«Escribisme, señor, que os escriba qué es lo que dicen por acá de vuestra señoría, y para hablar con libertad y deciros la verdad, todos dicen en esta corte que sois un muy manso cristiano, y aun un muy desabrido Obispo.....
»También dicen que vuestra señoría es bravo, orgulloso, impaciente y brioso, y que muchos dejan indeterminados sus negocios por verse de vuestra señoría asombrados.»
Algunos criados del Obispo que se hallaban presentes cuando ocurrió aquel suceso, y que habían estado en las Indias, se pusieron en contra de Las Casas, procurando su descrédito; volvió éste á hablar á Conchillos, y vió que nada conocía de las Indias, no obstante correr su gobierno en gran parte á su cargo; verdad es que por aquel tiempo se sabía muy poco de aquellas tierras, ignorándose su importancia, y no se empezaron á estimar hasta que Las Casas dió en este viaje larga noticia de ellas, ponderando sus excelencias del modo que más tarde lo hizo en su Apologética historia, título que indica desde luego el carácter de la obra.
Vuelto Las Casas á Sevilla, llegó á poco la noticia de la muerte del Rey, ocurrida en Madrigalejos: causóle gran pena, porque esperaba, no sin fundamento, el total remedio de los indios, de su negociación directa con el Rey y de la intervención del confesor Matienzo, pues creyó siempre que para lograr sus caritativos propósitos era menester un Rey viejo, con el pie en la huesa y desocupado de guerras, circunstancias que en aquella sazón se reunían en D. Fernando. El desmayo de Las Casas duró poco, como era natural en su carácter, y cobrando nuevos ánimos, determinó ir á Flandes á tratar el asunto con el príncipe D. Carlos, heredero de los reinos de Aragón y Castilla.
Púsose en camino para realizar su intento, y llegando á Madrid, le pareció dar noticia de él al cardenal Cisneros, que con el embajador Adriano, Deán de Lovaina, gobernaron el reino hasta la venida de D. Carlos. En realidad, como se sabe, era Cisneros quien lo dirigía todo, porque Adriano ningún conocimiento tenía de las cosas de Castilla, pero firmaba las provisiones y autorizaba las que resolvía el Cardenal, en virtud de los poderes secretos que el Príncipe le había dado, en previsión de la muerte de su abuelo. Dijo á ambos Gobernadores Las Casas, que si podían poner remedio en las cosas de las Indias, se quedaría, pero si no que pasaría adelante, y á fin de instruirlos en su negocio hizo una relación en latín para el gobernador Adriano, que se valía de esa lengua para entenderse con los castellanos, cuya habla ignoraba, y otra en romance para el cardenal Cisneros.
Leída la relación de Las Casas, Adriano quedó espantado, y como vivía en la misma casa que el Cardenal, en unión del infante D. Fernando, fuese al aposento de Cisneros, y le dijo, que si era posible que aquello fuera cierto; el Cardenal, informado ya de muchas cosas por los frailes de su Orden que habían vuelto de las Indias, le contestó que sí, y que mucho más que las referidas eran las crueldades que se habían cometido en aquellas tierras. Cisneros dijo á Las Casas que no era menester que siguiera á Flandes, porque allí se procuraría el remedio de los males de las Indias; con este fin, le oyó muchas veces en presencia de Adriano, de los doctores Carbajal y Palacios Rubios, y del licenciado Zapata, asistiendo tambien á estas juntas el Obispo de Ávila, fraile franciscano y compañero de Cisneros.
Condenaba Las Casas las leyes hechas en Burgos el año 1512, y atribuía á ellas en gran parte las miserias de los indios, y aconteció que un día las mandó leer Cisneros para examinarlas, y leyéndolas un Oficial y criado de Conchillos, al llegar á aquélla en que se mandaba dar á los que trabajaban en las estancias, una libreta de carne cada ocho días, y en las fiestas, quiso encubrirla, y la leyó de otra manera. Las Casas le interrumpió diciendo: «No dice tal cosa aquella ley.» Mandó el Cardenal que se volviese á leer, y la leyó el Oficial del mismo modo; volvió Las Casas á decir: «No dice tal cosa la tal ley.» El Cardenal entonces, casi indignado, exclamó: «Callad, ó mirad lo que decís.» A lo que replicó Las Casas: «Mándeme vuestra reverendísima cortar la cabeza, si aquello que refiere el escribano fulano es verdad que lo diga aquella ley.» Tómanle entonces el papel de la mano, y se vió la verdad de lo que Las Casas porfiaba, con gran confusión del lector, cuyo nombre calla Las Casas para no deshonrarle, lo cual es indicio de que cuando escribía su historia años adelante, el lector ó su hijo tendrían cargo importante en la corte.
Aquel suceso contribuyó á que el Cardenal tuviese en gran estima á Las Casas, y satisfecho de su intención, le mandó que se juntase con el doctor Palacios Rubios, y que ambos trataran y ordenaran la libertad de los indios, y el modo cómo habrían de ser gobernados. A poco llegó el padre fray Antón de Montesinos, y fué á vivir á la misma posada de Las Casas, quien pidió al Cardenal que formase parte de la junta á que había encomendado la reforma de las leyes de Indias; así lo otorgó; pero todos dejaron á Las Casas el encargo de desempeñar aquel cometido, y lo hizo proponiendo que se pusieran en libertad á los indios, suprimiendo los repartos y encomiendas; dando también remedios para que pudieran vivir los españoles, que hasta entonces subsistían á expensas de los Indios: parecióle bien el proyecto al P. Montesinos y al doctor Palacios Rubios, que lo mejoró y añadió, poniéndolo en estilo de corte.
Examinada y discutida la ordenanza en el consejo que se había formado para este negocio, del que se había excluído al obispo Fonseca, y aprobado con algunas enmiendas que no eran sustanciales, se determinó buscar personas que la fuesen á ejecutar; dió este encargo el Cardenal á Las Casas; pero como conocía poca gente en Castilla, aunque pensó que podría servir para el caso un hermano del P. Antón de Montesinos llamado Reginaldo, fraile también de Santo Domingo, habló en el asunto con el Obispo de Ávila, quien le dijo que sería mejor que dejase la elección de personas, por tener de ellas más experiencia, al mismo Cardenal, y con este objeto, Las Casas hizo una Memoria exponiendo las cualidades que habían de tener los que fueran á ejecutar aquella ordenanza, suplicando á Cisneros que los designase. El Cardenal, recordando la rivalidad que había, con motivo especialmente de las cosas de las Indias, entre franciscanos y dominicos, y siendo por entonces las órdenes monásticas auxiliar poderoso del Gobierno, determinó encomendar este negocio á la de San Jerónimo, á cuyo fin escribió á su General, que residía de ordinario en el Monasterio de San Bartolomé de Lupiana, para que designase algunos religiosos á quienes cometer aquel encargo.