Recibidas las cartas, el General convocó á todos los Priores de Castilla á Capítulo privado, y en él designaron doce frailes para que entre ellos eligiese el General, viniendo á Madrid á notificar esta resolución cuatro Priores de la Orden. Las Casas, deseoso de saber la resolución, fué un día al Monasterio de San Jerónimo, que vemos hoy todavía, aunque destruído, salvo la iglesia, á la subida del Buen Retiro, y paseándose por la sobreclaustra, vió á un monje muy viejo rezando, llegóse á él, y preguntándole por el asunto, le respondió que él era uno de los que habían venido á traer la contestación de la Orden en los términos susodichos. Las Casas le refirió luego, en resumen lo que en las Indias pasaba, y el venerable monje le dijo: «Pluguiera á Dios que yo fuese de algunos años atrás para poderme dedicar á tan santo camino, porque yo me tuviera, muriendo en la demanda, por felicísimo.» Aquel día se fué Las Casas á comer lleno de espiritual regocijo.
Por la tarde cabalgaron el Cardenal, el embajador Adriano y toda la corte para ir á San Jerónimo á ver á los Priores y oir la respuesta de la Orden; Las Casas, que lo supo del que había encontrado en los claustros, fué también al Monasterio impaciente por saber la resolución del negocio. Los monjes, por ser verano, habían preparado la sacristía, que era muy fresca, y en ella entraron el Cardenal, el embajador Adriano, el Obispo de Ávila, los doctores Carbajal y Palacios Rubios, el licenciado Zapata y los cuatro Priores, comisionados por su Orden, quedándose toda la corte en el coro bajo, que está junto á la sacristía.
Dada allí por los cuatro Priores la respuesta de la Orden á las cartas del Cardenal, éste engrandeció la obra que se les encomendaba, y les representó cuánto servirían á Dios en ejecutar lo que estaba acordado, elogiando el celo de Las Casas, á quien se mandó buscar para noticiarle el estado de las cosas; hallábase éste en la sobreclaustra de San Jerónimo, ansioso de saber el resultado de aquella Junta, y cansado ya de esperar, bajó por una escalera que, ignorándolo él, daba á la sacristía: oyendo hablar, llamó, y preguntándole si había visto al clérigo de las Indias, respondió: «yo soy»; dijéronle que se fuese por otra parte, porque no podía entrar por aquélla; y bajando á la Iglesia, atravesó el coro, donde estaban los que componían la corte, y entre ellos el Obispo de Burgos, que no tendría gran gusto de verle, pues había sido separado por su causa del Consejo de las Indias, donde tanto había mandado, sobre lo cual dice Las Casas en su historia: «... y parece que al Obispo quiso Dios dar aquel tártago con aquella prosperidad del clérigo en favor de la verdad que el clérigo trataba, porque lo menospreció y trató mal en Plasencia.» Entrando en la sacristía, Las Casas oyó, puesto de hinojos, de labios del Cardenal, la relación de lo dicho por los Priores, y éste le encargó que fuese á ver al General de los Jerónimos, para que, diciéndole las cualidades que habían de tener, eligiese de los doce propuestos, tres monjes que fuesen á la Española á poner en ejecución lo acordado, los cuales habían de venir en su compañía á Madrid, para recoger los despachos á su paso para Sevilla. Las Casas, con intensísimo gozo, y poco menos que llorando, dijo al Cardenal: «Yo, señor reverendísimo, hago inmensas gracias á Dios, que tan inestimable bien me ha hecho en oir tales palabras, y por la esperanza, que por ellas concibo de ver, en vida de vuestra señoría reverendísima, aquellas tristes y opresas gentes remediadas; y suplico á Nuestro Señor remunere á vuestra señoría obra tan heroica, con gran premio en su bienaventuranza, yo haré con todo cuidado lo que vuestra señoría reverendísima me manda, y en cuanto á los dineros no los he menester, porque para gastar y sustentarme en este negocio, yo tengo hartos.» Á lo que contestó el Cardenal sonriéndose: «Anda, Padre, que soy más rico que vos.»
Después de esto, vuelto el Cardenal con la corte á Madrid, siguió hablando muy familiarmente Las Casas con Fr. Cristóbal de Frías, uno de los Priores, persona venerable y de gran crédito en su Orden, el cual, después de informarse de las cosas acaecidas en las Indias, dijo á Las Casas: «¡Basta, señor; que tenéis bien ganado el corazón del Sr. Cardenal!»
Aquella misma noche acudió Las Casas á la posada de su señoría reverendísima, que le mandó dar los despachos, y con ellos veinte ducados para el viaje; suma que tomó Las Casas para que no se creyese que los tenía en poco.
Al día siguiente salió para Lupiana, siendo muy bien recibido del General de los jerónimos, quien, en vista de las cartas del Cardenal, dijo que uno de los doce propuestos estaba allí y lo creía á propósito para el cargo, porque era hombre cuerdo, algo teólogo y buen religioso, y también robusto para sufrir trabajos. Las Casas le dijo que le mandase venir, y después de varias humildes reflexiones, el designado se mostró dispuesto á obedecer los mandatos de su superior, con lo que Las Casas se contentó y alegró, no de la cara del fraile, porque la tenía de las más feas que hombre tuvo, como dice con gracejo nuestro autor, sino de la religión y virtud que le suponía. Designaron allí, además, al Prior de la Mejorada, llamado Fr. Luis de Figueroa, á quien se escribió que fuese á juntarse en Madrid con Las Casas, los cuales se reunirían en Sevilla con el Prior de San Jerónimo de aquella ciudad, que fué el tercero de los señalados.
Al siguiente día volvió Las Casas á Madrid en compañía de Fr. Bernardino de Manzanedo, y fué á besar las manos al Cardenal y á darle cuenta de cómo había cumplido su mandato, de lo que éste se alegró mucho. Las Casas llevó á su posada á Fr. Bernardino, donde le sustentó de lo suyo y trató de recrearle cuanto le fué posible. Vino luego el Prior de la Mejorada, y también le llevó á su posada.
Los Procuradores que habían enviado los españoles residentes en Indias, espiaban las ocasiones en que los dos Jerónimos salían de la casa; y tanto les dijeron contra el clérigo, que se apoderaron de sus ánimos, hasta el punto de que no curaban para nada de Las Casas, ni trataban de informarse de él acerca del asunto que se les encomendaba. De tal manera estaban ya dispuestos, que yendo un día á visitar al Dr. Palacios Rubios, tanto hablaron en favor de los españoles, que éste no pudo menos de decirles: «Á la mi fe, Padres, poca caridad me parece que tenéis para tractar este negocio de tanta importancia á que el Rey os envía.»
Procuró el doctor dar noticia de esto á Cisneros, y como le daban prisa los del Consejo Real para que fuese á Berlanga á la mesta que allí se hace por Agosto, fué á ver al Cardenal, á pesar de hallarse muy trabajado de la gota, pero no lo logró, porque también éste se encontraba entonces enfermo. Convaleció después de haberse marchado el Dr. Palacios, y dió orden para que se hiciesen los despachos de Las Casas y de los jerónimos. Las provisiones y ordenanzas que entonces se formaron se pueden considerar como obra de Las Casas, aunque por ciertos respetos, y, sobre todo, por no contradecir de frente las opiniones recibidas, no desarrolló completamente las suyas. Además, las gestiones de los Procuradores que tenían en la corte los españoles residentes en las Indias fueron eficaces, para que en los proyectos de Las Casas se suprimiesen algunas cosas favorables en los indios y se añadiesen otras que eran muy contrarias á su libertad y ventura. Tan universal era por entonces la creencia de que los indios no podían ser libres, á pesar de lo que había determinado la Reina católica, que no osaba afirmarlo Las Casas; hasta que un día, hablando con el cardenal Cisneros en esta materia, y preguntando con qué justicia vivían en aquella opresión los indios, contestando el Cardenal con ímpetu, dijo: «Con ninguna justicia.—¿Por qué no son libres?—¿Y quién duda que no sean libres?» Desde entonces, Las Casas se atrevió á sostener siempre y en todo lugar que los indios eran libres, y contra razón y justicia lo que con ellos se hacía.