No examinaremos ahora esta opinión ni la contraria, porque tendrá más adelante su lugar oportuno esta cuestión que dió lugar á extensas disertaciones y ruidosos debates en que tuvo que intervenir el Pontífice, aunque no para resolverla directamente. Cierto es, sin embargo, que la Iglesia jamás aprobó las doctrinas contrarias á las que sostenía Las Casas, y de las que fué principal mantenedor Juan Ginés de Sepúlveda, cronista del emperador Carlos V.
Proveídas las instrucciones que los jerónimos habían de llevar, mandó el Cardenal á Las Casas que fuese con ellos y les informase y aconsejase en todo lo que convenía al bien de los indios y buen orden de la tierra, para lo cual le mandó dar la siguiente cédula, que por ser el primer título solemne que obtuvo Las Casas para continuar sus negociaciones en favor de los indios, merece que se copie íntegro: «La Reina y Rey=Bartolomé de Las Casas, clérigo, natural de la ciudad de Sevilla, vecino de la isla de Cuba que es en las Indias: Por cuanto somos informados que hace mucho tiempo que estáis en aquellas partes é residiis en ellas, de donde sabéis y tenéis experiencia de las cosas de ellas, especial en lo que toca al bien y utilidad de los indios, y sabéis y tenéis noticia de la vida y conversaciones de ellos por haberlos tractado; y como cognoscemos que tenéis buen celo al servicio de Nuestro Señor, de donde esperamos que lo que vos encargaremos y mandaremos haréis con toda diligencia y cuidado y miraréis lo que cumple á la salud de las ánimas y cuerpos de los españoles é indios que allí residen; por ende por la presente vos mandamos que paséis á aquellas partes de las dichas Indias, así de las islas Española, Cuba, Sant Juan y Jamaica, como Tierra Firme, y aviséis é informéis y déis parecer á los devotos PP. Hierónimos que Nos enviamos á entender en la reformación de las Indias y otras personas que con ellos entendieren en ello, de todas las cosas que tocaren á la libertad é buen tractamiento é salud de las ánimas y cuerpos de los dichos indios de las dichas islas y Tierra Firme, y para que nos escribáis é informéis y vengáis á informar de todas las cosas que se hicieren y convinieren hacerse en dichas islas, y para que en todo hagáis lo que conviniere al servicio de Nuestro Señor, que para todo ello vos damos poder complido con todas sus insidencias y dependencias, emergencias, anexidades y conexidades, y mandamos á nuestro Almirante y Jueces de apelación ó otras cualesquier justicias de las dichas islas y Tierra Firme que vos guarden y hagan guardar este poder y contra el tenor y forma dél no vayan ni pasen ni consientan ir ni pasar en tiempo alguno ni por alguna manera so pena de la Nuestra merced é de diez mil maravedís á cada uno que lo contrario hiciere. Fecha en Madrid á 17 días de Septiembre de 1516 años.—F. Cardinalis, Adrianus, ambasiator.—Por mandado de la Reina y del Rey su Hijo, Nuestros Señores, los Gobernadores en su nombre, George de Baracaldo.»
Además de darle este poder, los Gobernadores constituyeron á Las Casas procurador ó protector universal de todos los indios con el salario de 100 pesos de oro cada año, que entonces no era poco, porque aun no se había aumentado la masa de metales preciosos como se aumentó después con la conquista del Perú y Nueva España y el laboreo de sus minas.
Aunque las provisiones de los jerónimos y de Las Casas estaban despachadas, los del Consejo ponían cada dia impedimentos para refrendar las que había formado el doctor Palacios Rubios para el licenciado Zuazo, nombrado Juez de residencia de los Jueces y Oficiales de las Indias, temerosos de que se hiciese algún ejemplar castigo en ellos por ser hechuras suyas y sus agentes en las granjerías que en aquellas tierras disfrutaban.
Las Casas dió noticia de lo que ocurría al Cardenal, que como era varón egregio y que ninguno con él se burlaba, envió á llamar al licenciado Zapata, que había calificado aquellos despachos de exorbitantes y al doctor Carvajal, y en su presencia les hizo que señalasen los despachos del licenciado Zuazo, y ellos lo hicieron con un rasgo ó contraseña particular en sus rúbricas, para poder decir, cuando el Rey viniese, que habían firmado contra su voluntad, porque el Cardenal les había forzado á ello.
Resuelto el asunto, fué Las Casas á despedirse del Cardenal y á besarle las manos, y en vista de lo que ocurría con los jerónimos, le dijo: «Señor, no quiero llevar escrúpulo de conciencia sobre mí, pues estoy ante quien soy obligado á avisar y puede los defectos de lo que se desea remediar; sepa vuestra señoría reverendísima que estos frailes de San Hierónimo, en cuyas manos ha puesto la vida y la muerte de aquel orbe de infinitas ánimas, han dado muestra que no han de hacer cosa buena, antes mucho mal.» Refirió Las Casas las señales de parcialidad que habían dado en favor de los españoles, y lo que había pasado con el doctor Palacios Rubios, por lo que creía que debía enviar para aquel negocio á quienes inspiraran mayor confianza. El Cardenal, oídas estas palabras, quedó como espantado, y al cabo de un rato dijo: «Pues ¿de quién lo hemos de fiar? Alla vais, mirad por todo.» Con lo cual, besadas las manos y recibida la bendición del Cardenal, partió Las Casas para Sevilla, donde se reunió con los jerónimos que se habían marchado antes á sus conventos para despedirse, acordando que en vez del Prior de Sevilla fuese á las Indias el de San Juan de Ortega, de Burgos.
Los Oficiales de la Casa de la Contratación entendieron con diligencia en el despacho de los jerónimos y de Las Casas, quien procuraba comunicar con ellos, para lo cual quiso ir en el mismo navío; pero los frailes lo excusaron por todas las vías posibles, alegando la mayor comodidad de Las Casas; y, finalmente, aunque en distintos barcos, se hicieron todos juntos á la vela en el puerto de Sanlúcar, el día de San Martín, á 11 de Noviembre, año de 1516. El viaje fué felicísimo, é hicieron los navíos escala en San Juan de Puerto Rico, por llevar el navío que conducía á Las Casas ciertas mercaderías que había de desembarcar allí, los jerónimos, ni quisieron aguardarle, ni consintieron que pasase al barco en que ellos iban, sino que se adelantaron, y, en efecto, llegaron á la isla Española trece días antes que Las Casas.
No se movieron los jerónimos á compasión, á pesar de las crueldades que presenciaron, ni por informes que les dió cierto clérigo que habitaba en las minas de los Arroyos, y que les presentó Las Casas; antes pusieron en duda su testimonio, por lo que les dijo el informante: «¿Sabéis, padres reverendísimos, qué voy viendo? Que no habéis de hacer á estos tristes indios más bien que los otros Gobernadores.» Las Casas insistía en que se quitasen los indios á los Jueces y Oficiales, y en que consiguiesen todos su libertad; y como esto le suscitaba muchos enemigos, se creyó que corría peligro su persona, por lo cual los frailes de Santo Domingo le rogaron que se fuese á vivir á su monasterio, y él aceptó un aposento, según ellos lo tenían, llano y moderado, donde estaba seguro, al menos de noche.
El texto de las instrucciones dadas á los padres jerónimos tenía por principal objeto la creación de pueblos de indios y la determinación del régimen que en ellos había de establecerse. Estos pueblos se habían de fundar en las cercanías de las minas, y, á ser posible, en las márgenes de los ríos; habían de comprender 300 vecinos, sometidos á sus caciques, procurando que cada pueblo fuese formado de indios que obedecieran á uno solo; había de construirse en ellos iglesia, que estuviera á cargo de un religioso ó clérigo, cuya misión, como es natural, consistía en instruir á los indios en nuestra santa religión, con encargo de celebrar el sacrificio de la misa en todas las fiestas y en los demás días que tuviese por conveniente. Para el servicio del templo se establecía un sacristán, que podía ser de los mismos indios, y á cuyo cargo estaba enseñar á leer y escribir á los menores de nueve años, mandándoles con gran interés que los indios aprendiesen la lengua castellana.
Estos pueblos se ponían bajo la vigilancia superior de un visitador castellano, el cual podía tener á su cargo varios de ellos, y había de vivir en sitios que estuviesen próximamente á igual distancia de las nuevas poblaciones.