En armonía con las instrucciones dadas á Colón para su segundo viaje, se dieron otras á los que con diversos cargos le acompañaban. Por lo que se refería á las materias religiosas, los Reyes escribieron á Fonseca, diciéndole: «No va el memorial que se quedó en facer aquí de las cosas que han de ir en l'armada para decir misa e dar los sacramentos, ni es menester do va Frai Buil e estais vos. Disponed lo que os pareciere, e si fuere menester, que os lo den de las iglesias e monasterios, para lo que va carta del Arzobispo de Sevilla para su provisor, y que Pinelo lo pague muy bien á los monasterios e iglesias que lo dieren.» En los mismos días y en otra carta decían también los Reyes: «A Fonseca que haga asentar en el número de la gente de la Armada á Frai Buil y á otros frailes y clerigos que van con él, que les dé paño para sus vestuarios de que se les hace merced y les mande dar en viaje e allá el mantenimiento que ovieren menester.»

Como antes se ha dicho, Fr. Buil fué investido de facultades especiales conferidas por el Pontífice, y á ellas se refiere la carta que le dirigieron los Reyes en estos términos: «Devoto Frai Buil: Agora vino de Roma la bula que enviamos á demandar, así para lo que á vos toca como para lo que es menester allá en las islas. El traslado della autorizado vos enviamos.»

Las instrucciones dadas á Pisa, que fué en este viaje, para que ejerciese en los nuevos Estados el oficio de Contador conforme con las dadas á Colón fueron las siguientes:

«Instruccion á Pisa Contino de nuestra Casa que lleva cargo de Contaduría á Indias.

»1. Tomareis relacion de Soria de quanto va en la armada.

»2. Presenciareis alla los alardes de la gente que mande el Almirante, i otro cada mes i embiad á Soria razon de la gente que queda i de la que viene en navios.

»3. Trendreis cuenta é razon de la mercaderia que vaya, i del oro i cosas que ai se ovieren; escribirlo todo por menudo, pesando lo que fuera menester, i de lo que se embie, haced relacion á Soria.

»4. Las relaciones vengan firmadas del Almirante ó quien el ponga por sí, i embiadlas por el Contador del navío ó persona fiable.

»5. Habra Casa Aduana, i nadie cargue ni descargue en otra parte.

»6. En su presencia se repartiran los mantenimientos de orden del Almirante.