1708. Volvió á pedir el rey un nuevo subsidio, y el cabildo ofreció 150 doblones. Desagradaron en Roma el anticipo y el donativo, y les negó el Papa su aprobacion; pero al propio tiempo concedió al rey católico un donativo honesto, con lo cual se agravó la dificultad. Por parte de las iglesias catedrales del reino se recurrió á la sagrada congregacion de inmunidad: en vista de su declaracion, el rey y los ministros instaron á los cabildos para que sostuviesen su prerogativa de dar ellos el consentimiento. Nada se decidió sin embargo.
1709. A 2 de julio prohibió Felipe V todo comercio con la corte de Roma por causa del referido altercado.
En este año se trajo en procesion á la catedral una reliquia de S. Zoilo á 17 de junio. El obispo mandó hacer para ella un relicario de gran riqueza. Se mantuvo en la catedral hasta el 14 de abril de 1714, en que se llevó á la iglesia de S. Miguel.
Hubo en este año algunos dias de luto en los cuales se consideró perdido el reino con los grandes progresos que volvió á hacer el enemigo. Entonces todas las provincias acudieron al rey con donativos, y entre el cabildo de Córdoba y su obispo le dieron 1000 fanegas de trigo y gran cantidad de dinero. A 10 de diciembre consiguieron las armas reales la famosa victoria de Viruega, que mudó el semblante de la guerra y aseguró á Felipe V la corona.
1710. Se hicieron obras de consideracion en la capilla de Villaviciosa: se hizo altar á Sto. Tomás, otro nuevo á S. Fernando, y se renovó completamente el principal de Nuestra Señora.
1711. Mientras se hacia esta última obra fueron robadas en la noche del 3 al 4 de marzo todas las alhajas de la sagrada imágen de Villaviciosa, que estaba provisionalmente depositada en la capilla de S. Pablo. Le quitaron un rico pectoral de esmeraldas, otra joya de la misma piedra, y un gran clavo de perlas. Además se llevaron otros objetos preciosos de la capilla y cinco lámparas de plata. El obispo Bonilla cedió á la santa imágen otro pectoral de esmeraldas que casualmente tenia, y otros devotos le ofrecieron dos lámparas de plata.
1712. Deseoso de hacer los últimos esfuerzos para asegurar una paz ventajosa, resolvió el rey levantar un ejército muy poderoso, á cuyo fin en 26 de abril escribió al cabildo que le auxiliase con lo que fuese de su agrado. En esta ocasion la iglesia de Córdoba sirvió á S. M. con 800 fanegas de trigo.
A 20 de julio dió al cabildo el canónigo Cruz y Jimena una preciosa estátua de plata de Santiago, patron de España, á caballo. El cabildo mandó que todos los años se pusiese en el altar mayor en la festividad del glorioso apóstol desde la víspera.
1713. El pintor D. Antonio Palomino, natural de Córdoba, ejecutó los lienzos de la Asuncion y de los mártires del retablo de la capilla mayor, y los de la sacristía que hizo el cardenal Salazar. Empezó en Córdoba, y los acabó en Madrid.
En este año se empezó la custodia nueva para esponer el Santísimo en las octavas del Corpus y Concepcion.