D. Alonso Carrillo juntó en Alcalá de Henares cincuenta y dos doctores para examinar las proposiciones que se le censuraban, y habiéndose condenado nueve por heréticas, el doctor Osma se retractó de ellas dócilmente, celebrando todos su humilde y modesto rendimiento, que le hizo mas glorioso que habia sido antes por su sabiduría.
1477. Los Reyes Católicos habian dado comision al conde de Cabra para que ajustase treguas con el rey de Granada, nombrándole al mismo tiempo capitan general del reino de Córdoba. Fué esto muy sensible á D. Alonso de Aguilar, y estimulado de la emulacion, ó del enojo que al granadino tenia desde que en 1470 habia concedido al mariscal el seguro de Granada para el desafío pendiente entre ambos, le salteó el reino talándole los campos y haciéndole cuanto daño pudo. Volviendo de su incursion contra los moros, pasó por el estado del conde, y le hizo tambien gravísimos daños, con que enconadas mas las antiguas enemistades, se convirtió la tierra en teatro de robos y homicidios. Al saber estos daños y alborotos, mandó la reina á Córdoba por corregidor á Diego de Merlo para que apaciguase á aquellos señores y solicitase de D. Alonso la satisfaccion de sus agravios. Consiguió con su buen carácter y mejor maña que este le entregase á Montarque por prenda, hasta satisfacer al conde de Cabra, y luego empezó á castigar á los delincuentes. Llevaba un dia el alcalde mayor dos homicidas presos, y de acuerdo de D. Alonso y algunos caballeros salieron otros á quitárselos. El alcalde se defendió, y fué herido. Noticioso Merlo de lo que sucedia á su alcalde, clamando «favor al rey y á la justicia,» se metió con algunos ministros en el tumulto; pero concurrió tanta gente en defensa de los reos, que para salvar la vida tuvo que refugiarse en S. Lorenzo cerrando las puertas. Vino D. Alonso á los ecos del tumulto, y viendo que los refugiados no querian abrir las puertas de la iglesia, solicitó que la turba popular las quebrantase. Rehusaron los tumultuados cometer semejante sacrilegio, pero D. Alonso mandó llamar á setenta de sus esclavos que las hicieron pedazos, sacando á Merlo, á quien envió el magnate á su castillo de Aguilar. La reina noticiosa del caso, disimuló prudente, y se contentó con hacer que D. Alonso pusiese á Merlo en libertad; pero ya el altivo señor no volvió á predominar en Córdoba. Estos hechos, aunque estraños á la historia de la catedral, son interesantes como complemento de las memorias de los años 1465 y siguientes.
1478. Tomó posesion del obispado D. fray Alonso de Burgos, confesor de la reina católica D.ª Isabel, electo á 12 de noviembre de 76. Pasó todo el año 77 acompañando á la reina en Estremadura para reducir á su servicio las ciudades y villas declaradas á favor de D.ª Juana.
A fines de octubre de 1478 entraron en Córdoba los reyes D. Fernando y D.ª Isabel, con singular gozo y festivas aclamaciones de los ciudadanos. Con su venida cesó la tirania de D. Alonso de Aguilar, á quien mandaron entregase los alcázares, la Carrahola y demas fortalezas, y todos los propios que tenia usurpados. Hiciéronse pesquisas de malhechores y homicidas, hubo castigos merecidos, y se puso en quietud y seguridad la provincia. A D. Alonso se le mandó salir de la ciudad.
1482. Habiéndose recibido en el año anterior la Bula del papa Sixto IV para establecer en España el Tribunal de la Inquisicion, el obispo D. fray Alonso que deseaba ardientemente verlo instituido en Córdoba, por el sumo cuidado en que le tenian los conversos, que á título de cristianos gozaban de dignidades, beneficios y empleos con el poder consiguiente á estas categorias, de importancia en aquellos tiempos, instó mucho á los reyes para conseguirlo, y en 1482 ya estaba establecido y formado. Fueron los primeros prebendados inquisidores el Dr. Pedro Martin del Barrio, canónigo y vicario del obispo, el bachiller Alvar Gonzalez de Capillas, canónigo, y el bachiller Anton Ruiz de Morales, canónigo y despues chantre; agregándose á estos el P. Fr. Martin Caro, guardian del convento de S. Francisco.
En este mismo año, usando por la primera vez los reyes de España del derecho de nombrar obispos y presentarlos al Papa para su confirmacion, segun acababa de ajustarse con Roma con motivo de la repulsa que sufrió de parte del rey católico el cardenal Riario, sobrino del papa Sixto, nombrado por S. S. obispo de Cuenca (pues hasta entonces habian tenido y practicado las iglesias de España el derecho de elegir sus prelados), nombraron los reyes católicos á D. Fr. Alonso de Burgos para el obispado vacante de Cuenca, y para el obispado de Córdoba á D. Tello de Buendia, varon insigne en virtud y letras, que prestó grandes servicios á la Iglesia y al Estado, y reconcilió con los reyes al indómito arzobispo de Toledo D. Alonso Carrillo. Esta nominacion de los reyes se hacia por peticion ó súplica, hasta que Adriano VI concedió al emperador Carlos V la facultad de nombrar los obispos. Ad regias preces dabat Papa Episcopos.
1485. Al año de tomar posesion del obispado D. Tello de Buendia, falleció, y fué sepultado en el quinto nicho del sepulcro de los cinco obispos que fabricó D. Leopoldo de Austria.