Sabido es que por bula dada por Alejandro VI se habían concedido los diezmos de Indias á los Reyes de Castilla; pero fué siempre tan grande el amor á la religión el que nuestros Monarcas sintieron, que casi siempre se limitaron á cobrar de los dichos diezmos la novena parte, lo mismo que en la Península, y aun á veces las dos novenas partes, reservando lo restante para dotación de las nuevas iglesias que erigían en los nuevos Estados. Á esto se refiere una Real cédula dada en la misma fecha que la anterior, y en la que se dispone que cobren los oficiales reales de la provincia de Tierra Firme las dos novenas partes de los diezmos de aquella provincia que el Monarca se había reservado. Una vez más se repite, por provisión dada en la misma fecha, la prohibición de pasar á las Indias hijos ni nietos de quemados, ni reconciliados de judío ni moro, ni ninguno de éstos nuevamente convertido; disposición que prueba una vez más el celo especialísimo de nuestros Reyes por nuestra sacrosanta religión. En 8 de Noviembre se dió una Real provisión mandando que los que tuviesen indios encomendados estaban obligados á casarse dentro del plazo de tres años, á menos de tener para ello justo impedimento, con lo cual se pretendía que fijasen su residencia en los nuevos Estados los pobladores españoles. Una Real cédula dirigida al Obispo de Tierra Firme, Fr. Tomás de Verlanga, en la misma fecha, dispone que, en vista de que en su diócesis hay muchos indios libres naturales del Perú que permanecen en ella por no tener libertad para volver á su patria, no se les ponga impedimento para hacerlo á los que así lo quisieren. En 20 de Noviembre se dirigió Real provisión al Gobernador de la provincia de Nueva Castilla, llamada Perú, para que obligase á los encomenderos, en los terrenos que les fuesen concedidos, á plantar la cantidad de sauces ú otros árboles que correspondiera, según la calidad y disposición de las tierras. En la Real cédula que en 20 de Diciembre se expidió mándase á los oficiales reales del Perú que cobren almojarifazgo por el mayor valor que alcanzaran las mercancías que pasaban de la provincia de Tierra Firme á la del Perú.
La primera Ordenanza de 1540 está dada en 25 de Febrero, y tiene por objeto mandar que en la isla Española no corra el oro más que por los quilates que tuviere. En 15 de Abril del mismo año, y en cédula dirigida á los oidores de Tierra Firme, se les dice que no se entremetan en la elección de alcaldes ordinarios; y de la misma fecha es otra Real cédula por la que se manda que no se ejecute en los negros, cuando se alcen, la pena de cortarles los miembros genitales, bárbara mutilación que sólo se ejecutaba en estos desgraciados seres, los que, no obstante ésto, con el tiempo fueron objeto de Ordenanzas mucho más humanas que las que otros Gobiernos extranjeros dieron para los países á ellos sometidos. El mismo día, mes y año que las dos anteriores, dióse otra Real cédula, en que se manda á los oficiales reales que tengan en cuenta los desperfectos de las mercancías al valuarlas para exigir el derecho de almojarifazgo, y que no paguen éste las que fueren arrojadas al mar. En 24 de Abril se dirigió Real cédula á la Audiencia y Chancillería de la provincia de Tierra Firme, llamada Castilla del Oro, para que los derechos de las ejecuciones no excedieran del 5 y 2 y medio por 100. Á petición del licenciado Caldera y de Hernando de Ceballos se expidió en la misma fecha otra Real cédula, declarando que la ciudad del Cuzco era la primera entre las ciudades y pueblos del Perú, y que, por tanto, debía tener el primer voto, como lo tenía en el reino de Castilla la ciudad de Burgos; de donde se infiere que el régimen político existente á la sazón en la Península se extendió á los nuevos Estados. Fechada en 10 de Junio, y dirigida al Gobernador de Guatemala, está la Real cédula por la que se prohibe que se traspasen los indios encomendados.
Ya hemos hablado, aunque ligeramente, por exigirlo así la índole de este trabajo, de los sucesos del Perú, á los cuales especialmente se refieren las instrucciones dadas en Madrid á 15 de Junio de 1540, que empiezan en los siguientes términos: «El Rey: Licenciado Cristobal Vaca de Castro, del nuestro consejo, cavallero de la orden de Santiago: aviendo entendido las alteraciones y cosas acaescidas en el nuevo Reyno de Castilla, que es en la provincia del peru, para ser ynformado de la verdad de lo que en ello ha pasado, y hazer justicia á las partes que lo pidieren, y ansi mismo para saber el recabdo y fidelidad que ha avido en nuestra hazienda y patrimonio rreal, y como se han guardado y cumplido las nuestras provisiones que ala dicha provincia avemos mandado enbiar, asi tocantes ala instruccion y conversion y buen tratamiento delos naturales della como para la perpetuidad y noblecimiento y poblacion de las dichas provincias y otras cosas tocantes á nuestro servicio, acordamos de enbiar a ello una persona de confiança, letras y conciencia, y con esta confiança vos nombramos a vos para ello e se vos han dado las provisiones nescesarias como por ellas vereis, yo vos encargo que con aquella diligencia y cuidado que veis que el negocio lo requiere por ser de la ymportancia que es, vos partais á la dicha provincia, y en vuestro viage os deis toda la priesa que pudierdes, y hagais y cumplais lo que por las dichas provisiones y por esta nuestra instruccion se vos comete y manda.»
Como en todas las análogas, ocupa el primer lugar de estas instrucciones lo que se refiere al tratamiento de los indios, no sólo revalidando las disposiciones ya adoptadas en la materia y recordando que los indios son «personas libres, vasallos nuestros», como dice el original, sino autorizando á Vaca de Castro para que ponga en las Ordenanzas que acerca de esto hiciere las penas que le pareciese ser necesarias para la observancia de ellas, las cuales haría ejecutar el tiempo que residiera en dicha provincia con todo rigor. Encárgasele en el segundo párrafo, por comisión especial, que entienda y conozca de lo que pasó en la entrada que hizo el adelantado D. Diego de Almagro en la ciudad del Cuzco, y de la batalla que después hubo entre él y Hernando de Pizarro, cuidando muy especialmente de la pacificación de la provincia. Por el tercero se le mandaba moderar las exacciones de los españoles á los indios que les estaban encomendados, y por el cuarto se le ordenaba que se ratificasen y corrigiesen los repartimientos de Indias. Fundándose en que además del obispado de la ciudad del Cuzco, para que había sido proveído Fr. Vicente de Valverde, se habían erigido las Iglesias de la ciudad de los Reyes, y nombrado para ella á Fr. Jerónimo de Loaysa, y la de San Francisco del Quito, proveída en el bachiller García Díez, se le autorizaba al ya mencionado Vaca de Castro para que fijase los límites de estas tres Iglesias. Por el sexto párrafo se ratifican y se mandan fijar los límites que en la conquista y población del Perú se habían dado al marqués D. Francisco Pizarro, ordenándose en el séptimo párrafo al mismo Vaca de Castro que se informe con toda prudencia cómo y de qué manera ha ejercido el marqués D. Francisco de Pizarro su oficio de Gobernador, y si resultase alguna culpa notable contra él, le haga secretamente cargo de ello por si podía y quería dar su descargo, y que enviase esta información al Consejo de Indias, y asimismo que de las quejas de los particulares contra el nombrado Pizarro entendiese la Audiencia de Panamá, y de lo relativo á sus lugartenientes y oficiales, el propio Vaca de Castro. Encargósele á éste por el octavo párrafo que vea si se han cumplido las instrucciones dadas para el gobierno espiritual y temporal de aquella provincia. En el noveno se dice que se le entregarán las últimas cartas dirigidas al marqués D. Francisco de Pizarro, al obispo del Cuzco, á los oficiales reales y otras personas. Por el décimo se le encarga que ayude y aconseje á Pizarro «en lo que deve hazer en la administracion de la justicia y governacion de la dicha tierra». En el undécimo se le manda que revea las cuentas de los oficiales reales que se habían mandado formar al obispo Fr. Vicente de Valverde, encargándosele además, por el duodécimo párrafo, que examine el procedimiento que ha habido en el cobro del almojarifazgo, consignándose en el décimotercero que haga lo mismo en la cobranza de los tributos y servicios de los indios. Por el décimocuarto adviértesele que proceda de modo análogo en lo relativo á las fundiciones, y en el décimoquinto se le dice que vea si se ha cumplido la prescripción de que hemos dado noticia en un capítulo anterior, por la que se manda que el rescate de los señores ó caciques pertenezca al Rey, previniéndosele además que observe si todo esto se ha hecho por D. Diego de Almagro, Pascual de Andagoya y el capitán Benalcázar, según se hacía constar en las capitulaciones con ellos ajustadas para sus conquistas y poblaciones. El décimosexto es la aplicación de la misma regla á lo que entregasen los caciques que «viniesen de paz». Por el décimoséptimo se manda que Vaca de Castro dé licencia para contratar con los indios á todos los españoles, no exceptuando á la mayor parte de ellos, como lo había hecho el marqués D. Francisco de Pizarro, encargándose al mismo Vaca de Castro, en el párrafo décimooctavo, que determine la manera más conveniente de enviar el oro y plata perteneciente al Fisco. El párrafo décimonoveno encarga que se cumpla lo mandado acerca de que los oficiales «no traten ni contraten por sí ni por ynterpósita persona», mandando que se castigue á los infractores con arreglo á justicia y que paguen los daños hechos á la Hacienda real. Por el vigésimo mándasele que vea cómo han cumplido dichos oficiales las instrucciones que se les habían remitido para el desempeño de sus cargos. El párrafo vigésimoprimero se refiere á la parte que de los despojos de Caxamarca y del Cuzco hubo el marqués Pizarro destinado al Emperador, encargándose á Vaca de Castro que, si no lo hubiese entregado á los oficiales reales, se lo entregue luego y se le remita con toda brevedad. El vigésimosegundo se refiere á los bienes de difuntos, mandando que el remanente de ellos se envíe á la Casa de Contratación de Sevilla. El vigésimotercero encarga á Vaca de Castro que vea los pueblos que convenga asignar á la Corona, mandándosele por el vigésimocuarto que se informe de las casas y tierras que varias personas tienen, de los señores y principales de aquella tierra, y que envíe relación de todo con su parecer. El vigésimoquinto da comision á Vaca de Castro para que se entere del modo con que los obispos y clérigos cumplen con lo prescrito respecto á la conversión y enseñanza de los indios, consignándose en el vigésimosexto que se establezcan los monasterios en los lugares más convenientes. El vigésimoséptimo encarga que se entere si los diezmos se «gastan conforme á las bulas de erección de las Iglesias», y en el vigésimooctavo que dé orden para que se expulsen de la provincia los religiosos y clérigos escandalosos. Indícasele en el párrafo vigésimonoveno el cumplimiento de la provisión de que ya se ha hablado, en virtud de la cual los encomenderos han de casarse dentro del plazo de tres años, han de labrar las tierras que se les hubieran adjudicado y han de plantar en ellas árboles, ocupándose en el trigésimo del cumplimiento de lo mandado para que no se saquen contra su voluntad á los indios de los lugares donde residan. Que se cumpla lo prescrito respecto á las cargas de los indios dice el trigésimoprimero, disponiendo el trigésimosegundo que si fueren libres no se echen á las minas.
En el trigésimotercero se da encargo á Vaca de Castro para que se informe del número de regidores que debe haber en cada pueblo y de las personas que pareciere ser calificadas y estuviesen en disposición de ser proveídos en estos cargos; y en el trigésimocuarto que se manden á cada pueblo de cristianos copias autorizadas de la provisiones y cédulas dadas para la gobernación, las que se han de guardar escritas «en un libro en pública forma en el arca del Cabildo». Que informe lo que de nuevo haya de proveerse dispone el párrafo trigésimoquinto, y en el trigésimosexto que se rectifiquen los repartimientos y tierras del valle de Pachacama, donde está situada la ciudad de los Reyes. El párrafo trigésimoséptimo se refiere al quinto de las esmeraldas, que pertenece al Rey, y á la manera más conveniente de recaudar este tributo. Dícese en el trigésimooctavo que «ay muy grandes escesos en el juego» y que, en virtud de esto, y para procurar remediarlo, á los que tuviesen tal pasión no se les dé indios, y á los que los tuviesen se les quiten, todo lo que hace recordar el suceso de aquel soldado que perdió el sol antes que naciese. Habla el trigésimonoveno de la conservación de las ovejas, y claro está que ha de entenderse de las llamas, animales que, á más de ser utilizables para lo que las ovejas en Castilla, servían para la carga. Que los indios é indias asistan á la iglesia para su instrucción es el contenido del párrafo cuadragésimo, y en el cuadragésimoprimero se manda que los caciques envíen sus hijos á los monasterios con el mismo fin. En el cuadragésimosegundo se encarga á Vaca de Castro que se informe de las tierras, heredades, edificios, etc., etc., que constituían el patrimonio de la religión de los peruanos, y vea dónde, cómo y de qué manera es conveniente aplicar estos bienes á las iglesias. El cuadrigésimotercero recuerda las dos cédulas de que hemos dado noticia para la construcción de casas de piedra, y por el cuadragésimocuarto se manda que en los pueblos se convoque á los caciques y principales para darles á entender que Vaca de Castro llevaba por principal encargo del Rey restablecer la paz. Por el cuadragésimoquinto se le encarga que se cumpla lo mandado para que se hagan con la justificación que se debe las conquistas y guerras, y en el cuadragésimosexto dispónese que se guarden en la navegación del mar del Sur las reglas establecidas para la seguridad de los pasajeros y de las naves. Mándase en el cuadragésimoséptimo á Vaca de Castro que dé informe sobre los repartimientos de tierra que entre sus hermanos y allegados hizo Pizarro después de los primeros alzamientos que allí ocurrieron. El cuadragésimooctavo recuerda que pertenecen al Rey los tesoros que se hallaren, encargando además que se hagan diligencias para descubrir los que aún estén ocultos. Por último, en el párrafo cuadragésimonoveno se pide á Vaca de Castro que informe acerca de la conveniencia de mantener en sus tierras á los indios que «viniesen de paz».
Como es sabido, no bastaron estas minuciosas Ordenanzas para restablecer la paz y normalizar la gobernación de la provincia del Perú y de las adyacentes. Vaca de Castro, objeto de las más graves acusaciones, volvió á la Península y estuvo largos años preso en el castillo de Arévalo, aunque al cabo se le reconoció y declaró su inculpabilidad y se le devolvieron sus honores y puestos, entre ellos el de Consejero de Indias. Fueron necesarias la prudencia y energía del licenciado Gasca para que, años adelante, se lograse establecer la normalidad en aquellas vastas regiones.
Muy importante es la provisión de 18 de Junio de este año, en virtud de la cual se manda que «sy de aqui adelante algund navio portogues o yngles o de otra nacion extrangera destos nuestros Reynos aportare a algund puerto desas dichas provincias e yslas, tomeys por perdidos los tales navios y las mercaderias que en ellos llevaren, aunque sean de nuestros subditos e naturales destos nuestros Reynos e señorios». Es decir, que se declaraba buena presa todos los navíos extranjeros que aportasen algo á las costas de las Indias.
Por Real cédula de 14 de Julio, dirigida á los oidores de Chancillería de la provincia de Tierra Firme, se manda que el oro y plata que se trajera de la provincia del Perú á la de Tierra Firme corran con el ensayo que tuvieren, y si alguna persona lo quisiese tornar á ensayar, ha de ser á su costa, y no á la del dueño del horno. En 7 de Septiembre ordénase de nuevo que no se traiga sin registrar el oro y la plata de las Indias, y que no se venda ni contrate en otros reinos. De 25 de Septiembre es una Real provisión que se expidió para que se pudiera adjudicar á los herederos de los que tienen indios encomendados los que legítimamente hubieran de pertenecer á sus causahabientes cuando se hiciere la reformación de repartimiento que estaba mandada. Y por Real cédula de 7 de Octubre, dirigida al Presidente y Oidores de la Chancillería Real de Santo Domingo, se manda que los vecinos de la isla estén obligados á tener armas y á hacer reseñas y alardes tres veces al año. En 29 de Octubre se mandó al Gobernador del Perú, como ya se había mandado al de Nueva España, que no consintiera ejercer el oficio de escribano á persona alguna sin tener la confirmación de S. M.