1696. Hizo el cabildo rogativas por el restablecimiento de la salud del rey.
1698. Celebráronse nuevas rogativas por causa da la gran sequía que afligia á la provincia, con fiestas á Nuestra Señora de Villaviciosa. Desde este tiempo ha permanecido la milagrosa imágen en la catedral.
1700. Murió Cárlos II, y su sucesor D. Felipe V fué aclamado en Córdoba á 3 de diciembre. El cardenal Salazar acompañado del cabildo, recibió á la ciudad y bendijo el estandarte real. Debia hacerse la proclamacion en la torre del Homenage como era costumbre; pero por haber puesto el Tribunal de la Inquisicion dosel en el Campo Santo, contra el uso de ponerlo en las funciones celebradas con aparato de real representacion, tuvo lugar aquel acto en la Plaza de la Corredera. Este suceso pareció tan mal en la corte, que el inquisidor fué desterrado de los dominios de España.
1701. Pidió Felipe V un donativo para socorrer á Ceuta, sitiada por el rey de Mequinez, y obtuvo del cabildo 1000 pesos escudos.
1702. A peticion del cardenal Salazar fué declarado en Roma S. Januario patrono menos principal de España, pero se suspendió este asunto por intervencion de la iglesia de Santiago.
En este año imploró el cabildo con rogativas el socorro divino contra el desembarco de los ingleses en Andalucía, y ofreció donativos á la reina gobernadora para repelerlos: lo que tuvo feliz resultado con la cooperacion de todas las personas notables de la provincia.
1704. Se hicieron rogativas para el feliz suceso de la campaña de Portugal; mas para el objeto de recuperar á Gibraltar perdido hubo que auxiliar al rey, y el cabildo de Córdoba le ofreció 800 fanegas de trigo.
1705. Favoreció la fortuna á los ingleses, y fué menester levantar el sitio de Gibraltar constituyéndose en la defensiva. Los enemigos interceptaron la comunicacion entre Andalucía y Castilla, y á propuesta del marqués de Villadarias, capitan general de las Costas, que pidió gente y caudales para defenderlas, tuvieron que aprontar recursos el cardenal, el cabildo y la ciudad. Al cabildo le correspondió dar 4000 ducados. Estas grandes turbaciones agravaron los habituales achaques del cardenal y le ocasionaron la muerte.
1706. Con la feliz victoria de Almansa y el nacimiento de un príncipe real, recobró el reino la esperanza de alcanzar dias mas bonancibles. La iglesia de Córdoba celebró repetidas fiestas de accion de gracias en la catedral y en el célebre santuario de la Fuen-Santa.
Por las grandes urgencias de la guerra pidió el rey un anticipo de dos millones de escudos al estado eclesiástico á cuenta del subsidio y escusado, y el obispo Bonilla sin esperar la aprobacion de S. S. facilitó los 778449 reales que correspondian á la iglesia de Córdoba.