Por otra parte, según las ideas dominantes en aquella época, se atribuía el Pontífice un derecho especial y superior sobre los estados y territorios que no formaban parte de la cristiandad. Como se verá luego por documentos fehacientes, los Reyes Católicos reconocieron este derecho y fundaron el suyo, respecto á los países descubiertos, en las concesiones pontificias; pero éste origen de la dominación de los Reyes de Castilla en América fué discutido y aun negado por muchos teólogos españoles, especialmente por Las Casas y por el P. Victoria, que fundamentalmente trató este asunto en sus Reelectiones De Potestate Papæ y De Indiis.
Los teólogos y los políticos de aquella época aceptaban, sin embargo, el derecho de conquista, según las doctrinas aristotélicas, y toda la cuestión en este supuesto se redujo á determinar cuáles debían reputarse justas causas de guerra, asunto que dió lugar, como luego veremos, á extensas y acaloradas polémicas, en las que principalmente se distinguieron J. G. de Sepúlveda y el P. Fr. Bartolomé de Las Casas, habiendo dado origen estas discusiones á leyes diferentes y aun contradictorias, de que se dará noticia en su lugar oportuno.
Al presente sólo cumple recordar que después de la primera bula se dieron otras de gran interés por los Pontífices, siendo la más conocida é importante aquella en que Alejandro VI trazó el límite que había de separar los descubrimientos y conquistas que respectivamente podían emprender España y Portugal, resolución que dió materia á largas negociaciones entre ambos Estados, que son propias de la historia general de las Indias, pero lo es muy especial de la que nos ocupa lo que en esa y en las posteriores bulas se refiere al patronato de los Reyes de España en las iglesias de sus dominios de Ultramar, y desde luego es en esta materia la primera cuestión que surge la que consiste en determinar si dicho patronato fué una mera concesión pontificia, como algunos suponen, ó si tuvo más sólido y propio fundamento.
Basta á nuestro juicio conocer, aunque sólo sea de un modo superficial, el derecho canónico, para afirmar que el patronato de los Reyes de España en Indias tiene por base principal los motivos generales que lo producen, según las más antiguas disposiciones canónicas, con arreglo á las cuales la fundación de las iglesias engendra como consecuencia precisa dar al fundador el carácter de patrono; y como es evidente que los Reyes fundaron las iglesias de Indias, es claro que por este solo hecho adquirieron su patronato. Además, las fundaciones de que se trata no fueron tales como lo suelen ser de ordinario, sino que por sus medios y diligencia se obró la conversión de los fieles que las formaban, y á esto y á la distancia á que se hallaban de la Silla Apostólica aquellas iglesias fueron debidos los caracteres peculiares del regio patronato indiano, con arreglo á la disciplina novísima conforme á la cual se atribuyeron á los monarcas, en cuanto al régimen exterior de la Iglesia se refiere, atribuciones especiales como representantes de los pueblos que gobernaban.
Todos cuantos se han ocupado de la historia de Indias reconocen la importancia que tuvo en la formación y desarrollo de aquellos Estados el principio religioso, y por eso es menester estudiar con profunda atención cuanto se refiere á las materias eclesiásticas, para comprender con exactitud la índole de las disposiciones legislativas que se dictaron para las Indias, de las que muchas y muy importantes son exclusiva ó principalmente religiosas. Ya en las instrucciones dadas á Colón para su segundo viaje, lo primero que se le manda es «que procure la conversión de los indios», para lo cual formó parte de esta expedición Fr. Buil con el carácter de verdadero vicario apostólico, y llevó para desempeñar su misión otros religiosos bajo sus órdenes: luego veremos cómo se desarrolló el estado religioso en Indias, fundándose sucesivamente obispados y estableciéndose comunidades religiosas; entre éstas las órdenes de San Francisco y Santo Domingo, y más tarde la de los Jesuítas, fueron los principales y más activos agentes de la civilización del Nuevo Mundo, constituyéndose en enérgicos defensores de sus naturales, que por su protección eficaz no fueron aniquilados y extinguidos en los dominios españoles como lo han sido en casi todas las colonias fundadas por otras naciones de Europa.
En cuanto se refiere á la futura organización de aquellos Estados, los españoles llevaron á ellos la que en su época existía en la Península, y especialmente la que se había formado en Castilla durante el largo período de la Reconquista y estaba en vigor en los pueblos de realengo. Así vemos que en las instrucciones de 1493 de que vamos hablando, se manda que «el Almirante do poblare nombre Alcaldes é Alguaciles que administren justicia, e él oiga las apelaciones o primeras instancias, segun viere que cumple.» Sabido es que en los lugares de realengo el Rey nombraba Alcaldes para que en su representación administrasen la justicia, que, según las leyes del Fuero viejo, «non podía partir de sí», es decir, que era una de sus atribuciones esenciales, ó como ahora decimos, una de sus prerrogativas, y el Almirante, como virrey, la había de ejercer en las Indias en nombre y representación de los monarcas, por lo que en las mismas instrucciones se preceptúa más adelante que «en cualquier justicia dirá el pregon que la manda hacer el Rei é Reina»; y después añade: «Toda provision se despachará bajo el nombre de don Fernando e doña Isabel.»
Aun cuando en aquel tiempo no estaban deslindadas las atribuciones del poder, y todas ellas solían ejercerse por unas mismas autoridades, ya empezaban á encomendarse algunas á funcionarios especiales, y las que tenían por objeto las que hoy se llaman administrativas corrían á cargo de corporaciones municipales, que si tuvieron origen electivo y si todavía en algunas partes lo conservaron en Castilla, en los lugares de realengo sus individuos eran designados por el Monarca, á veces con carácter perpetuo y aun hereditario. Conforme á estos precedentes, que constituían el derecho público de Castilla, los Reyes Católicos mandaron á Colón que si «fueran menester Regidores jurados é otros oficiales, por aquella vez los nombrase, y en adelante enviase ternas» para que ellos proveyesen conforme á lo pactado en las capitulaciones de Santa Fe. Pronto hizo uso de esta facultad el Almirante, pues apenas fundada la ciudad á que dió el nombre de Isabela, designó los oficiales de justicia y regimiento, recayendo el cargo de alguacil mayor en Pedro Fernández Coronel, y dando la alcaidía de la fortaleza á Antonio de Torres, hermano del ama del príncipe D. Juan.
También en estas instrucciones se encuentran los primeros vestigios del régimen administrativo y financiero que después se fué desarrollando. Desde luego fué propósito de los Reyes y de sus consejeros, así como del Almirante, crear en las tierras que se descubrieran ciudades y villas pobladas por españoles, y que la mayor parte de los vecinos se dedicasen al cultivo de las tierras, procurando aclimatar en ellas los frutos de Castilla; y por eso una de las primeras diligencias que hizo Colón al fundar la Isabela, fué sembrar en sus campos las semillas que á ese propósito llevaba.
Pero el comercio era también el principal fin á que se aspiraba, para lograr por su medio el cambio de las mercaderías de la Península por el oro y por otros ricos productos que con más ó menos fundamento se esperaba encontrar en aquellas regiones. A este tráfico se refiere la parte de las instrucciones en que se manda que «todo rescate se haga por el Almirante e tesorero de SS. AA. o sus apoderados»; y para regularizar aun más el comercio, se manda después que «luego en llegando hagase casa de Aduana do se depositen las mercaderías de aquí y de allá ante el Almirante y los dos oficiales de suso nombrados (el Tesorero y el Contador). Se hará cargo de ellas al Tesorero que envíen SS. AA. e se asentaran en dos libros...» Tal fué el origen de los llamados oficiales Reales y de la cuenta y razón que se estableció para lo que entonces se denominaba el tesoro Real.
Basta con lo dicho para que se comprenda que en las instrucciones dadas á Colón en 1493 para su segundo viaje está ya en germen la legislación que se fué luego desarrollando para el gobierno de las tierras nuevamente descubiertas, en lo que se refería á la religión á la administración de la justicia, al régimen de las poblaciones, á sus industrias y comercio; por lo demás, casi es excusado decir que el fondo de dicha legislación, la que se aplicó desde luego á todas las relaciones jurídicas, así en los negocios privados como en los públicos, fué la que en aquella sazón regía en Castilla, pues las leyes especiales que sucesivamente se fueron dictando, sólo tenían por objeto, ó atender á las condiciones propias y peculiares de aquellos países, ó modificar, conforme á ellas, las leyes patrias.